| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第15-30页 |
| 1.1 细菌耐药现状 | 第15-20页 |
| 1.1.1 细菌耐药发展历程与现状 | 第15-17页 |
| 1.1.2 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-ResistantStaphylococcusaureus,MRSA)的微生物学特征及耐药现状 | 第17-18页 |
| 1.1.2.1 MRSA的微生物学特征 | 第17页 |
| 1.1.2.2 MRSA耐药性发展 | 第17-18页 |
| 1.1.3 结核分枝杆菌以及耐药性测现状 | 第18-20页 |
| 1.1.3.1 结核分枝杆菌的微生物学特征及流行学现状 | 第18-19页 |
| 1.1.3.2 结核菌耐药现状 | 第19页 |
| 1.1.3.3 结核菌耐药机制 | 第19-20页 |
| 1.2 耐药检测技术的发展 | 第20-26页 |
| 1.2.1 基于表型检测细菌药敏的方法 | 第21-22页 |
| 1.2.2 分子相关的细菌药敏性检测技术 | 第22-26页 |
| 1.3 其它技术 | 第26-28页 |
| 1.3.1 MALDI-TOFMS方法 | 第26页 |
| 1.3.2 微数列(Microarrays) | 第26-27页 |
| 1.3.3 微流控技术(Microfluidics) | 第27页 |
| 1.3.4 流式细胞仪 | 第27页 |
| 1.3.5 全基因组的测序 | 第27-28页 |
| 1.3.6 基因芯片 | 第28页 |
| 1.3.7 噬菌体扩增 | 第28页 |
| 1.4 目前细菌药敏检测存在的问题 | 第28页 |
| 1.5 本研究的目的以及意义 | 第28-30页 |
| 第2章 通过依赖于qPCR与细胞培养相结合的方法在96孔PCR板对细菌进行平行广谱的快速药敏鉴定 | 第30-48页 |
| 2.1 背景 | 第30-31页 |
| 2.2 材料与方法 | 第31-38页 |
| 2.2.1 菌株 | 第31-32页 |
| 2.2.2 试剂 | 第32页 |
| 2.2.3 主要仪器 | 第32-33页 |
| 2.2.4 培养基与溶液配方 | 第33-34页 |
| 2.2.5 细菌与抗生素孵育过程中,DNA、RNA以及蛋白质表达水平上的的差异监测 | 第34-35页 |
| 2.2.6 检测路线 | 第35-36页 |
| 2.2.7 核酸的提取 | 第36-37页 |
| 2.2.8 冷冻干燥试剂的优化与评价 | 第37页 |
| 2.2.9 细菌生长动力学的观察 | 第37页 |
| 2.2.10 临床菌株的检测 | 第37-38页 |
| 2.3 结果 | 第38-45页 |
| 2.3.1 蛋白质﹑RNA和DNA随着抗生素的添加的变化 | 第38-39页 |
| 2.3.2 细菌提取核酸的比较 | 第39-41页 |
| 2.3.3 冷冻干燥的16SrDNAqPCR试剂 | 第41-42页 |
| 2.3.4 细菌的生长动力学曲线观察 | 第42-43页 |
| 2.3.5 临床菌株的检测 | 第43-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-48页 |
| 第3章 利用单菌双重微滴数字PCR从混合样本中准确识别MRSA | 第48-70页 |
| 3.1 背景 | 第48-49页 |
| 3.2 材料与方法 | 第49-55页 |
| 3.2.1 菌株 | 第49-50页 |
| 3.2.2 试剂 | 第50-51页 |
| 3.2.3 培养基与溶液配方 | 第51页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第51-52页 |
| 3.2.5 细菌培养 | 第52页 |
| 3.2.6 引物、探针以及温度的优化 | 第52-53页 |
| 3.2.7 ClyH嵌合裂解酶的使用优化 | 第53页 |
| 3.2.8 数字PCR检测 | 第53-54页 |
| 3.2.9 ddPCR对于MRSA、MSSA、MR-CoNS以及它们混合物的识别 | 第54页 |
| 3.2.10 评价ddPCR对于模拟的鼻咽试纸样本的检测 | 第54页 |
| 3.2.11 比较qPCR方法与ddPCR方法对于临床的鼻咽样本的检测 | 第54-55页 |
| 3.2.12 临床样本中分离鉴定“mecAdropout”菌株 | 第55页 |
| 3.3 结果 | 第55-67页 |
| 3.3.1 温度优化 | 第55-56页 |
| 3.3.2 利用ClyH裂解细菌的酶的使用条件的优化 | 第56-57页 |
| 3.3.3 双重ddPCR对于MRSA识别的评价 | 第57-58页 |
| 3.3.4 双重ddPCR对于MSSA、MR-CoNS以及它们的混合菌液的检测 | 第58-61页 |
| 3.3.5 双重数字PCR对于鼻咽试纸模拟样本检测的评价 | 第61-62页 |
| 3.3.6 双重数字PCR和qPCR对于临床样本检测的比较 | 第62-66页 |
| 3.3.7 mecAdropout菌株鉴定 | 第66-67页 |
| 3.4 总结 | 第67-70页 |
| 第4章 结合数字PCR与培养方法快速而准确的直接从痰液样本检测结核分枝杆菌以及药敏 | 第70-87页 |
| 4.1 研究背景 | 第70-71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-78页 |
| 4.2.1 培养基 | 第71页 |
| 4.2.2 抗生素 | 第71-72页 |
| 4.2.3 缓冲液和消化液配制 | 第72页 |
| 4.2.4 试剂 | 第72页 |
| 4.2.5 仪器 | 第72-73页 |
| 4.2.6 菌株与培养 | 第73页 |
| 4.2.7 引物与探针特异性评价 | 第73-74页 |
| 4.2.8 数字PCR检测 | 第74页 |
| 4.2.9 4种核酸提取方法的评价 | 第74-75页 |
| 4.2.10 qPCR与ddPCR对于抑制性物质耐受力的比较 | 第75页 |
| 4.2.11 ddPCR和qPCR检测核酸拷贝数的动力学曲线比较 | 第75-76页 |
| 4.2.12 模拟痰液样本BCG的动力学生长曲线观察 | 第76页 |
| 4.2.13 临床样本的检测 | 第76-78页 |
| 4.3 结果 | 第78-85页 |
| 4.3.1 引物与探针的特异性 | 第78页 |
| 4.3.2 4种核酸提取方法的比较 | 第78-80页 |
| 4.3.3 抑制性评价 | 第80-81页 |
| 4.3.4 比较ddPCR与qPCR的检测灵敏度、线性关系以及动力学曲线的变化 | 第81-82页 |
| 4.3.5 BCG痰液模拟样本的生长动力学曲线 | 第82页 |
| 4.3.6 MTB的临床检测 | 第82-83页 |
| 4.3.7 MDR-TB的鉴定 | 第83-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-87页 |
| 第5章 结论与展望 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-102页 |
| 附录 | 第102-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第112页 |
