| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-15页 |
| 第一部分 大肠杆菌胁迫适应性蛋白质组学和O原研究 | 第15-99页 |
| 第一章 研究背景简介 | 第15-40页 |
| ·蛋白组学概念 | 第15-17页 |
| ·微生物蛋白组学 | 第17-19页 |
| ·胁迫条件下的微生物蛋白组学 | 第17页 |
| ·病原微生物蛋白组学 | 第17-18页 |
| ·定量蛋白组学 | 第18页 |
| ·微生物亚蛋白组学 | 第18页 |
| ·基因工程蛋白组学 | 第18-19页 |
| ·蛋白组研究的主要技术 | 第19-30页 |
| ·蛋白质样品提取和制备技术 | 第19-20页 |
| ·二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第20-22页 |
| ·凝胶染色技术 | 第22-23页 |
| ·图像分析技术 | 第23-24页 |
| ·多维色谱技术 | 第24-25页 |
| ·蛋白质芯片 | 第25-26页 |
| ·生物质谱 | 第26-30页 |
| ·蛋白组学的生物信息学 | 第30页 |
| ·蛋白组数据库 | 第30页 |
| ·蛋白鉴定分析软件 | 第30页 |
| ·蛋白组学的应用 | 第30-33页 |
| ·蛋白组学在基础生物学中的应用 | 第30-31页 |
| ·蛋白组学在新药研发中的应用 | 第31-32页 |
| ·蛋白组学在临床医学中的应用 | 第32-33页 |
| ·大肠杆菌简介 | 第33-40页 |
| ·大肠杆菌在氧限制条件下的实验进化 | 第34-36页 |
| ·大肠杆菌O-抗原 | 第36-40页 |
| 第二章 立题依据、研究内容和创新性 | 第40-42页 |
| ·立题依据 | 第40页 |
| ·研究内容 | 第40页 |
| ·创新性 | 第40-42页 |
| 第三章 材料与方法 | 第42-62页 |
| ·实验材料 | 第42-48页 |
| ·菌株与序列 | 第42页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第42-48页 |
| ·培养基 | 第42页 |
| ·二维电泳及质谱所用的试剂 | 第42-44页 |
| ·荧光定量RT-PCR所用的试剂及引物 | 第44-46页 |
| ·arcA、arcB,fur基因测序所用的试剂和引物 | 第46页 |
| ·O-抗原测序所用的试剂和引物 | 第46-47页 |
| ·主要仪器 | 第47页 |
| ·所用软件 | 第47-48页 |
| ·实验方法 | 第48-62页 |
| ·培养条件及生长曲线测定 | 第48页 |
| ·蛋白样品的制备 | 第48-49页 |
| ·二维电泳-等电聚焦(IEF) | 第49-50页 |
| ·二维电泳-SDS-PAGE | 第50-51页 |
| ·考马斯亮蓝胶体染色(53) | 第51页 |
| ·图像扫描和分析 | 第51-52页 |
| ·蛋白的胶内酶解 | 第52页 |
| ·MALDI-TOF 4700 Proteome Analyser质谱仪鉴定蛋白 | 第52-53页 |
| ·RNA的提取、定量和检测 | 第53页 |
| ·荧光定量PCR | 第53-55页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第55页 |
| ·arcA,arcB,fur基因测序 | 第55-56页 |
| ·O-抗原基因簇的测序 | 第56-62页 |
| ·长PCR扩增O-抗原基因簇 | 第56-57页 |
| ·O-抗原基因文库的构建 | 第57-60页 |
| ·序列测定与拼接 | 第60-61页 |
| ·生物信息学进行序列分析 | 第61-62页 |
| 第四章 结果和讨论 | 第62-97页 |
| ·BW2952、BW3400、BW3401的生长曲线 | 第62-63页 |
| ·BW2952、BW3400、BW3401各自在不同氧浓度下的蛋白组差异 | 第63-69页 |
| ·糖酵解及磷酸戊糖途径 | 第64-66页 |
| ·TCA循环、发酵及电子传递链 | 第66-67页 |
| ·铁离子吸收 | 第67-68页 |
| ·调控因子及压力调节蛋白 | 第68-69页 |
| ·有氧及微氧条件下突变菌株与原始菌株之间的蛋白组差异 | 第69-81页 |
| ·ArcA变化与无氧条件的适应性 | 第74-78页 |
| ·ArcA变化对TCA循环及呼吸链的调控 | 第75页 |
| ·ArcA变化对呼吸代谢的调控 | 第75-76页 |
| ·ArcA变化对发酵的调控 | 第76-77页 |
| ·ArcA变化对发酵的调控 | 第77-78页 |
| ·葡萄糖转运和代谢与无氧条件的适应性 | 第78-79页 |
| ·在氧限制条件下铁离子运输增强 | 第79-81页 |
