| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-35页 |
| ·蛋白质组学简介 | 第12-23页 |
| ·蛋白质组学概况及发展 | 第12-13页 |
| ·蛋白质组学研究的技术手段 | 第13-18页 |
| ·生物质谱离子化技术 | 第13-15页 |
| ·生物质谱的类型 | 第15-18页 |
| ·蛋白质组学研究的内容和策略 | 第18-23页 |
| ·鼠伤寒沙门氏菌的研究简介 | 第23-32页 |
| ·鼠伤寒沙门氏菌的特征 | 第23-24页 |
| ·鼠伤寒沙门氏菌的致病机制 | 第24-32页 |
| ·沙门氏菌毒力岛1(SPI-1)和毒力岛2(SPI-2) | 第25-29页 |
| ·PhoP/PhoQ双组分系统 | 第29-32页 |
| ·应用蛋白质组学方法对鼠伤寒沙门氏菌进行研究的现状 | 第32-35页 |
| 第二章 双向电泳技术对鼠伤寒沙门氏菌的蛋白质组学研究 | 第35-69页 |
| ·引言 | 第35-37页 |
| ·材料与方法 | 第37-42页 |
| ·菌株与培养方法 | 第37页 |
| ·可溶蛋白组分的制备和定量 | 第37-39页 |
| ·双向电泳样品的制备和电泳分离 | 第39-40页 |
| ·双向电泳图像的比较和分析 | 第40-41页 |
| ·切胶和蛋白酶解 | 第41页 |
| ·用MALDI-TOF/TOF进行质谱分析 | 第41-42页 |
| ·数据库搜索 | 第42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-66页 |
| ·双向电泳技术的改进 | 第42-49页 |
| ·pH4-7的IPG胶条能够更好的分离鼠伤寒沙门氏菌样品 | 第43页 |
| ·使用1mm的凝胶能得到更加清晰的2D图谱 | 第43-45页 |
| ·针对样品特性,选择合适的蛋白沉淀方法 | 第45-47页 |
| ·解决"硫脲效应" | 第47-49页 |
| ·对多种菌株在不同培养条件下的蛋白质组进行"快照" | 第49-52页 |
| ·在PhoP/PhoQ系统激活和抑制条件下的蛋白质组变化研究 | 第52-66页 |
| ·实验条件的建立 | 第52-54页 |
| ·实验方案的设计和实验数据总览 | 第54-58页 |
| ·许多蛋白质在3 h到9 h的培养过程中发生降解 | 第58-61页 |
| ·对降解蛋白进行功能分类和降解机制分析 | 第61-65页 |
| ·预测降解蛋白的酶解位点 | 第65-66页 |
| ·小结 | 第66-69页 |
| 第三章 SILAC标记结合LC-MS/MS技术对鼠伤寒沙门氏菌的定量蛋白质组学研究 | 第69-102页 |
| ·引言 | 第69-71页 |
| ·材料与方法 | 第71-78页 |
| ·菌株与培养条件 | 第71-73页 |
| ·SILAC样品的制备 | 第73页 |
| ·SILAC样品的分离和酶解 | 第73-75页 |
| ·蛋白沉淀和分离 | 第73-74页 |
| ·切胶和蛋白质胶内酶解 | 第74-75页 |
| ·液相色谱-串联质谱联用分析 | 第75-76页 |
| ·质谱数据分析——蛋白质鉴定和定量 | 第76-77页 |
| ·定量结果的功能学分析 | 第77-78页 |
| ·绘制热图(heat map) | 第78页 |
| ·结果 | 第78-96页 |
| ·应用SILAC技术对鼠伤寒沙门氏菌进行定量研究的实验方案 | 第78-84页 |
| ·SILAC技术的标记效率 | 第78-79页 |
| ·实验条件的建立 | 第79-81页 |
| ·基于SILAC技术的定量蛋白质组学研究策略和结果概览 | 第81-84页 |
| ·低[Mg~(2+)]、Cl8G和PhoP~c对PhoP/PhoQ调控网络产生不同的影响 | 第84-89页 |
| ·代谢通路的系统性分析 | 第89-94页 |
| ·低[Mg~(2+)]条件对调控因子IHF的影响 | 第94-95页 |
| ·受调控的未知功能蛋白 | 第95-96页 |
| ·讨论 | 第96-100页 |
| ·小结 | 第100-102页 |
| 第四章 总结及展望 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-118页 |
| 中英文对照表 | 第118-119页 |
| 附表1 | 第119-122页 |
| 在读期间发表的文章 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
