| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 传统的低通量的方法 | 第12-14页 |
| 1.2 高通量方法探测RNA的体外二级结构 | 第14-18页 |
| 1.2.1 PARS | 第14-16页 |
| 1.2.2 FragSeq | 第16页 |
| 1.2.3 SHAPE-seq | 第16-18页 |
| 1.3 高通量方法探测RNA的体内二级结构 | 第18-20页 |
| 1.3.1 Structure-seq | 第18-19页 |
| 1.3.2 DMS-seq | 第19页 |
| 1.3.3 Mod-seq | 第19-20页 |
| 1.4 计算机预测RNA二级结构 | 第20-21页 |
| 第二章 数据与方法 | 第21-28页 |
| 2.1 实验数据 | 第21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-28页 |
| 2.2.1 原始数据的初步分析 | 第21-22页 |
| 2.2.2 测序Reads的mapping | 第22-23页 |
| 2.2.3 归一化和计算分值 | 第23页 |
| 2.2.4 PARS归一化和计算分值的方法 | 第23-24页 |
| 2.2.5 Structure-seq归一化和计算分值的方法 | 第24-25页 |
| 2.2.6 用RNAStructure软件预测二级结构并计算PPV和Sensitivity | 第25-26页 |
| 2.2.7 AC指数(AC Index) | 第26-27页 |
| 2.2.8 MiRNA靶定位点区域分析 | 第27-28页 |
| 第三章 分析与结果 | 第28-34页 |
| 3.1 PARS和Structure-seq两种计算方法的比较 | 第28-30页 |
| 3.1.1 PPV和Sensitivity的相关性 | 第29页 |
| 3.1.2 PPV_1和PPV_2的相关性 | 第29-30页 |
| 3.2 AC指数(AC Index) | 第30-33页 |
| 3.2.1 Index的分布 | 第30-32页 |
| 3.2.2 功能分析 | 第32-33页 |
| 3.3 拟南芥miRNA的靶基因二级结构分析 | 第33-34页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第34-36页 |
| 参考文献 | 第36-39页 |
| 附录 | 第39-54页 |
| 简历 | 第54页 |
| 参与发表学术论文 | 第54页 |
| 所获荣誉 | 第54页 |
