| 提要 | 第1-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-30页 |
| ·家养动物起源的考古学研究 | 第9-13页 |
| ·家绵羊起源的考古学证据 | 第12页 |
| ·家马起源的考古学证据 | 第12-13页 |
| ·家养动物起源的分子生物学研究 | 第13-19页 |
| ·线粒体DNA标记 | 第13-15页 |
| ·mtDNA 与家绵羊起源研究 | 第15-17页 |
| ·mtDNA 与家马起源研究 | 第17-19页 |
| ·古 DNA 研究 | 第19-27页 |
| ·古DNA 实验室技术 | 第20-21页 |
| ·古 DNA 数据分析 | 第21-25页 |
| ·系统发育分析方法 | 第21-24页 |
| ·群体遗传学分析方法 | 第24-25页 |
| ·古DNA 在家养动物起源研究中的应用 | 第25-26页 |
| ·古DNA 研究面临的问题和前景 | 第26-27页 |
| ·本研究的背景、目的和意义 | 第27-30页 |
| ·中国家绵羊起源研究 | 第27-28页 |
| ·中国家马起源研究 | 第28-29页 |
| ·目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-37页 |
| ·实验试剂与仪器 | 第30-31页 |
| ·实验样本处理 | 第31-32页 |
| ·牙齿样本 | 第31页 |
| ·骨骼样本 | 第31-32页 |
| ·古 DNA 抽提 | 第32页 |
| ·DNA 片段扩增和检测 | 第32-34页 |
| ·古绵羊DNA 片断扩增 | 第32-33页 |
| ·古代马 DNA 片断扩增 | 第33-34页 |
| ·PCR 扩增产物检测 | 第34页 |
| ·古 DNA 片段回收 | 第34页 |
| ·PCR 扩增产物克隆 | 第34-35页 |
| ·细菌的培养（JM109） | 第34-35页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第35页 |
| ·连接反应 | 第35页 |
| ·转化反应 | 第35页 |
| ·测序 | 第35-36页 |
| ·污染的防止 | 第36页 |
| ·数据分析 | 第36-37页 |
| 第三章 古 DNA 抽提方法的优化 | 第37-42页 |
| ·研究背景 | 第37-38页 |
| ·材料与方法 | 第38-40页 |
| ·样本来源及处理 | 第38页 |
| ·四种古DNA 抽提方法 | 第38-40页 |
| ·方法A（Modified Silica Particles Method） | 第38页 |
| ·方法B（Geneclean Method） | 第38-39页 |
| ·方法C（QIAamp Method） | 第39页 |
| ·方法D（Modified QIAquick Method） | 第39-40页 |
| ·PCR 扩增和产物检测 | 第40页 |
| ·结果 | 第40页 |
| ·讨论 | 第40-42页 |
| 第四章 二里头遗址出土古绵羊 mtDNA 分析 | 第42-52页 |
| ·样本背景 | 第42-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-48页 |
| ·古绵羊mtDNA 变异 | 第43-44页 |
| ·HinfI 酶切多态性分析 | 第44-45页 |
| ·系统发育树 | 第45页 |
| ·中介网络图 | 第45-48页 |
| ·讨论 | 第48-52页 |
| ·古 DNA 结果的真实性 | 第48-49页 |
| ·古绵羊的世系归属 | 第49页 |
| ·古绵羊与中国现代家绵羊的关系 | 第49-50页 |
| ·古绵羊与野生绵羊的关系 | 第50-51页 |
| ·古绵羊mtDNA 研究的启示 | 第51-52页 |
| 第五章 九个遗址出土古代马mtDNA 分析 | 第52-74页 |
| ·样本背景 | 第52-57页 |
| ·对比数据的选取 | 第57-60页 |
| ·结果与分析 | 第60-70页 |
| ·线粒体16S rRNA 基因序列分析 | 第60-61页 |
| ·古代马mtDNA 变异 | 第61-63页 |
| ·古代马mtDNA 世系分布 | 第63-66页 |
| ·单倍型系统发育分析 | 第66页 |
| ·古代马群体历史动态 | 第66-68页 |
| ·遗传距离和AMOVA 分析 | 第68-70页 |
| ·讨论 | 第70-74页 |
| ·古 DNA 结果真实性 | 第70页 |
| ·中国家马的起源 | 第70-72页 |
| ·古代马与现代家马的关系 | 第72页 |
| ·古代马与普氏野马的关系 | 第72-74页 |
| 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-84页 |
| 攻读博士学位期间发表的文章 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 中文摘要 | 第87-91页 |
| Abstract | 第91-95页 |