| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第一部分 中国多中心侵袭性酵母菌感染连续五年流行病学及药物敏感性研究 | 第11-61页 |
| 一、研究背景 | 第11-13页 |
| 二、材料与方法 | 第13-26页 |
| 2.1 材料 | 第13-18页 |
| 2.1.1 CHIF-NET总体研究方案 | 第13-15页 |
| 2.1.2 菌株 | 第15-16页 |
| 2.1.3 试剂 | 第16-18页 |
| 2.1.4 仪器 | 第18页 |
| 2.2 方法 | 第18-26页 |
| 2.2.1 鉴定方法 | 第18-24页 |
| 2.2.2 药物敏感性试验方法 | 第24-26页 |
| 三、结果 | 第26-51页 |
| 3.1 菌株收集结果 | 第26-28页 |
| 3.2 菌种鉴定结果 | 第28-45页 |
| 3.2.1 Vitek MS评价研究结果 | 第28-33页 |
| 3.2.2 Bruker Bioyper MS评价研究结果 | 第33-39页 |
| 3.2.3 CHIF-NET 2010-2014年总体鉴定结果 | 第39-45页 |
| 3.3 抗真菌药物敏感性结果 | 第45-51页 |
| 四、讨论 | 第51-61页 |
| 第二部分 临床重要真菌相关科学研究方法体系的探索和建立 | 第61-103页 |
| 一、研究背景 | 第61-64页 |
| 二、材料与方法 | 第64-76页 |
| 2.1 材料 | 第64-68页 |
| 2.1.1 菌株 | 第64-67页 |
| 2.1.2 试剂 | 第67页 |
| 2.1.3 仪器 | 第67-68页 |
| 2.2 方法 | 第68-76页 |
| 2.2.1 鉴定方法: | 第68页 |
| 2.2.2 药物敏感性试验方法 | 第68-70页 |
| 2.2.3 分子分型研究方法 | 第70-74页 |
| 2.2.4 耐药基因研究方法 | 第74页 |
| 2.2.5 罕见真菌感染病例研究方法 | 第74-75页 |
| 2.2.6 统计学分析: | 第75-76页 |
| 三、结果 | 第76-95页 |
| 3.1 以罗伦隐球菌为例的真菌常规鉴定方法局限性的发现和研究 | 第76-78页 |
| 3.1.1 参与医院开展的常规鉴定方法: | 第76页 |
| 3.1.2 ITS测序鉴定结果: | 第76-77页 |
| 3.1.3 生化反应鉴定结果: | 第77页 |
| 3.1.4 MALDI-TOF MS鉴定结果: | 第77-78页 |
| 3.2 以ATB(?) FUNGUS 3方法为例的真菌药敏试验方法的探索和比较研究: | 第78-83页 |
| 3.2.1 数据审核: | 第78-79页 |
| 3.2.2 ATB(?)FUNGUS 3肉眼判读和CLSIBMD的总体一致性(EA): | 第79页 |
| 3.2.3 ATB(?)FUNGUS 3ATB全自动仪器判读和CLSI BMD的总体一致性（EA) | 第79页 |
| 3.2.4 ATB(?)FUNGUS 3和CLSI BMD之间分类一致性(CA): | 第79-83页 |
| 3.3 以隐球菌为例的真菌分子流行病学研究模式的建立 | 第83-86页 |
| 3.3.1 隐球菌的分离 | 第83页 |
| 3.3.2 隐球菌ITS测序型别分布 | 第83页 |
| 3.3.3 隐球菌MLST分型结果 | 第83-86页 |
| 3.4 以季也蒙念珠菌为例的真菌耐药机制的研究 | 第86-91页 |
| 3.4.1 季也蒙念珠菌的地域分布 | 第86-87页 |
| 3.4.2 季也蒙念珠菌的抗真菌药物敏感性 | 第87页 |
| 3.4.3 ERG11基因测序 | 第87-88页 |
| 3.4.4 微卫星分型与ERG11的关系分析 | 第88-91页 |
| 3.5 以橡树念珠菌(C.quercitrusa)为例的罕见真菌感染病例研究: | 第91-95页 |
| 3.5.1 测序鉴定结果 | 第91页 |
| 3.5.2 C.quercitrusa的表型特征 | 第91-93页 |
| 3.5.3 系统进化分析 | 第93页 |
| 3.5.4 MALDI-TOF MS分析 | 第93-94页 |
| 3.5.5 抗真菌药物敏感性 | 第94-95页 |
| 四、讨论 | 第95-103页 |
| 全文结论 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-112页 |
| 文献综述 | 第112-130页 |
| 銷文献 | 第126-130页 |
| 附录一 攻读学位期间发表文章情况 | 第130-133页 |
| 附录二 个人简历 | 第133-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
