| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 斜带石斑鱼 | 第11-12页 |
| 1.1.1 分类及分布 | 第11页 |
| 1.1.2 形态特征 | 第11页 |
| 1.1.3 养殖情况 | 第11-12页 |
| 1.2 转录组学 | 第12-14页 |
| 1.2.1 建库和测序 | 第12页 |
| 1.2.2 转录组数据分析 | 第12-13页 |
| 1.2.3 转录组学在鱼类免疫研究中的应用 | 第13-14页 |
| 1.3 鱼类免疫系统 | 第14-16页 |
| 1.3.1 免疫相关组织和器官 | 第14-15页 |
| 1.3.2 鱼类免疫细胞 | 第15-16页 |
| 1.3.3 体液免疫因子 | 第16页 |
| 1.4 BCR通路相关基因研究情况 | 第16-18页 |
| 1.4.1 BCR结构 | 第16页 |
| 1.4.2 BCR信号通路 | 第16-17页 |
| 1.4.3 BCR共刺激受体 | 第17页 |
| 1.4.4 BCR共抑制受体 | 第17-18页 |
| 1.5 鱼类粘膜免疫 | 第18-19页 |
| 1.5.1 粘膜免疫与疫苗 | 第18页 |
| 1.5.2 粘膜免疫组织中的抗体 | 第18-19页 |
| 1.5.3 粘膜免疫组织中的T/B细胞 | 第19页 |
| 1.6 刺激隐核虫 | 第19-21页 |
| 1.6.1 刺激隐核虫及生活史 | 第19-20页 |
| 1.6.2 刺激隐核虫的感染形式 | 第20页 |
| 1.6.3 刺激隐核虫病的防治 | 第20-21页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 刺激隐核虫局部感染斜带石斑鱼的转录组分析 | 第22-35页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第22-24页 |
| 2.1.1 实验鱼 | 第22页 |
| 2.1.2 刺激隐核虫 | 第22页 |
| 2.1.3 局部感染和采样 | 第22-23页 |
| 2.1.4 RNA提取,建库和测序 | 第23页 |
| 2.1.5 测序结果的质控,组装和注释 | 第23页 |
| 2.1.6 基因差异表达分析 | 第23-24页 |
| 2.1.7 KEGG和GO网络富集分析 | 第24页 |
| 2.1.8 qRT-PCR验证 | 第24页 |
| 2.2 结果分析 | 第24-31页 |
| 2.2.1 转录组测序和组装 | 第24-26页 |
| 2.2.2 基因差异表达分析 | 第26-29页 |
| 2.2.3 免疫相关差异表达基因聚类 | 第29-30页 |
| 2.2.4 qRT-PCR验证转录组数据 | 第30-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-34页 |
| 2.3.1 获得性免疫相关分子 | 第32页 |
| 2.3.2 补体激活相关分子 | 第32页 |
| 2.3.3 趋化因子和趋化因子受体 | 第32-33页 |
| 2.3.4 Toll样受体信号通路 | 第33-34页 |
| 2.3.5 抗原递呈和T/B细胞激活 | 第34页 |
| 2.4 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 用于通路和网络分析的PYTHON软件包 | 第35-41页 |
| 3.1 相互作用网络和通路数据库 | 第35-37页 |
| 3.1.1 通路数据库 | 第35页 |
| 3.1.2 相互作用网络数据库 | 第35-36页 |
| 3.1.3 数据请求与处理 | 第36-37页 |
| 3.1.4 数据导出 | 第37页 |
| 3.2 网络富集分析 | 第37-38页 |
| 3.2.1 基因集合富集分析 | 第37页 |
| 3.2.2 网络富集分析 | 第37-38页 |
| 3.3 网络建模分析 | 第38-39页 |
| 3.3.1 网络传播 | 第39页 |
| 3.3.2 最优子网络 | 第39页 |
| 3.4 数据可视化与导出 | 第39-40页 |
| 3.5 本章小节 | 第40-41页 |
| 第四章 刺激隐核虫感染斜带石斑鱼BCR相关共刺激/抑制受体表达谱分析 | 第41-54页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第41-46页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第41页 |
| 4.1.2 感染组织样品采集 | 第41页 |
| 4.1.3 健康组织样品采集 | 第41页 |
| 4.1.4 感染组织样品采集 | 第41-42页 |
| 4.1.5 组织总RNA提取 | 第42页 |
| 4.1.6 RNA反转录 | 第42-43页 |
| 4.1.7 目的基因全长克隆 | 第43-44页 |
| 4.1.8 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第44页 |
| 4.1.9 PCR产物回收纯化 | 第44-45页 |
| 4.1.10 RACE | 第45页 |
| 4.1.11 序列分析 | 第45-46页 |
| 4.1.12 BCR共刺激和共抑制受体引物设计 | 第46页 |
| 4.1.13 qRT-PCR | 第46页 |
| 4.1.14 数据分析 | 第46页 |
| 4.2 实验结果与讨论 | 第46-53页 |
| 4.2.1 序列查找和克隆 | 第46-48页 |
| 4.2.2 序列结构分析 | 第48-49页 |
| 4.2.3 组织分布 | 第49页 |
| 4.2.4 感染后表达鉴定 | 第49-53页 |
| 4.3 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论与展望 | 第54-56页 |
| 本文创新点 | 第54页 |
| 展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 附件 | 第63页 |