番茄育种过程中代谢组的变化及遗传基础研究
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-32页 |
| 1.1 代谢组学综述 | 第13-20页 |
| 1.1.1 代谢组学概念的提出与发展 | 第13-14页 |
| 1.1.2 代谢组学研究方法的发展 | 第14-15页 |
| 1.1.3 代谢组学检测技术的发展 | 第15-18页 |
| 1.1.4 植物代谢组学的发展 | 第18-20页 |
| 1.2 植物代谢组学与其它组学的联合应用 | 第20-28页 |
| 1.2.1 代谢组与基因组的关联分析 | 第20-25页 |
| 1.2.2 代谢组与转录组的关联分析 | 第25-26页 |
| 1.2.3 基于代谢组学的多组学整合分析 | 第26-28页 |
| 1.3 植物代谢组学在番茄中的应用 | 第28-31页 |
| 1.3.1 番茄代谢组的研究进展 | 第28-30页 |
| 1.3.2 番茄代谢组的遗传基础及应用 | 第30-31页 |
| 1.4 目的意义 | 第31-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-40页 |
| 2.1 番茄材料 | 第32页 |
| 2.1.1 番茄材料来源 | 第32页 |
| 2.1.2 番茄材料种植与取样 | 第32页 |
| 2.2 化学试剂 | 第32-33页 |
| 2.3 样品提取与制备 | 第33页 |
| 2.4 仪器条件和参数 | 第33-34页 |
| 2.4.1 HPLC条件和参数 | 第33页 |
| 2.4.2 ESI-QTRAP-MS条件和参数 | 第33-34页 |
| 2.4.3 离子阱条件和参数 | 第34页 |
| 2.4.4 三重四极杆条件和参数 | 第34页 |
| 2.4.5 ESI-QTOF-MS条件和参数 | 第34页 |
| 2.5 统计分析 | 第34-35页 |
| 2.6 共表达网络的构建和KEGG富集分析 | 第35页 |
| 2.7 全基因组关联分析(mGWAS)及热点分析 | 第35-36页 |
| 2.8 eQTL分析 | 第36页 |
| 2.9 代谢组、转录组和变异组的网络构建 | 第36-37页 |
| 2.10 驯化和改良区域的检测 | 第37页 |
| 2.11 分离群体分组分析法 | 第37页 |
| 2.12 体外表达及体外反应实验 | 第37-38页 |
| 2.13 CRISPR/Cas9材料构建 | 第38-40页 |
| 3 结果 | 第40-81页 |
| 3.1 番茄多组学数据获取与分析 | 第40-51页 |
| 3.1.1 番茄代谢数据库的建立 | 第41-43页 |
| 3.1.2 代谢物的结构解析和定量分析 | 第43-48页 |
| 3.1.3 番茄自然群体代谢组分析 | 第48-49页 |
| 3.1.4 基因组与转录组的数据获取及分析 | 第49-51页 |
| 3.2 番茄多重组学的关联分析 | 第51-62页 |
| 3.2.1 番茄自然群体的mGWAS分析 | 第51-56页 |
| 3.2.2 番茄转录组的eQTL分析 | 第56-58页 |
| 3.2.3 共表达与多组学整合分析 | 第58-60页 |
| 3.2.4 基于多组学的番茄功能基因组学研究 | 第60-62页 |
| 3.3 番茄育种中代谢组的变化和遗传基础 | 第62-81页 |
| 3.3.1 果重基因的选择对代谢组的影响 | 第63-66页 |
| 3.3.2 果重基因的搭车效应对代谢组的影响 | 第66-69页 |
| 3.3.3 茄碱的代谢与驯化 | 第69-74页 |
| 3.3.4 红果和粉果的代谢组分化 | 第74-78页 |
| 3.3.5 野生资源基因渐渗对代谢组的影响 | 第78-81页 |
| 4 讨论 | 第81-87页 |
| 4.1 代谢组学的发展与其他组学的融合 | 第81-83页 |
| 4.2 多重组学促进植物代谢生物学的研究 | 第83-84页 |
| 4.3 育种行为对番茄代谢组的影响 | 第84-86页 |
| 4.4 代谢组学在番茄育种中的应用 | 第86-87页 |
| 5 参考文献 | 第87-104页 |
| 附录 | 第104-125页 |
| 附录 Ⅰ：部分实验的详细操作程序 | 第104-106页 |
| DNA的提取 | 第104页 |
| RNA的提取 | 第104-105页 |
| 代谢样的提取 | 第105-106页 |
| 附录 Ⅱ：引物列表及原始数据链接 | 第106-107页 |
| 附录 Ⅲ：本研究使用的群体材料 | 第107-123页 |
| 附录 Ⅳ：作者简介 | 第123-125页 |
| 个人简历 | 第123页 |
| 在读期间发表论文 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
