| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 1 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 白桦育种简介 | 第8页 |
| 1.2 高通量测序简介 | 第8-11页 |
| 1.2.1 高通量测序技术 | 第8-9页 |
| 1.2.2 高通量测序主流应用 | 第9-10页 |
| 1.2.3 高通量软件介绍 | 第10页 |
| 1.2.4 展望 | 第10-11页 |
| 1.3 DNA甲基化简介 | 第11-14页 |
| 1.3.1 植物中的DNA甲基化 | 第11-12页 |
| 1.3.2 植物中DNA甲基化功能 | 第12-13页 |
| 1.3.3 现如今研究全基因组DNA甲基化的方法 | 第13页 |
| 1.3.4 植物甲基化在林木育种中的应用 | 第13-14页 |
| 2 基于白桦全基因组重亚硫酸盐测序的甲基化图谱分析 | 第14-30页 |
| 2.1 材料和方法 | 第14-15页 |
| 2.1.1 植物甲基化研究材料 | 第14页 |
| 2.1.2 DNA提取 | 第14页 |
| 2.1.3 DNA样品处理及文库构建 | 第14-15页 |
| 2.1.4 序列拼接和注释 | 第15页 |
| 2.1.5 全基因组DNA甲基化水平分布检测 | 第15页 |
| 2.2 结果与分析 | 第15-28页 |
| 2.2.1 数据统计和覆盖率分析 | 第15-17页 |
| 2.2.2 全基因组甲基化胞嘧啶C特征 | 第17-18页 |
| 2.2.3 基因组上不同功能元件上甲基化分布 | 第18-21页 |
| 2.2.4 Gene Body及上下游2K的甲基化水平分布 | 第21-22页 |
| 2.2.5 转座元件TE及上下游0.5Kb的甲基化水平分布 | 第22-23页 |
| 2.2.6 甲基化水平与基因长度的关系分析 | 第23-25页 |
| 2.2.7 甲基化水平与转座元件长度的关系 | 第25页 |
| 2.2.8 内含子-外显子-内含子模式(Introns-Exons-Introns)的甲基化水平分布 | 第25-26页 |
| 2.2.9 全基因组和甲基化基因的CG,CHG,CHH偏好性分析 | 第26-28页 |
| 2.3 讨论 | 第28-30页 |
| 2.3.1 BS测序技术 | 第28页 |
| 2.3.2 白桦全基因组DNA甲基化 | 第28-29页 |
| 2.3.3 DNA甲基化研究的发展前景 | 第29-30页 |
| 3 白桦甲基化与转录组联合分析 | 第30-46页 |
| 3.1 材料和方法 | 第30-31页 |
| 3.1.1 植物甲基化研究材料 | 第30页 |
| 3.1.2 RNA提取 | 第30-31页 |
| 3.1.3 RNA样品处理及文库构建 | 第31页 |
| 3.1.4 序列组装和注释 | 第31页 |
| 3.2 结果与分析 | 第31-44页 |
| 3.2.1 白桦转录组测序产量 | 第31-32页 |
| 3.2.2 白桦转录组数据组装结果分析 | 第32-35页 |
| 3.2.3 Unigene功能注释及COG分类 | 第35-39页 |
| 3.2.4 甲基化水平与转录水平关联分析 | 第39-42页 |
| 3.2.5 GO富集分析 | 第42-44页 |
| 3.3 讨论 | 第44-46页 |
| 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
