| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 引言 | 第13-48页 |
| 1.1 深海微生物压力适应性研究概况 | 第13-26页 |
| 1.1.1 嗜压微生物多样性 | 第13-18页 |
| 1.1.2 高静水压对细胞组分的影响 | 第18-19页 |
| 1.1.3 嗜压微生物压力适应性 | 第19-25页 |
| 1.1.4 小结 | 第25-26页 |
| 1.2 Thermococcales 研究概况 | 第26-32页 |
| 1.2.1 Thermococcales 简介 | 第26-27页 |
| 1.2.2 Thermococcales 代谢途径 | 第27-28页 |
| 1.2.3 硫对 Thermococcales 代谢途径的影响 | 第28-30页 |
| 1.2.4 Thermococcales 的甲酸代谢 | 第30-31页 |
| 1.2.5 Thermococcales 微生物的应用 | 第31-32页 |
| 1.3 Thermococcales 遗传操作系统 | 第32-45页 |
| 1.3.1 Thermococcales 的可移动遗传元件 | 第32-38页 |
| 1.3.2 Thermococcales 穿梭载体的构建 | 第38-39页 |
| 1.3.3 Thermococcales 遗传筛选标记 | 第39-42页 |
| 1.3.4 Thermococcales 转化方法 | 第42页 |
| 1.3.5 Thermococcales 中的基因敲除 | 第42-44页 |
| 1.3.6 Thermococcales 基因表达系统 | 第44页 |
| 1.3.7 小结 | 第44-45页 |
| 1.4 Pyrococcus yayanosii CH1 介绍 | 第45-46页 |
| 1.5 本论文研究内容、目的、意义及困难 | 第46-48页 |
| 2 兼性嗜压菌株 Pyrococcus yayanosii A1 的分离及鉴定 | 第48-77页 |
| 2.1 前言 | 第48页 |
| 2.2 材料与方法 | 第48-57页 |
| 2.2.1 菌株 | 第48-49页 |
| 2.2.2 培养基与试剂 | 第49-51页 |
| 2.2.3 引物（5’ - 3’） | 第51-53页 |
| 2.2.4 主要仪器 | 第53-54页 |
| 2.2.5 实验方法 | 第54-57页 |
| 2.3 结果与分析 | 第57-75页 |
| 2.3.1 兼性嗜压菌 A1 的筛选 | 第57-61页 |
| 2.3.2 A1 生理特性测定 | 第61-65页 |
| 2.3.3 A1 基因组测序及分析 | 第65-75页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第75-77页 |
| 3 Pyrococcus yayanosii 遗传操作系统构建 | 第77-103页 |
| 3.1 引言 | 第77-78页 |
| 3.2 材料与方法 | 第78-81页 |
| 3.2.1 菌株与质粒 | 第78页 |
| 3.2.2 培养基与试剂 | 第78-79页 |
| 3.2.3 引物 | 第79-80页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第80页 |
| 3.2.5 实验方法 | 第80-81页 |
| 3.3 结果与分析 | 第81-101页 |
| 3.3.1 HMG-CoA 还原酶超表达原件的构建 | 第81-86页 |
| 3.3.2 尿嘧啶营养缺陷型宿主（A2）构建 | 第86-89页 |
| 3.3.3 PYCH1040 基因敲除 | 第89-94页 |
| 3.3.4 pLMO03 无标记筛选质粒的构建 | 第94-96页 |
| 3.3.5 利用无痕敲除技术对 PYCH1096-PYCH1136 基因簇进行中断 | 第96-99页 |
| 3.3.6 以 A1 菌株作为宿主表达高温酶 | 第99-101页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第101-103页 |
| 4 Pyrococcus yayanosii CH1 和 A1 不同压力下的转录组分析 | 第103-140页 |
| 4.1 引言 | 第103页 |
| 4.2 材料与方法 | 第103-111页 |
| 4.2.1 菌株及培养条件 | 第103页 |
| 4.2.2 培养基与试剂 | 第103页 |
| 4.2.3 主要仪器 | 第103-104页 |
| 4.2.4 引物 | 第104页 |
| 4.2.5 Pyrococcus yayanosii 培养方法 | 第104-105页 |
