| 缩略语及术语简表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 利用化学信息分析学方法揭示药用植物药效物质基础的方法学探讨 | 第12-36页 |
| 第一节 整体思路的规划 | 第12-13页 |
| 第二节 利用化学信息分析学方法进行药用植物研究的方法学设计 | 第13-31页 |
| 一、研究对象的确定 | 第13-18页 |
| 1 药用植物有效活性成分信息的获取 | 第14-18页 |
| 1.1 化合物信息收集 | 第14-17页 |
| 1.2 构建药用植物化合物数据库的软件选择 | 第17-18页 |
| 二、化合物预处理 | 第18-19页 |
| 1 类药性预测 | 第18页 |
| 2 ADME/T筛选 | 第18-19页 |
| 3 假阳性化合物排除 | 第19页 |
| 三、虚拟筛选的含义及实现 | 第19-24页 |
| 1 基于药效团的反向找靶 | 第22-23页 |
| 2 基于配体相似性的验证 | 第23-24页 |
| 3 基于分子对接的精细验证 | 第24页 |
| 四、作用靶点集合分析 | 第24-30页 |
| 1 靶点信息的分析及注释 | 第24-27页 |
| 2 网络药理学的构建 | 第27-30页 |
| 五、整体方法学概述 | 第30-31页 |
| 第三节 总结与展望 | 第31-32页 |
| 参考文献 | 第32-36页 |
| 第二章 利用化学信息分析学对适应原类药用植物作用机制的研究 | 第36-106页 |
| 第一节 适应原类药用植物的研究进展概况 | 第36-48页 |
| 一 适应原的定义及发展 | 第36-37页 |
| 二 适应原的功效 | 第37-40页 |
| 1 适应原与肾上腺疲劳 | 第37-38页 |
| 2 适应原与关节炎 | 第38页 |
| 3 适应原与睡眠 | 第38-39页 |
| 4 适应原与神经内分泌系统 | 第39页 |
| 5 适应原植物在抗肿瘤上的应用 | 第39-40页 |
| 三 适应原作用机制探讨 | 第40-41页 |
| 四 适应原与中药补益类药物之间的联系 | 第41-42页 |
| 五 各国“人参”与适应原 | 第42-45页 |
| 六 目前适应原研究难点及展望 | 第45-46页 |
| 七 基于计算机虚拟寻靶技术对几种适应原植物的生物活性评价 | 第46-48页 |
| 第二节 基于计算机虚拟寻靶技术对适应原植物玛咖的生物活性评价 | 第48-84页 |
| 一 玛咖次生代谢产物的反向寻靶研究 | 第48-68页 |
| 1 实验部分 | 第49-57页 |
| 1.1 化合物集 | 第49-54页 |
| 1.2 异构体生成 | 第54-55页 |
| 1.3 基于药效团模型的反向筛选 | 第55-57页 |
| 1.4 结合模式优化 | 第57页 |
| 1.5 加权高斯球算法验证 | 第57页 |
| 2 结果与讨论 | 第57-68页 |
| 二 玛咖潜在药效靶点集合的网络药理学研究 | 第68-84页 |
| 1 实验部分 | 第68-69页 |
| 1.1 化合物相关信息分析 | 第68页 |
| 1.2 药理网络构建 | 第68-69页 |
| 1.3 靶蛋白集合分析 | 第69页 |
| 2 结果与讨论 | 第69-84页 |
| 2.1 前列腺相关靶点集分析 | 第74-77页 |
| 2.2 肾脏疾病相关靶点集分析 | 第77-79页 |
| 2.3 骨质疏松疾病相关靶点集分析 | 第79-81页 |
| 2.4 心血管疾病相关靶点集预测分析 | 第81-84页 |
| 三 本节小结 | 第84页 |
| 第三节 化学信息分析学方法在适应原类药用植物作用机制上的研究 | 第84-98页 |
| 一 化学信息分析学在适应原药用植物研究中的意义 | 第85-86页 |
| 二 适应原植物的反向寻靶研究 | 第86-89页 |
| 1 实验部分 | 第86-89页 |
| 1.1 化合物收集 | 第86页 |
| 1.2 异构体生成 | 第86-87页 |
| 1.3 反向筛选 | 第87-88页 |
| 1.4 结合模式优化 | 第88-89页 |
| 1.5 靶点集合分析 | 第89页 |
| 三 结果与讨论 | 第89-98页 |
| 本章小结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-106页 |
| 第三章 中药活血机理的化学信息学研究 | 第106-148页 |
| 第一节 P2Y_1受体蛋白结构的研究 | 第106-109页 |
| 第二节 P2Y_1受体蛋白天然产物拮抗剂的研究 | 第109-140页 |
| 一 实验部分 | 第109-123页 |
| 1 计算平台 | 第109页 |
| 2 蛋白质结构预处理 | 第109-114页 |
| 3 TCMSP化合物数据库构建 | 第114-115页 |
| 4 配体小分子预处理及异构体生成 | 第115-116页 |
| 5 Lipinski 5项原则筛选 | 第116-117页 |
| 6 LigandFit批量分子对接 | 第117-122页 |
| 7 ADME/T性质预测 | 第122-123页 |
| 二 结果与分析 | 第123-140页 |
| 1 P2Y_1受体蛋白靶蛋相关作用通路分析 | 第123-125页 |
| 2 P2Y_1受体蛋白靶蛋白及MRS2500结合模式分析 | 第125-128页 |
| 3 对接结果及类药性分析 | 第128-132页 |
| 4 抗血栓药用植物分析 | 第132-135页 |
| 5 三种理想抗血栓药用植物--灵芝、甘草、升麻分析 | 第135-140页 |
| 本章小结 | 第140-143页 |
| 参考文献 | 第143-148页 |
| 全文总结 | 第148-149页 |
| 个人简历 | 第149-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
