抗原肽与TAP膜蛋白分子相互作用的分子动力学研究
| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3页 |
| 1 绪论 | 第5-11页 |
| 1.1 ABC转运蛋白 | 第6页 |
| 1.2 TAP的结构与功能 | 第6-8页 |
| 1.3 TAP转运机制 | 第8-9页 |
| 1.4 结合肽的多样性 | 第9页 |
| 1.5 本文的研究内容及意义 | 第9-11页 |
| 2 理论基础和方法介绍 | 第11-26页 |
| 2.1 氨基酸的种类与性质 | 第11-12页 |
| 2.2 蛋白质的结构 | 第12-15页 |
| 2.3 同源建模 | 第15-20页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第20-22页 |
| 2.5 拉伸分子动力学 | 第22-23页 |
| 2.6 MM/PBSA方法计算自由结合能 | 第23-25页 |
| 2.7 软件程序包介绍 | 第25-26页 |
| 2.7.1 GROMACS | 第25页 |
| 2.7.2 ABPS | 第25页 |
| 2.7.3 VMD | 第25-26页 |
| 3 TAP对抗原肽转运的拉伸过程 | 第26-30页 |
| 3.1 拉伸体系的介绍 | 第26-27页 |
| 3.2 拉伸模拟中操作要点 | 第27-28页 |
| 3.3 拉伸过程的参数设置 | 第28-30页 |
| 4 结论与分析 | 第30-43页 |
| 4.1 TAP对抗原肽转运过程中的结构变化 | 第30-32页 |
| 4.2 转运过程中结合位点的分析 | 第32-43页 |
| 结论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-50页 |
