| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第19-54页 |
| 1.1 蛋白质组学技术 | 第19-25页 |
| 1.1.1 2-DE技术 | 第20-22页 |
| 1.1.2 2D-DIGE技术 | 第22-23页 |
| 1.1.3 Label-free技术 | 第23-25页 |
| 1.2 蛋白质组学研究进展 | 第25-44页 |
| 1.2.1 植物蛋白质组学研究进展 | 第26-41页 |
| 1.2.1.1 植物蛋白质组数据库建立 | 第26-27页 |
| 1.2.1.2 植物蛋白提取方法改良 | 第27-28页 |
| 1.2.1.3 植物遗传多样性蛋白质组研究 | 第28-29页 |
| 1.2.1.4 植物器官及生长发育蛋白质组研究 | 第29-31页 |
| 1.2.1.5 植物逆境响应和环境互作蛋白质组研究 | 第31-37页 |
| 1.2.1.6 植物内外源激素蛋白质组研究 | 第37-38页 |
| 1.2.1.7 植物各细胞器蛋白质组研究 | 第38-41页 |
| 1.2.2 叶绿体蛋白质组学研究进展 | 第41-42页 |
| 1.2.3 药用植物应用于疾病治疗蛋白质组学研究 | 第42-44页 |
| 1.3 代谢组学 | 第44-46页 |
| 1.3.1 代谢组学技术 | 第44-45页 |
| 1.3.2 代谢组学研究进展 | 第45-46页 |
| 1.4 紫外对植物的影响 | 第46-52页 |
| 1.4.1 紫外对植物生理的影响 | 第47-49页 |
| 1.4.2 紫外对植物代谢物的影响 | 第49-50页 |
| 1.4.3 紫外对植物蛋白质组的影响 | 第50-51页 |
| 1.4.4 紫外对植物基因的影响 | 第51-52页 |
| 1.5 本研究的背景、主要内容及意义 | 第52-54页 |
| 2 南方红豆杉对UV-A辐射响应和防御机制的研究 | 第54-117页 |
| 2.1 引言 | 第54-58页 |
| 2.1.1 南方红豆杉主要成分 | 第54-55页 |
| 2.1.2 红豆杉系统生物学研究进展 | 第55-57页 |
| 2.1.3 红豆杉叶绿体研究进展 | 第57-58页 |
| 2.1.4 UV-A对红豆杉的影响 | 第58页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第58-78页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第58-59页 |
| 2.2.2 实验试剂 | 第59-61页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第61-63页 |
| 2.2.4 UV-A辐射南方红豆杉条件筛选 | 第63页 |
| 2.2.5 南方红豆杉针叶中化合物提取 | 第63页 |
| 2.2.6 超高效液相色谱-质谱联用测定目标化合物含量 | 第63-64页 |
| 2.2.7 透射电子显微镜分析 | 第64页 |
| 2.2.8 南方红豆杉针叶蛋白的提取与纯化 | 第64-66页 |
| 2.2.8.1 蛋白提取 | 第64-65页 |
| 2.2.8.2 蛋白纯化 | 第65-66页 |
| 2.2.9 南方红豆杉针叶Label-free差异蛋白质组学研究 | 第66-67页 |
| 2.2.9.1 蛋白消化 | 第66页 |
| 2.2.9.2 NanoLC-MS/MS分析 | 第66页 |
| 2.2.9.3 蛋白鉴定 | 第66-67页 |
| 2.2.9.4 差异分析 | 第67页 |
| 2.2.10 南方红豆杉针叶2-DE差异蛋白质组学 | 第67-71页 |
| 2.2.10.1 等电聚焦 | 第67-68页 |
| 2.2.10.2 胶条平衡 | 第68页 |
| 2.2.10.3 第二向SDS电泳 | 第68页 |
| 2.2.10.4 胶图显色与图像处理 | 第68-69页 |
| 2.2.10.5 差异点的胶内酶解 | 第69-70页 |
| 2.2.10.6 质谱鉴定 | 第70-71页 |
| 2.2.11 南方红豆杉针叶叶绿体差异蛋白质组学研究 | 第71页 |
| 2.2.11.1 南方红豆杉针叶叶绿体提取 | 第71页 |
| 2.2.11.2 叶绿体蛋白提取纯化 | 第71页 |
| 2.2.11.3 叶绿体label-free差异蛋白研究 | 第71页 |
| 2.2.12 鉴定蛋白生物信息学分析 | 第71-72页 |
| 2.2.12.1 应用Uniprot数据库进行蛋白分类 | 第72页 |
| 2.2.12.2 蛋白相互作用及通路分析 | 第72页 |
| 2.2.13 代谢组学代谢物萃取 | 第72-73页 |
| 2.2.14 气相色谱-飞行时间质谱联用分析 | 第73页 |