| ·荧光定量PRC验证突变株中的差异蛋白 | 第81页 |
| ·大肠杆菌O161型O-抗原结构分析 | 第81-82页 |
| ·大肠杆菌O161 O-抗原基因簇分析 | 第82-89页 |
| ·糖合成酶基因 | 第85-88页 |
| ·寡糖单位处理酶基因 | 第88-89页 |
| ·糖基转移酶基因 | 第89页 |
| ·其他基因 | 第89页 |
| ·大肠杆菌O61 O-抗原基因簇分析 | 第89-95页 |
| ·糖合成酶基因 | 第93-94页 |
| ·寡糖单位处理酶基因 | 第94-95页 |
| ·糖基转移酶基因 | 第95页 |
| ·其他基因 | 第95页 |
| ·大肠杆菌O161、O61和O108 O-抗原基因簇比较 | 第95-97页 |
| 第五章 结论与展望 | 第97-99页 |
| ·结论 | 第97-98页 |
| ·展望 | 第98-99页 |
| 第二部分 NG80-2部分功能基因组学研究 | 第99-131页 |
| 第一章 研究背景简介 | 第99-112页 |
| ·采油微生物的应用和研究进展 | 第99-103页 |
| ·微生物提高原油采油率技术(MEOR) | 第99-100页 |
| ·石油污染的微生物修复技术 | 第100-101页 |
| ·烷烃降解菌的分布 | 第101-102页 |
| ·微生物降解烷烃的机理研究 | 第102-103页 |
| ·土壤芽孢杆菌属的研究进展 | 第103-104页 |
| ·土壤芽孢杆菌属(Geobacillus)的分类地位 | 第103-104页 |
| ·Geobacillus属的生态分布 | 第104页 |
| ·嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NG80-2的研究意义和背景 | 第104-111页 |
| ·NG80-2的研究意义 | 第104-105页 |
| ·NG80-2降解烷烃的特性 | 第105-106页 |
| ·NG80-2的研究进展 | 第106-111页 |
| ·醛脱氢酶的研究进展 | 第111-112页 |
| 第二章 立题依据、研究内容和创新性 | 第112-113页 |
| ·立题依据 | 第112页 |
| ·研究内容 | 第112页 |
| ·创新性 | 第112-113页 |
| 第三章 材料与方法 | 第113-122页 |
| ·实验材料 | 第113-115页 |
| ·菌株、质粒与引物 | 第113-114页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第114-115页 |
| ·实验方法 | 第115-122页 |
| ·试剂的配制 | 第115页 |
| ·菌株NG80-2基因组DNA的提取 | 第115-116页 |
| ·目的基因的扩增 | 第116-117页 |
| ·构建大肠杆菌重组质粒 | 第117-118页 |
| ·载体质粒DNA的提取 | 第117页 |
| ·PCR产物和载体的双酶切 | 第117-118页 |
| ·双酶切产物的连接 | 第118页 |
| ·连接产物及重组质粒电转化入感受态细胞 | 第118页 |
| ·质粒的酶切鉴定 | 第118页 |
| ·插入片段序列测定 | 第118页 |
| ·重组蛋白在大肠杆菌BL21中的诱导表达 | 第118-119页 |
| ·重组蛋白的镍亲和层析纯化 | 第119-120页 |
| ·Chelating Sepharose胶的镍鳌合处理方法 | 第119页 |
| ·重组蛋白亲和层析纯化 | 第119-120页 |
| ·蛋白含量的测定(52) | 第120页 |
| ·蛋白的SDS-PAGE和native-PAGE电泳 | 第120页 |
| ·纯化蛋白的金属离子含量测定 | 第120页 |
| ·ALDH酶活性分析 | 第120-121页 |
| ·标准酶活反应 | 第121页 |
| ·酶学参数的确定 | 第121页 |
| ·用生物信息学进行序列分析和进化分析 | 第121-122页 |
| 第四章 结果和讨论 | 第122-130页 |
| ·aldh基因的生物信息学分析 | 第122-123页 |
| ·ALDH的克隆、表达和纯化 | 第123-125页 |
| ·重组质粒的构建 | 第123页 |
| ·重组蛋白的表达和纯化 | 第123-125页 |
| ·ALDH重组蛋白的活性分析 | 第125-130页 |
| ·底物范围 | 第125-127页 |
| ·温度和pH对酶活的影响 | 第127页 |
| ·金属离子对酶活的影响 | 第127-128页 |
| ·反应动力学研究 | 第128页 |
| ·RT-PCR | 第128-130页 |
| 第五章 结论与展望 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-141页 |
| 个人简历 | 第141-143页 |
| 致谢 | 第143页 |
