| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第11-13页 |
| 1.1 研究背景 | 第11页 |
| 1.2 立题依据 | 第11-13页 |
| 第二章 文献综述 | 第13-32页 |
| 2.1 木质纤维原料 | 第13-19页 |
| 2.1.1 燃料乙醇研究进展 | 第13页 |
| 2.1.2 木质纤维原料的组成 | 第13-14页 |
| 2.1.3 木质纤维原料的预处理 | 第14-15页 |
| 2.1.4 木质纤维原料中抑制物的产生 | 第15-16页 |
| 2.1.5 木质纤维原料中抑制物对细胞的毒害作用 | 第16-17页 |
| 2.1.5.1 酚类化合物 | 第16页 |
| 2.1.5.2 呋喃类化合物 | 第16-17页 |
| 2.1.5.3 弱酸类化合物 | 第17页 |
| 2.1.6 木质纤维原料中抑制物的脱毒 | 第17-19页 |
| 2.2 系统生物学 | 第19-30页 |
| 2.2.1 转录组学 | 第20-22页 |
| 2.2.1.1 转录组学研究策略 | 第20-21页 |
| 2.2.1.2 转录组学在酵母乙醇发酵中的应用 | 第21-22页 |
| 2.2.2 蛋白质组学 | 第22-25页 |
| 2.2.2.1 蛋白质组学研究策略 | 第22-24页 |
| 2.2.2.2 蛋白质组学在酵母乙醇发酵中的应用 | 第24-25页 |
| 2.2.3 代谢组学 | 第25-27页 |
| 2.2.3.1 代谢组学研究策略 | 第25-26页 |
| 2.2.3.2 代谢组学在酵母乙醇发酵中的应用 | 第26-27页 |
| 2.2.4 磷脂组学 | 第27-30页 |
| 2.2.4.1 磷脂组学研究策略 | 第27-29页 |
| 2.2.4.2 磷脂组学在酵母乙醇发酵中的应用 | 第29-30页 |
| 2.2.5 组学数据的挖掘 | 第30页 |
| 2.3 多组学技术集成分析 | 第30-32页 |
| 第三章 抑制物对树干毕赤酵母影响的代谢组学研究 | 第32-48页 |
| 3.1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 3.1.1 玉米秸秆蒸汽爆破预处理 | 第32页 |
| 3.1.2 菌种 | 第32页 |
| 3.1.3 培养基 | 第32-33页 |
| 3.1.3.1 活化及增殖培养基 | 第32-33页 |
| 3.1.3.2 发酵培养基 | 第33页 |
| 3.1.4 试验设计 | 第33页 |
| 3.1.5 代谢产物的提取及检测 | 第33-34页 |
| 3.1.5.1 代谢产物的提取 | 第33页 |
| 3.1.5.2 代谢产物的检测 | 第33-34页 |
| 3.1.6 分析方法 | 第34-35页 |
| 3.1.7 数据分析 | 第35页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第35-47页 |
| 3.2.1 蒸汽爆破水解液成分分析及其对发酵的影响 | 第35-37页 |
| 3.2.2 抑制物对树干毕赤酵母生长和发酵的影响 | 第37-40页 |
| 3.2.3 延滞期单一和复合抑制物对代谢产物的影响 | 第40-43页 |
| 3.2.4 指数期单一和复合抑制物对代谢产物的影响 | 第43-45页 |
| 3.2.5 复合抑制物对代谢产物的影响 | 第45-47页 |
| 3.3 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 复合抑制物对树干毕赤酵母影响的蛋白组学研究 | 第48-66页 |
| 4.1 材料与方法 | 第48-53页 |
| 4.1.1 菌种 | 第48页 |
| 4.1.2 培养基 | 第48页 |
| 4.1.3 试验设计 | 第48-49页 |
| 4.1.4 蛋白质提取和iTRAQ标记 | 第49-53页 |
| 4.1.4.1 主要试剂 | 第49页 |
| 4.1.4.2 主要仪器 | 第49-50页 |