| 2.2.15 代谢组谱图处理 | 第73页 |
| 2.2.16 南方红豆杉针叶总RNA提取 | 第73-75页 |
| 2.2.16.1 样品处理 | 第73-74页 |
| 2.2.16.2 总RNA提取及完整性检测 | 第74页 |
| 2.2.16.3 RNA浓度检测 | 第74页 |
| 2.2.16.4 反转录生成mRNA模板 | 第74-75页 |
| 2.2.17 qRT-PCR分析 | 第75-77页 |
| 2.2.17.1 特异性引物设计 | 第75-76页 |
| 2.2.17.2 qRT-PCR及产物特异性分析 | 第76-77页 |
| 2.2.18 紫杉醇合成相关酶活性分析 | 第77-78页 |
| 2.2.18.1 DXR酶活测定 | 第77-78页 |
| 2.2.18.2 莽草酸脱氢酶(SDH)酶活测定 | 第78页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第78-116页 |
| 2.3.1 HPLC测定目标化合物含量 | 第78-82页 |
| 2.3.2 TEM电镜分析 | 第82-83页 |
| 2.3.3 红豆杉针叶总蛋白提取定量结果 | 第83页 |
| 2.3.4 南方红豆杉针叶差异蛋白质组分析 | 第83-105页 |
| 2.3.4.1 南方红豆杉针叶Label-free差异蛋白质组 | 第84-92页 |
| 2.3.4.2 南方红豆杉针叶2-DE差异蛋白质组 | 第92-98页 |
| 2.3.4.3 南方红豆杉针叶Label-free与2-DE比较分析 | 第98-99页 |
| 2.3.4.4 南方红豆杉针叶差异蛋白互作分析 | 第99页 |
| 2.3.4.5 南方红豆杉叶绿体差异蛋白质组 | 第99-105页 |
| 2.3.5 南方红豆杉针叶差异代谢组分析 | 第105-110页 |
| 2.3.5.1 样本品质检测 | 第105页 |
| 2.3.5.2 系统稳定性测定 | 第105-106页 |
| 2.3.5.3 模型建立及多变量分析 | 第106-107页 |
| 2.3.5.4 差异性表达代谢物分析 | 第107-110页 |
| 2.3.6 紫杉醇合成途径关键酶基因表达趋势变化 | 第110-111页 |
| 2.3.7 紫杉醇合成相关酶活性分析 | 第111-112页 |
| 2.3.8 南方红豆杉UV-A辐射下应激和防御机制分析 | 第112-116页 |
| 2.3.8.1 UV-A导致光合作用和碳同化失衡 | 第112-113页 |
| 2.3.8.2 UV-A作用下糖酵解途径在碳消耗过程中占主导地位 | 第113-114页 |
| 2.3.8.3 UV-A辐射减弱营养代谢中枢循环 | 第114页 |
| 2.3.8.4 UV-A辐射选择性改变辅助底物补充过程 | 第114-115页 |
| 2.3.8.5 UV-A诱导南方红豆杉针叶紫杉醇生物合成 | 第115-116页 |
| 2.4 结论 | 第116-117页 |
| 3 银杏药物成份改进和相关蛋白质组学研究 | 第117-150页 |
| 3.1 引言 | 第117-120页 |
| 3.1.1 银杏主要活性成分 | 第117-119页 |
| 3.1.2 银杏蛋白质组及亚细胞器研究进展 | 第119页 |
| 3.1.3 UV-B对银杏影响 | 第119-120页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第120-130页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第120页 |
| 3.2.2 实验试剂 | 第120-123页 |
| 3.2.3 实验仪器 | 第123-125页 |
| 3.2.4 UV-B辐射处理 | 第125页 |
| 3.2.5 银杏叶片主要药用成分和有害成分分析 | 第125-126页 |
| 3.2.6 透射电子显微镜分析 | 第126页 |
| 3.2.7 生理指标及酶活测定 | 第126-129页 |
| 3.2.7.1 植物色素含量测定 | 第126页 |
| 3.2.7.2 可溶性蛋白测定 | 第126-127页 |
| 3.2.7.3 可溶性糖测定 | 第127页 |
| 3.2.7.4 丙二醛含量测定 | 第127-128页 |
| 3.2.7.5 脯氨酸含量测定 | 第128页 |
| 3.2.7.6 还原型谷胱甘肽(GSH)含量测定 | 第128页 |
| 3.2.7.7 超氧化物歧化酶(SOD)活性测定 | 第128页 |
| 3.2.7.8 苯丙氨酸解氨酶(PAL)活性测定 | 第128-129页 |
| 3.2.8 qRT-PCR分析 | 第129页 |
| 3.2.9 银杏叶绿体差异蛋白质组学研究 | 第129-130页 |
