| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第14-33页 |
| 1.1 细菌双组分系统TCs | 第14-24页 |
| 1.1.1 双组分系统简介 | 第14-16页 |
| 1.1.2 组氨酸激酶(Histidine Kinase) | 第16-21页 |
| 1.1.3 反应调控元件(Response Regulator) | 第21-24页 |
| 1.2 YycFG的研究进展 | 第24-32页 |
| 1.2.1 YycFG双组分系统简介 | 第24-26页 |
| 1.2.2 组氨酸激酶YycG | 第26-28页 |
| 1.2.3 反应调控元件YycF | 第28-30页 |
| 1.2.4 YycFG双组分系统的功能 | 第30-32页 |
| 1.3 本论文的研究内容和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 材料与方法 | 第33-60页 |
| 2.1 材料与试剂 | 第33-38页 |
| 2.1.1 基因组、基因和引物 | 第33页 |
| 2.1.2 载体 | 第33-34页 |
| 2.1.3 菌株 | 第34页 |
| 2.1.4 工具酶 | 第34页 |
| 2.1.5 试剂 | 第34-36页 |
| 2.1.6 实验仪器 | 第36-38页 |
| 2.1.7 主要分析软件和数据库 | 第38页 |
| 2.2 方法 | 第38-60页 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 | 第38-39页 |
| 2.2.2 质粒DNA的提取和工具酶处理 | 第39-40页 |
| 2.2.2.1 质粒DNA的提取 | 第39页 |
| 2.2.2.2 DNA的限制性内切酶消化 | 第39页 |
| 2.2.2.3 线性DNA 5'端磷酸基团的去除 | 第39-40页 |
| 2.2.2.4 粘性末端连接 | 第40页 |
| 2.2.3 DNA的纯化 | 第40-41页 |
| 2.2.3.1 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳 | 第40-41页 |
| 2.2.3.2 DNA片段回收 | 第41页 |
| 2.2.4 PCR相关实验 | 第41-42页 |
| 2.2.4.1 PCR反应 | 第41-42页 |
| 2.2.4.2 PCR产物的克隆 | 第42页 |
| 2.2.5 重组融合蛋白的表达 | 第42-45页 |
| 2.2.5.1 Native蛋白的表达 | 第42-44页 |
| 2.2.5.2 硒代蛋白的表达 | 第44-45页 |
| 2.2.6 蛋白的分离纯化 | 第45-49页 |
| 2.2.6.1 蛋白质的分离纯化方法及其原理 | 第45-47页 |
| 2.2.6.2 菌体细胞超声破碎 | 第47页 |
| 2.2.6.3 亲和层析 | 第47-48页 |
| 2.2.6.4 阳离子交换层析 | 第48-49页 |
| 2.2.6.5 凝胶过滤层析 | 第49页 |
| 2.2.7 SDS-PAGE电泳 | 第49-51页 |
| 2.2.7.1 分离胶及浓缩胶的制备 | 第49-50页 |
| 2.2.7.2 SDS-PAGE电泳及考马斯亮蓝染色 | 第50-51页 |
| 2.2.8 Native-PAGE电泳 | 第51-53页 |
| 2.2.8.1 Native-PAGE电泳原理 | 第51-52页 |
| 2.2.8.2 Native-PAGE胶的制备 | 第52页 |
| 2.2.8.3 Native-PAGE电泳步骤 | 第52-53页 |
| 2.2.9 ITC实验 | 第53-54页 |
| 2.2.10 蛋白质晶体生长 | 第54-56页 |
| 2.2.11 蛋白质晶体的收集与防冻液的制备 | 第56-57页 |
| 2.2.12 蛋白质晶体x-ray衍射数据的收集 | 第57-58页 |
| 2.2.13 蛋白质晶体结构的解析和精修 | 第58-60页 |
| 第三章 YycG蛋白结构生物学的研究 | 第60-102页 |
| 3.1 基因克隆 | 第60-64页 |
| 3.1.1 植物乳杆菌基因组的提取 | 第60页 |
| 3.1.2 1pYycG蛋白的生物信息学分析 | 第60-61页 |
| 3.1.3 1pYycG (370-610)引物设计 | 第61页 |
| 3.1.4 1pYycG (370-610) DNA片段的扩增与处理 | 第61-62页 |
| 3.1.5 1pYycG (370-610)连接与鉴定 | 第62-64页 |
| 3.2 重组蛋白表达与纯化 | 第64-69页 |
| 3.2.1 重组蛋蛋白表达 | 第64页 |
| 3.2.2 重组蛋白的纯化 | 第64-68页 |
| 3.2.3 硒代蛋白的表达与纯化 | 第68-69页 |
| 3.3 晶体生长与优化 | 第69-77页 |
| 3.3.1 晶体初步筛选 | 第69-70页 |
| 3.3.2 晶体优化 | 第70-75页 |
| 3.3.3 硒代甲硫氨酸蛋白晶体的培养与优化 | 第75-76页 |
| 3.3.4 YycG活性状态晶体的生长与优化 | 第76-77页 |
| 3.4 数据收集与处理 | 第77-83页 |
| 3.4.1 晶体收集与防冻液的选择 | 第77-78页 |
| 3.4.2 衍射数据的收集与处理 | 第78-83页 |
| 3.5 结构解析和模型修正 | 第83-85页 |
| 3.6 1pYycG体结构的模型质量 | 第85-89页 |
| 3.6.1 电子密度的吻合情况 | 第85-87页 |
| 3.6.2 温度因子的分布 | 第87-88页 |
| 3.6.3 立体化学分析 | 第88-89页 |
| 3.7 1pYycG的整体结构分析 | 第89-94页 |
| 3.7.1 1pYcG整体结构 | 第89-92页 |
| 3.7.2 两个状态下结构的比对 | 第92-94页 |
| 3.8 CA结构域分析 | 第94-98页 |
| 3.8.1 CA结构域 | 第94-95页 |
| 3.8.2 ATP结合口袋 | 第95-96页 |
| 3.8.3 蛋白与底物的结合测定(ITC) | 第96-98页 |
| 3.9 DHp结构域分析 | 第98-101页 |
| 3.9.1 DHP结构域 | 第98-100页 |
| 3.9.2 DHP结构域螺旋弯曲的分子动力学模拟 | 第100-101页 |
| 3.10 小结 | 第101-102页 |
| 第四章 YycG与YycF复合物晶体 | 第102-106页 |
| 4.1 重组蛋白表达与纯化 | 第102-103页 |
| 4.2 YycG与YycF相互作用 | 第103-104页 |
| 4.3 YycG与YycF复合物晶体 | 第104-105页 |
| 4.4 小结 | 第105-106页 |
| 第五章 论文总结与展望 | 第106-110页 |
| 5.1 总结 | 第106-109页 |
| 5.2 课题展望 | 第109-110页 |
| 附录1 图表索引 | 第110-112页 |
| 附录2 缩略语及中英文对照 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