| 4.1.4.3 蛋白提取 | 第50页 |
| 4.1.4.4 Brandford蛋白定量 | 第50页 |
| 4.1.4.5 SDS-PAGE电泳 | 第50-51页 |
| 4.1.4.6 蛋白酶解 | 第51页 |
| 4.1.4.7 标记和等量混合 | 第51-52页 |
| 4.1.4.8 高pH条件下C18色谱柱的HPLC分级 | 第52页 |
| 4.1.4.9 质谱分析 | 第52-53页 |
| 4.1.4.10 数据分析 | 第53页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第53-65页 |
| 4.2.1 蛋白样品的质控 | 第53-54页 |
| 4.2.2 肽段长度分布 | 第54-55页 |
| 4.2.3 复合抑制物对酵母蛋白表达影响 | 第55-58页 |
| 4.2.4 中心碳和能量代谢 | 第58-61页 |
| 4.2.4.1 糖酵解途径 | 第58-60页 |
| 4.2.4.2 戊糖磷酸途径(PPP) | 第60页 |
| 4.2.4.3 三羧酸(TCA)循环 | 第60-61页 |
| 4.2.5 氨基酸代谢 | 第61-64页 |
| 4.2.6 胁迫响应 | 第64-65页 |
| 4.3 本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 复合抑制物对树干毕赤酵母影响的转录组学研究 | 第66-82页 |
| 5.1 材料与方法 | 第66-67页 |
| 5.1.1 菌种 | 第66页 |
| 5.1.2 培养基 | 第66页 |
| 5.1.3 试验设计 | 第66页 |
| 5.1.4 RNA提取 | 第66页 |
| 5.1.5 RNA样品检测 | 第66页 |
| 5.1.6 上机测序 | 第66-67页 |
| 5.1.7 数据分析 | 第67页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第67-81页 |
| 5.2.1 RNA提取和质量检测 | 第67-68页 |
| 5.2.2 复合抑制物对树干毕赤酵母转录表达谱的影响 | 第68-70页 |
| 5.2.3 碳水化合物代谢 | 第70-73页 |
| 5.2.4 核苷酸合成 | 第73-74页 |
| 5.2.5 氨基酸合成 | 第74-75页 |
| 5.2.6 脂类代谢 | 第75-76页 |
| 5.2.7 核糖体的生物合成 | 第76-77页 |
| 5.2.8 转录组学和蛋白组学联合分析 | 第77-81页 |
| 5.3 本章小结 | 第81-82页 |
| 第六章 复合抑制物对树干毕赤酵母影响的磷脂组学研究 | 第82-94页 |
| 6.1 材料与方法 | 第82-85页 |
| 6.1.1 菌种 | 第82页 |
| 6.1.2 培养基 | 第82页 |
| 6.1.3 试验设计 | 第82页 |
| 6.1.4 主要试剂和仪器 | 第82-84页 |
| 6.1.5 磷脂提取及检测 | 第84页 |
| 6.1.5.1 磷脂的提取 | 第84页 |
| 6.1.5.2 LC-MS/MS分析 | 第84页 |
| 6.1.6 数据分析 | 第84-85页 |
| 6.2 结果与讨论 | 第85-93页 |
| 6.2.1 复合抑制物对磷脂的影响 | 第85-87页 |
| 6.2.2 磷脂多元统计分析 | 第87-89页 |
| 6.2.3 生物合成途径的改变 | 第89-91页 |
| 6.2.4 磷脂的链长和不饱和度的变化 | 第91-93页 |
| 6.3 本章小结 | 第93-94页 |
| 第七章 结论与展望 | 第94-96页 |
| 7.1 全文总结 | 第94-95页 |
| 7.2 论文的主要创新点 | 第95页 |
| 7.3 论文有待进一步解决的问题 | 第95-96页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文和专利 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-112页 |