| 3.2.9.1 银杏叶绿体提取 | 第129页 |
| 3.2.9.2 蛋白提取纯化 | 第129-130页 |
| 3.2.9.3 银杏叶绿体差异蛋白质组学研究 | 第130页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第130-149页 |
| 3.3.1 UV-B下银杏叶重要药理代谢物变化 | 第130-133页 |
| 3.3.2 银杏叶片生理变化 | 第133-137页 |
| 3.3.2.1 银杏叶片超微结构变化 | 第133-134页 |
| 3.3.2.2 银杏叶片色素含量变化 | 第134-135页 |
| 3.3.2.3 银杏叶片非酶促抗氧化系统变化 | 第135-136页 |
| 3.3.2.4 银杏叶片酶促抗氧化系统变化 | 第136-137页 |
| 3.3.3 黄酮合成关键基因表达趋势变化 | 第137-138页 |
| 3.3.4 银杏叶绿体差异蛋白质组 | 第138-146页 |
| 3.3.4.1 银杏叶绿体提取及质量检验 | 第138页 |
| 3.3.4.2 银杏叶绿体蛋白提取 | 第138-139页 |
| 3.3.4.3 银杏叶绿体双向电泳 | 第139-146页 |
| 3.3.4.4 差异蛋白互作分析 | 第146页 |
| 3.3.5 UV-B辐射下应激和防御机制分析 | 第146-149页 |
| 3.3.5.1 UV-B抑制叶绿体光合系统 | 第146-147页 |
| 3.3.5.2 代谢物变化可抵御UV-B辐射损伤 | 第147-148页 |
| 3.3.5.3 抗氧化系统增强抵御UV-B辐射损伤 | 第148页 |
| 3.3.5.4 胁迫相关蛋白参与UV-B防御机制 | 第148-149页 |
| 3.4 结论 | 第149-150页 |
| 4 土牛膝治疗关节炎大鼠模型研究及其滑膜候选生物标记筛选 | 第150-182页 |
| 4.1 引言 | 第150-152页 |
| 4.1.1 关节炎治疗药物现状 | 第150-151页 |
| 4.1.2 土牛膝临床和药效学研究进展 | 第151页 |
| 4.1.3 蛋白质组学应用于关节炎研究进展 | 第151-152页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第152-163页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第152-153页 |
| 4.2.2 实验试剂 | 第153-155页 |
| 4.2.3 实验仪器 | 第155-157页 |
| 4.2.4 土牛膝药用成分提取分离和结构鉴定 | 第157-158页 |
| 4.2.5 皂苷定量分析 | 第158-159页 |
| 4.2.5.1 标准品和供试品制备 | 第158页 |
| 4.2.5.2 HPLC条件 | 第158页 |
| 4.2.5.3 系统适用性考察 | 第158-159页 |
| 4.2.6 关节炎模型的建立 | 第159页 |
| 4.2.7 分组给药 | 第159页 |
| 4.2.8 指标检测 | 第159页 |
| 4.2.9 X光骨骼检查 | 第159-160页 |
| 4.2.10 组织切片观察 | 第160页 |
| 4.2.11 荧光差异蛋白质组学分析 | 第160-162页 |
| 4.2.11.1 蛋白提取 | 第160页 |
| 4.2.11.2 DIGE | 第160-162页 |
| 4.2.11.3 蛋白点鉴定 | 第162页 |
| 4.2.12 Western blot分析 | 第162-163页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第163-181页 |
| 4.3.1 土牛膝化合物分离与鉴定 | 第163-166页 |
| 4.3.2 土牛膝皂苷定量分析 | 第166-168页 |
| 4.3.3 CIA模型建立 | 第168-169页 |
| 4.3.4 土牛膝总皂苷对CIA大鼠体重影响 | 第169-170页 |
| 4.3.5 土牛膝总皂苷对CIA大鼠足肿胀影响 | 第170-171页 |
| 4.3.6 土牛膝总皂苷对CIA大鼠足骨骼侵蚀和炎症影响 | 第171-174页 |
| 4.3.7 CIA大鼠滑膜差异蛋白质组分析 | 第174-179页 |
| 4.3.8 Western blot验证 | 第179页 |
| 4.3.9 RA病理及土牛膝皂苷治疗候选生物标记物分析 | 第179-181页 |
| 4.4 结论 | 第181-182页 |
| 5 结论与展望 | 第182-185页 |
| 5.1 全文主要结论 | 第182-183页 |
| 5.2 本文不足之处与展望 | 第183-185页 |
| 参考文献 | 第185-223页 |
| 作者简介 | 第223-224页 |
