| 摘要 | 第8-13页 |
| Abstract | 第13-18页 |
| 缩略语表(Abbreviation) | 第19-20页 |
| 第一章 前言 | 第20-58页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第20页 |
| 1.2 文献综述 | 第20-57页 |
| 1.2.1 DNA测序技术及其发展 | 第20-28页 |
| 1.2.2 多杀性巴氏杆菌 | 第28-54页 |
| 1.2.3 多杀性巴氏杆菌全基因组测序研究进展 | 第54-57页 |
| 1.3 技术路线 | 第57-58页 |
| 第二章 目的与意义 | 第58-59页 |
| 第三章 我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的分子流行病学调查 | 第59-85页 |
| 3.1 前言 | 第59页 |
| 3.2 材料与方法 | 第59-66页 |
| 3.2.1 样品与菌株 | 第59-60页 |
| 3.2.2 培养基及营养成分 | 第60页 |
| 3.2.3 酶、药品、试剂和试剂盒 | 第60页 |
| 3.2.4 重要仪器与设备 | 第60页 |
| 3.2.5 引物列表 | 第60-63页 |
| 3.2.6 细菌培养条件 | 第63页 |
| 3.2.7 多杀性巴氏杆菌的分离 | 第63页 |
| 3.2.8 多杀性巴氏杆菌基因组DNA的提取 | 第63-64页 |
| 3.2.9 多杀性巴氏杆菌及其荚膜型的PCR鉴定 | 第64页 |
| 3.2.10 多杀性巴氏杆菌脂多糖基因型的PCR鉴定 | 第64-65页 |
| 3.2.11 多杀性巴氏杆菌毒力基因的PCR检测 | 第65页 |
| 3.2.12 多杀性巴氏杆菌MLST基因型的鉴定 | 第65-66页 |
| 3.2.13 统计学分析 | 第66页 |
| 3.3 结果与分析 | 第66-78页 |
| 3.3.1 我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的荚膜基因型分析 | 第66-67页 |
| 3.3.2 我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的LPS基因型分析 | 第67-68页 |
| 3.3.3 我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的MLST基因型分析 | 第68-69页 |
| 3.3.4 猪多杀性巴氏杆菌参考菌株的荚膜、LPS及MLST基因型分析 | 第69-70页 |
| 3.3.5 我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的毒力基因分布 | 第70-78页 |
| 3.4 讨论 | 第78-84页 |
| 3.4.1 我国猪群中流行多杀性巴氏杆菌荚膜基因型及脂多糖基因型分析 | 第78-80页 |
| 3.4.2 我国猪群中流行多杀性巴氏杆菌的MLST基因型分析 | 第80-81页 |
| 3.4.3 我国猪群中流行多杀性巴氏杆菌的毒力基因分布 | 第81-84页 |
| 3.5 小结 | 第84-85页 |
| 第四章 猪源荚膜F型多杀性巴氏杆菌HN07的致病性分析及全基因组重测序 | 第85-110页 |
| 4.1 前言 | 第85页 |
| 4.2 材料与方法 | 第85-90页 |
| 4.2.1 菌株 | 第85页 |
| 4.2.2 酶、药品、试剂和试剂盒 | 第85-86页 |
| 4.2.3 重要仪器与设备 | 第86页 |
| 4.2.4 分子生物学和生物信息分析软件 | 第86页 |
| 4.2.5 实验动物 | 第86页 |
| 4.2.6 生化鉴定 | 第86-87页 |
| 4.2.7 药敏试验 | 第87页 |
| 4.2.8 动物试验 | 第87-89页 |
| 4.2.9 全基因组测序和比较基因组学分析 | 第89-90页 |
| 4.3 结果与分析 | 第90-106页 |
| 4.3.1 PCR鉴定及生化鉴定 | 第90-91页 |
| 4.3.2 耐药性 | 第91页 |
| 4.3.3 致病性 | 第91-101页 |
| 4.3.4 基因组特征及比较基因组学分析 | 第101-106页 |
| 4.4 讨论 | 第106-109页 |
| 4.5 小结 | 第109-110页 |
| 第五章 不同宿主来源的多杀性巴氏杆菌全基因组重测序和比较基因组学分析 | 第110-145页 |
| 5.1 前言 | 第110页 |
| 5.2 材料与方法 | 第110-114页 |
| 5.2.1 菌株 | 第110-111页 |
| 5.2.2 试剂盒 | 第111页 |
| 5.2.3 重要仪器与设备 | 第111页 |
| 5.2.4 分子生物学和生物信息分析软件 | 第111页 |
| 5.2.5 基因组DNA的提取 | 第111-112页 |
| 5.2.6 多杀性巴氏杆菌全基因组重测序 | 第112-113页 |
| 5.2.7 基因组序列注释以及一般生物信息学分析 | 第113页 |
| 5.2.8 多杀性巴氏杆菌全基因组的比较基因组学分析 | 第113-114页 |
| 5.2.9 遗传进化分析 | 第114页 |
| 5.3 结果与分析 | 第114-140页 |
| 5.3.1 牛源荚膜A型多杀性巴氏杆菌HB01的全基因组特征 | 第114-120页 |
| 5.3.2 禽源荚膜A型多杀性巴氏杆菌HB02的全基因组特征 | 第120-125页 |
| 5.3.3 猪源多杀性巴氏杆菌的全基因组特征 | 第125-131页 |
| 5.3.4 不同宿主来源的多杀性巴氏杆菌的比较基因组学分析 | 第131-140页 |
| 5.4 讨论 | 第140-144页 |
| 5.4.1 不同亚种的禽源多杀性巴氏杆菌的比较基因组学分析 | 第140-141页 |
| 5.4.2 不同宿主来源的多杀性巴氏杆菌荚膜基因型及脂多糖基因型分析 | 第141-142页 |
| 5.4.3 不同宿主来源的多杀性巴氏杆菌的MLST基因型分析 | 第142-143页 |
| 5.4.4 泛基因组分析 | 第143页 |
| 5.4.5 遗传进化分析 | 第143-144页 |
| 5.5 小结 | 第144-145页 |
| 第六章 结论 | 第145-146页 |
| 参考文献 | 第146-163页 |
| 附件一 | 第163-171页 |
| 附件二 | 第171-173页 |
| 附件三 | 第173页 |
| 附件四 | 第173-174页 |
| 附件五 | 第174-177页 |
| 附件六 | 第177-185页 |
| 附件七 | 第185-186页 |
| 附件八 | 第186-191页 |
| 附件九 | 第191-194页 |
| 附件十 | 第194-196页 |
| 附件十一 | 第196-198页 |
| 附件十二 | 第198-233页 |
| 个人简历 | 第233-240页 |
| 致谢 | 第240-243页 |
