| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-41页 |
| 1.1 内生真菌 | 第16-21页 |
| 1.1.1 内生真菌的界定 | 第16-17页 |
| 1.1.2 内生真菌与致病真菌的起源与演化 | 第17-21页 |
| 1.2 真菌与植物内生或共生关系的建立过程 | 第21-26页 |
| 1.2.1 植物与有益真菌的相互识别 | 第21-23页 |
| 1.2.2 有益真菌对植物免疫反应的调节 | 第23-25页 |
| 1.2.3 植物的局部和整体防御反应控制内生或共生关系的发展程度 | 第25-26页 |
| 1.3 真菌全基因组测序 | 第26-37页 |
| 1.3.1 真菌全基因组测序研究概况 | 第26-28页 |
| 1.3.2 共生真菌基因组研究 | 第28-31页 |
| 1.3.3 基因组测序技术 | 第31-34页 |
| 1.3.4 高通量测序数据分析概述 | 第34-37页 |
| 1.4 暗色有隔内生真菌与稻镰状瓶霉 | 第37-39页 |
| 1.4.1 暗色有隔内生真菌概况 | 第37-38页 |
| 1.4.2 镰状瓶霉属真菌研究进展 | 第38-39页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第39-41页 |
| 第二章 稻镰状瓶霉侵染行为和祖先性状分析 | 第41-55页 |
| 2.1 材料与方法 | 第41-48页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第41页 |
| 2.1.2 供试植物 | 第41页 |
| 2.1.3 培养基 | 第41-43页 |
| 2.1.4 试验方法 | 第43-48页 |
| 2.2 结果与分析 | 第48-53页 |
| 2.2.1 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌的侵染行为 | 第48-51页 |
| 2.2.2 祖先性状重建分析 | 第51-53页 |
| 2.3 本章讨论 | 第53-55页 |
| 第三章 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌比较基因组分析 | 第55-78页 |
| 3.1 材料与方法 | 第55-62页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第55页 |
| 3.1.2 供试植物 | 第55页 |
| 3.1.3 培养基 | 第55页 |
| 3.1.4 试验方法 | 第55-62页 |
| 3.2 结果与分析 | 第62-76页 |
| 3.2.1 稻镰状瓶霉基因组大小的测定 | 第62-63页 |
| 3.2.2 稻镰状瓶霉基因组测序、拼接及主要特征 | 第63-66页 |
| 3.2.3 转座因子 | 第66-68页 |
| 3.2.4 比较基因组分析 | 第68-72页 |
| 3.2.5 共线性和系统发育分析 | 第72-76页 |
| 3.3 本章讨论 | 第76-78页 |
| 第四章 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌比较转录组分析 | 第78-92页 |
| 4.1 材料与方法 | 第78-81页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第78页 |
| 4.1.2 供试植物 | 第78页 |
| 4.1.3 培养基 | 第78页 |
| 4.1.4 试验方法 | 第78-81页 |
| 4.2 结果与分析 | 第81-91页 |
| 4.2.1 总RNA提取及测序文库构建 | 第81-82页 |
| 4.2.2 测序数据统计 | 第82-84页 |
| 4.2.3 差异表达基因 | 第84-87页 |
| 4.2.4 稻镰状瓶霉和稻瘟病菌转录组比较 | 第87-89页 |
| 4.2.5 转录组数据的验证 | 第89-91页 |
| 4.3 本章讨论 | 第91-92页 |
| 第五章 基因家族分析 | 第92-123页 |
| 5.1 材料与方法 | 第92-96页 |
| 5.1.1 实验菌株 | 第92页 |
| 5.1.2 供试植物 | 第92页 |
| 5.1.3 培养基 | 第92页 |
| 5.1.4 仪器和试剂 | 第92页 |
| 5.1.5 试验方法 | 第92-96页 |
| 5.2 结果与分析 | 第96-120页 |
| 5.2.1 致病相关基因 | 第96-99页 |
| 5.2.2 G蛋白和G蛋白偶联受体 | 第99-102页 |
| 5.2.3 碳水化合物活性酶 | 第102-109页 |
| 5.2.4 分泌蛋白 | 第109-111页 |
| 5.2.5 次生代谢相关基因 | 第111-114页 |
| 5.2.6 膜转运蛋白 | 第114-115页 |
| 5.2.7 转录因子 | 第115-119页 |
| 5.2.8 基因水平转移 | 第119-120页 |
| 5.3 本章讨论 | 第120-123页 |
| 第六章 讨论 | 第123-128页 |
| 6.1 稻镰状瓶霉演化模型的提出 | 第123-124页 |
| 6.2 稻镰状瓶霉与近缘物种基因及其表达的保守性 | 第124页 |
| 6.3 稻镰状瓶霉与近缘物种基因及其表达的差异 | 第124-126页 |
| 6.4 影响稻镰状瓶霉基因组进化的因素 | 第126页 |
| 6.5 稻镰状瓶霉应用安全性评估 | 第126-127页 |
| 6.6 一种真菌演化模式的提出 | 第127-128页 |
| 第七章 总结与展望 | 第128-130页 |
| 7.1 总结 | 第128-129页 |
| 7.2 展望 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-146页 |
| 附录 | 第146-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |