| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-42页 |
| 1.1 天然纤维素晶体结构 | 第12-15页 |
| 1.2 纤维素酶家族及其特征拓扑结构 | 第15-26页 |
| 1.2.1 GH5家族内切纤维素酶 | 第17-20页 |
| 1.2.2 GH7家族内切纤维素酶 | 第20-23页 |
| 1.2.3 GH12家族内切纤维素酶 | 第23-26页 |
| 1.3 分子动力学模拟在糖苷水解酶结构功能研究中的应用 | 第26-31页 |
| 1.3.1 分子动力学模拟应用及其发展 | 第27-29页 |
| 1.3.2 纤维素酶的分子动力学模拟及其分析 | 第29-31页 |
| 1.4 酶分子相互作用网络 | 第31-37页 |
| 1.4.1 蛋白质主要相互作用分类 | 第31-34页 |
| 1.4.2 蛋白质氨基酸残基间形成的相互作用网络类型 | 第34-35页 |
| 1.4.3 活性架构中关键残基与底物糖分子结构单元间的相互作用网络 | 第35-37页 |
| 1.5 酶分子loop构象动态功能研究 | 第37-40页 |
| 1.5.1 Loop动态的时间尺度 | 第38-39页 |
| 1.5.2 loop动态与蛋白整体动态之间的关系 | 第39页 |
| 1.5.3 Loop动态与功能 | 第39-40页 |
| 1.6 立项依据 | 第40-42页 |
| 第二章 利用荧光光谱法测定三种内切纤维素酶及突变体结合力 | 第42-63页 |
| 2.1 材料与方法 | 第42-48页 |
| 2.1.1 菌株及质粒 | 第42页 |
| 2.1.2 培养基及缓冲液 | 第42-44页 |
| 2.1.3 主要仪器、软件及试剂 | 第44页 |
| 2.1.4 大肠杆菌异源表达系统 | 第44-45页 |
| 2.1.5 毕赤酵母异源表达系统 | 第45页 |
| 2.1.6 目的蛋白的分离纯化 | 第45-46页 |
| 2.1.7 酶动力学参数的模拟分析及实验测定 | 第46页 |
| 2.1.8 结合常数K_a及热力学常数的荧光光谱法测定 | 第46-48页 |
| 2.2 结果与分析 | 第48-62页 |
| 2.2.1 非线性回归法估计酶反应动力学参数的关键影响因素分析 | 第48-50页 |
| 2.2.2 TrCel5A及其突变体结合力的荧光光谱法测定 | 第50-55页 |
| 2.2.3 TrCel7B及其突变体结合力的荧光光谱法测定 | 第55-59页 |
| 2.2.4 TrCell2A及其突变体结合力的荧光光谱法测定 | 第59-62页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第62-63页 |
| 第三章 内切纤维素酶-2亚位点相互作用网络的动力学模拟分析 | 第63-82页 |
| 3.1 材料与方法 | 第63-65页 |
| 3.1.1 主要仪器及软件 | 第63页 |
| 3.1.2 运行参数优化 | 第63-64页 |
| 3.1.3 模拟体系构建 | 第64页 |
| 3.1.4 数据提取与处理 | 第64-65页 |
| 3.1.5 不同扭曲角度二糖底物模建 | 第65页 |
| 3.2 结果与分析 | 第65-80页 |
| 3.2.1 分子动力学模拟运行参数优化 | 第65-67页 |
| 3.2.2 TrCe15A的-2亚位点相互作用网络 | 第67-71页 |
| 3.2.3 TrCe17B的-2亚位点相互作用网络 | 第71-74页 |
| 3.2.4 TrCel12A的-2亚位点相互作用网络 | 第74-78页 |
| 3.2.5 三种内切纤维素酶的底物最适扭曲角度模拟分析 | 第78-80页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第80-82页 |
| 第四章 内切纤维素酶相互作用网络与loop动态的功能分析 | 第82-97页 |
| 4.1 材料与方法 | 第82-83页 |
| 4.2 结果与分析 | 第83-96页 |
| 4.2.1 GH5-5亚家族序列及结构分析 | 第83-85页 |
| 4.2.2 TrCel5A与GlCel5A的分子动力学模拟分析 | 第85-86页 |
| 4.2.3 TrCe15A与GlCe15A的loop柔性及氢键距离分析 | 第86-89页 |
| 4.2.4 TrCe15A与GlCe15A的loop相互作用网络分析 | 第89-96页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第96-97页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第97-99页 |
| 1 全文总结 | 第97-98页 |
| 2 展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第117页 |
