| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 对虾养殖概况 | 第12-15页 |
| 1.2.1 南美白对虾养殖现状 | 第12-13页 |
| 1.2.2 抗生素在对虾养殖中的使用及残留 | 第13-15页 |
| 1.2.3 水产养殖中的耐药细菌产生 | 第15页 |
| 1.3 ARGS类型及作用机制 | 第15-17页 |
| 1.3.1 四环素类ARGs | 第16页 |
| 1.3.2 磺胺类ARGs | 第16-17页 |
| 1.3.3 喹诺酮类ARGs | 第17页 |
| 1.3.4 大环内酯类ARGs | 第17页 |
| 1.4 水产养殖中ARGS污染情况 | 第17-18页 |
| 1.5 ARGS的研究方法 | 第18-20页 |
| 1.6 课题研究意义目的及内容 | 第20-22页 |
| 1.6.1 课题研究目的 | 第20页 |
| 1.6.2 课题研究内容 | 第20-22页 |
| 第二章 对虾肠道中ARGS多样性分析 | 第22-43页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 实验材料 | 第22-26页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第23-25页 |
| 2.2.3 常用试剂配制 | 第25-26页 |
| 2.3 实验方法 | 第26-34页 |
| 2.3.1 样品采集和前处理 | 第26页 |
| 2.3.2 对虾肠道细菌总基因组DNA提取纯化 | 第26-27页 |
| 2.3.3 ARGs的PCR扩增反应 | 第27-30页 |
| 2.3.4 ARGs克隆载体构建 | 第30-32页 |
| 2.3.5 ARGs测序比对分析 | 第32页 |
| 2.3.6 ARGs的Q-PCR反应 | 第32-34页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第34-41页 |
| 2.4.1 各样品基因组DNA提取结果 | 第34-35页 |
| 2.4.2 ARGs的PCR检测结果 | 第35-39页 |
| 2.4.3 ARGs的Q-PCR检测结果 | 第39-41页 |
| 2.5 本章小结 | 第41-43页 |
| 第三章 可培养的肠道细菌抗生素抗性分析 | 第43-53页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.2.1 主要仪器设备 | 第43页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第43页 |
| 3.2.3 培养基和常用溶液配制 | 第43-44页 |
| 3.3 实验方法 | 第44-46页 |
| 3.3.1 样品采集及前处理 | 第44页 |
| 3.3.2 ARB的分离培养 | 第44-45页 |
| 3.3.3 菌落计数 | 第45页 |
| 3.3.4 菌种保藏 | 第45页 |
| 3.3.5 菌种鉴定 | 第45-46页 |
| 3.3.6 ARB抗性基因型确定 | 第46页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第46-51页 |
| 3.4.1 ARB菌落计数 | 第46-48页 |
| 3.4.2 菌种鉴定结果 | 第48-50页 |
| 3.4.3 ARB基因型确定 | 第50-51页 |
| 3.5 本章小结 | 第51-53页 |
| 第四章 基于宏质粒组的ARGS分析 | 第53-72页 |
| 4.1 引言 | 第53-54页 |
| 4.2 实验材料 | 第54页 |
| 4.2.1 主要仪器设备 | 第54页 |
| 4.2.2 主要试剂和耗品 | 第54页 |
| 4.2.3 常用试剂配制 | 第54页 |
| 4.3 实验方法 | 第54-56页 |
| 4.3.1 采样 | 第54页 |
| 4.3.2 宏质粒组DNA测序样品制备 | 第54-55页 |
| 4.3.3 建库测序流程 | 第55页 |
| 4.3.4 信息分析流程 | 第55-56页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第56-70页 |
| 4.4.1 样品来源比较 | 第56页 |
| 4.4.2 样品质量检测结果 | 第56-57页 |
| 4.4.3 测序数据产量统计 | 第57-58页 |
| 4.4.4 Metagenome组装 | 第58-59页 |
| 4.4.5 基因预测及丰度分析 | 第59-61页 |
| 4.4.6 物种相对丰度 | 第61-64页 |
| 4.4.7 抗性基因注释 | 第64-69页 |
| 4.4.8 健康对虾与患病对虾肠道ARGs分布差异 | 第69-70页 |
| 4.5 本章小结 | 第70-72页 |
| 结论与展望 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-82页 |
| 附录 | 第82-95页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 附件 | 第97页 |