| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景和课题意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-15页 |
| 1.2.1 TAL效应物的研究现状 | 第12-14页 |
| 1.2.2 位置权重矩阵的研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 论文的主要内容与组织结构 | 第15-17页 |
| 1.3.1 论文的主要内容 | 第15-16页 |
| 1.3.2 论文的组织结构 | 第16-17页 |
| 第二章 TAL效应物及其靶标预测的相关理论知识 | 第17-27页 |
| 2.1 TAL效应物的结构特征 | 第17-19页 |
| 2.2 TAL效应物与靶点DNA的特异性识别 | 第19-20页 |
| 2.3 TAL效应物靶标预测的相关理论方法 | 第20-23页 |
| 2.4 TAL效应物靶标预测算法的预测性能评估 | 第23-26页 |
| 2.5 本章小结 | 第26-27页 |
| 第三章 基于RVD结合特异性位置权重矩阵的TAL效应物靶标预测 | 第27-46页 |
| 3.1 RVD结合特异性建模 | 第27-29页 |
| 3.2 构建RVD结合特异性位置权重矩阵 | 第29-30页 |
| 3.3 构建RVD特异性打分函数 | 第30-31页 |
| 3.4 扫描阈值的确定 | 第31-34页 |
| 3.5 算法描述 | 第34页 |
| 3.6 实验数据 | 第34-36页 |
| 3.6.1 TAL效应物的RVD序列及其已知靶点 | 第34-35页 |
| 3.6.2 用于扫描基因组的TAL效应物的RVD序列 | 第35页 |
| 3.6.3 水稻基因组DNA序列及其注释 | 第35-36页 |
| 3.6.4 基因表达微阵列数据 | 第36页 |
| 3.7 实验结果与分析 | 第36-45页 |
| 3.7.1 预测算法对TAL效应物已知靶点的重新找回能力和排名分析 | 第36-39页 |
| 3.7.2 对实验验证的TAL效应物-DNA互作的预测结果分析 | 第39-40页 |
| 3.7.3 结合基因表达数据对算法输出的预测结果进行初步筛选与分析 | 第40-42页 |
| 3.7.4 结合基因表达微阵列数据预测TAL效应物的靶标 | 第42-44页 |
| 3.7.5 预测的候选靶标的生物学意义 | 第44-45页 |
| 3.8 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 基于RVD结合特异性和RVD效率位置权重矩阵的TAL效应物靶标预测 | 第46-62页 |
| 4.1 RVD效率建模 | 第46-48页 |
| 4.2 构建RVD效率位置权重矩阵 | 第48-49页 |
| 4.3 构建打分函数 | 第49页 |
| 4.4 扫描阈值的确定 | 第49-51页 |
| 4.5 算法描述 | 第51-52页 |
| 4.6 实验数据与实验结果分析 | 第52-60页 |
| 4.6.1 对TAL效应物已知靶点的排名分析 | 第52-55页 |
| 4.6.2 对实验验证的TAL效应物-DNA互作的预测结果分析 | 第55-56页 |
| 4.6.3 结合基因表达数据对算法输出的预测结果进行初步筛选与分析 | 第56-58页 |
| 4.6.4 结合基因表达微阵列数据预测TAL效应物的靶标 | 第58-60页 |
| 4.6.5 预测的候选靶标的生物学意义 | 第60页 |
| 4.7 本章小结 | 第60-62页 |
| 第五章 总结与展望 | 第62-65页 |
| 5.1 全文总结 | 第62-63页 |
| 5.2 未来展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 附录 | 第71-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读硕士学位期间发表和录用的论文 | 第76页 |