| 4.2.6 总 RNA 的提取 | 第105-106页 |
| 4.2.7 RNA 的纯化 | 第106页 |
| 4.2.8 RNA 质量检测 | 第106页 |
| 4.2.9 RT-PCR 方法 | 第106-107页 |
| 4.2.10 Real Time PCR 反应 | 第107-108页 |
| 4.2.11 转录组实验流程 | 第108-109页 |
| 4.2.12 信息分析流程 | 第109-111页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第111-136页 |
| 4.3.1 RNA 样品质量分析 | 第111-112页 |
| 4.3.2 测序质量评估 | 第112-114页 |
| 4.3.3 A1 在 0.1 MPa 压力条件下的差异表达分析 | 第114-115页 |
| 4.3.4 QPCR 验证转录组结果 | 第115页 |
| 4.3.5 A1 在 0.1 MPa/52MPa 条件下的转录差异分析 | 第115-128页 |
| 4.3.6 A1 在 0.1 MPa/52MPa 条件下差异表达基因对应的代谢途径及其调控分析 | 第128-131页 |
| 4.3.7 CH1 在 15 MPa 压力条件下的转录差异分析 | 第131-136页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第136-140页 |
| 4.4.1 Thermococcales 中的氢酶复合体与其环境适应性 | 第136-137页 |
| 4.4.2 CH1 和 A1 的压力胁迫适应 | 第137-140页 |
| 5 甲酸代谢与 A1 菌株的环境适应性研究 | 第140-178页 |
| 5.1 前言 | 第140页 |
| 5.2 材料与方法 | 第140-150页 |
| 5.2.1 菌株及培养条件 | 第140页 |
| 5.2.2 培养基与试剂 | 第140-143页 |
| 5.2.3 RT-PCR 方法 | 第143页 |
| 5.2.4 Real Time PCR 反应 | 第143页 |
| 5.2.5 A1 总蛋白提取 | 第143页 |
| 5.2.6 磁珠法从 A1 中提取目的蛋白 | 第143-144页 |
| 5.2.7 银染方法 | 第144-145页 |
| 5.2.8 胶内蛋白质的酶解 | 第145页 |
| 5.2.9 质谱分析及检索 | 第145-146页 |
| 5.2.10 HPLC 分析甲酸程序 | 第146-147页 |
| 5.2.11 双向电泳 | 第147-150页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第150-175页 |
| 5.3.1 A1 在不同压力条件下的甲酸代谢 | 第150页 |
| 5.3.2 A1 菌株的 Fmr 基因簇功能分析 | 第150-153页 |
| 5.3.3 Fmr 基因簇功能研究 | 第153-156页 |
| 5.3.4 Mbh 及 Mbx 基因簇功能研究 | 第156-158页 |
| 5.3.5 SHI 基因簇的功能分析 | 第158-165页 |
| 5.3.6 IMP 合成与甲酸盐代谢的关系 | 第165-167页 |
| 5.3.7 假定的压力转录因子（PTF）的分离 | 第167-170页 |
| 5.3.8 PTF 因子的 LC-MS 鉴定 | 第170-172页 |
| 5.3.9 A1 在 0.1 MPa 和 52 MPa 条件下的 2-D 分析 | 第172-173页 |
| 5.3.10 Fmr 基因簇与 A1 的多重胁迫环境适应 | 第173-175页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第175-178页 |
| 6 结论与展望 | 第178-180页 |
| 6.1 结论 | 第178页 |
| 6.2 展望 | 第178-180页 |
| 参考文献 | 第180-193页 |
| 附录 | 第193-205页 |
| 附录 1、缩写词表 | 第193-195页 |
| 附录 2、高温高压培养装置 | 第195-196页 |
| 附录 3、pTS535 载体图谱 | 第196-198页 |
| 附录 4、pLMO01 载体图谱 | 第198-201页 |
| 附录 5、pLMO03 载体示意图 | 第201-204页 |
| 附录 6、高温酯酶序列 | 第204-205页 |
| 致谢 | 第205-206页 |
| 个人简历 | 第206页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第206-207页 |
