| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第一章 ：绪论 | 第9-23页 |
| ·季节性与非季节性繁殖的概念 | 第9-10页 |
| ·影响季节性繁殖的基因 | 第10-11页 |
| ·基因正选择 | 第11-13页 |
| ·基因正选择的意义 | 第11-12页 |
| ·繁殖基因很多处于快速进化状态 | 第12-13页 |
| ·如何检测正选择基因 | 第13-19页 |
| ·中性理论与中性检验 | 第13-16页 |
| ·适应性进化与基于 dN/dS 的似然比检验 | 第16-18页 |
| ·中性检验与基于 dN/dS 的检验间的比较 | 第18-19页 |
| ·本研究的思路 | 第19页 |
| ·常用软件及定义 | 第19-23页 |
| ·clustalw 软件 | 第19-20页 |
| ·PHYLIP 建树软件 | 第20页 |
| ·PAML 分析软件包 | 第20页 |
| ·R 软件 | 第20-21页 |
| ·DnaSP 软件 | 第21页 |
| ·RMAExpress 软件 | 第21-22页 |
| ·Match-1.0 Public 分析软件 | 第22-23页 |
| 第二章 ：研究与分析 | 第23-30页 |
| ·材料与方法 | 第23-24页 |
| ·物种的分类以及序列的获得 | 第23页 |
| ·适应性进化分析 | 第23-24页 |
| ·p 值的校正及正选择同源基因的筛选 | 第24页 |
| ·结果分析 | 第24-27页 |
| ·正选择基因在各物种的分布情况 | 第24-26页 |
| ·同源基因在正选择基因物种数目差异的统计 | 第26-27页 |
| ·讨论分析 | 第27-28页 |
| 附表 | 第28-30页 |
| 第三章 ：正选择基因验证及与光信号基因表达相关性分析 | 第30-38页 |
| ·材料与方法 | 第30-32页 |
| ·正选择基因的 McDonald–Kreitman 检验验证 | 第30页 |
| ·正选择基因与光信号基因表达相关性分析 | 第30-31页 |
| ·基因的相关性分析 | 第31-32页 |
| ·结果与分析 | 第32-33页 |
| ·正选择基因的 McDonald–Kreitman 检验 | 第32页 |
| ·差异基因表达分析验证结果 | 第32页 |
| ·差异基因与转录因子关联分析结果 | 第32-33页 |
| ·讨论分析 | 第33-35页 |
| 附表 | 第35-38页 |
| 第四章 ：总结 | 第38-43页 |
| ·研究的基本内容及意义 | 第38-39页 |
| ·研究缺陷与局限性 | 第39-41页 |
| ·大猩猩基因受到更多正选择的缺陷 | 第39-40页 |
| ·物种选择以及模型建立的缺陷与不足 | 第40-41页 |
| ·未来展望 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 附件 | 第49页 |
