| 目录 | 第1-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一部分 金黄色葡萄球菌SraP配体结合区(SraP_(BR))的结构与功能研究 | 第14-76页 |
| 第一章 SraP研究背景 | 第14-26页 |
| ·富丝氨酸重复蛋白(Serine-rich repeat proteins,SRRPs) | 第14-22页 |
| ·SRRP概述 | 第14-16页 |
| ·SRRP的功能模型 | 第16-17页 |
| ·BR的高度多态性及其配体多样性 | 第17-19页 |
| ·SRRP介导种内或者种间聚集 | 第19-20页 |
| ·BR的模块组成 | 第20-22页 |
| ·金黄色葡萄球菌SraP概述 | 第22-26页 |
| ·金黄色葡萄球菌概述 | 第22页 |
| ·金黄色葡萄球菌细胞壁锚定蛋白 | 第22-25页 |
| ·SraP研究进展 | 第25-26页 |
| 第二章 实验材料、设备与方法 | 第26-38页 |
| ·实验材料与仪器设备 | 第26-27页 |
| ·质粒、菌株 | 第26页 |
| ·酶类及其它试剂 | 第26页 |
| ·仪器设备 | 第26-27页 |
| ·实验方法 | 第27-38页 |
| ·重组质粒的构建 | 第27-29页 |
| ·蛋白的超量表达与纯化 | 第29页 |
| ·金属离子鉴定 | 第29页 |
| ·生物分子相互作用分析技术 | 第29-30页 |
| ·计算机模拟底物结合 | 第30页 |
| ·细胞粘附实验 | 第30页 |
| ·sraP敲除菌株的构建 | 第30页 |
| ·细菌粘附和侵染A549细胞实验 | 第30页 |
| ·GST pull-down实验 | 第30页 |
| ·小角X射线散射实验 | 第30-31页 |
| ·分子动力学模拟分析 | 第31-32页 |
| ·化学交联 | 第32-33页 |
| ·蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第33-38页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第38-64页 |
| ·SraP_(BR)的序列分析和蛋白纯化 | 第38-41页 |
| ·SraP_(BR)的序列分析 | 第38页 |
| ·SraP_(BR)不同版本蛋白的纯化 | 第38-39页 |
| ·SraP的GFP融合蛋白的纯化 | 第39-40页 |
| ·SraP的GST融合蛋白的纯化 | 第40-41页 |
| ·SraP_(BR)的晶体学研究 | 第41-48页 |
| ·SraP_(245-575)、SraP_(BR)、SraP_(493-663)和SraP_(576-751)的晶体生长和优化 | 第41-42页 |
| ·SraP_(245-575)、SraP_(BR)、SraP_(493-663)和SraP_(576-751)的晶体的X射线衍射数据的收集、处理及晶体结构解析 | 第42-43页 |
| ·SraP_(245-575)、SraP_(BR)、SraP_(493-663)和SraP_(576-751)的结构模型质量评估 | 第43-48页 |
| ·SraPBR的整体结构 | 第48-49页 |
| ·L-lectin模块特异性结合Neu5Ac | 第49-51页 |
| ·L-lectin模块活性位点 | 第50-51页 |
| ·L-lectin模块与Neu5Ac结合 | 第51页 |
| ·β-GF模块 | 第51-52页 |
| ·串联的CDHL模块维持SraP_(BR)的相对刚性 | 第52-56页 |
| ·CDHL模块 | 第52-53页 |
| ·SraP_(BR)保持相对的刚性 | 第53-56页 |
| ·SraP结合唾液酰化受体促进金黄色葡萄球菌粘附和侵染A549细胞 | 第56-59页 |
| ·L-lectin模块介导SraP_(BR)黏附A549细胞 | 第57页 |
| ·SraP促进金黄色葡萄球菌粘附和侵染A549细胞 | 第57-59页 |
| ·SraP_(BR)结构和功能总结 | 第59-64页 |
| ·L-lectin模块与唾液酰化受体的特异性识别在葡萄球菌中广泛存在 | 第59-61页 |
| ·CDHL模块组成新的二体作用方式 | 第61-63页 |
| ·SraP_(BR)拥有独特的模块组成方式 | 第63-64页 |
| 小结 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-76页 |
| 第二部分 肺炎链球菌L,D-羧肽酶DacB的结构酶学研究 | 第76-104页 |
| 第四章 L,D-羧肽酶DacB研究背景 | 第76-84页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·肺炎练球菌概述 | 第76-77页 |
| ·肽聚糖的合成与水解 | 第77-79页 |
| ·肽聚糖概述 | 第77页 |
| ·肽聚糖合成模型 | 第77-78页 |
| ·肽聚糖的合成与水解 | 第78-79页 |
| ·肽聚糖水解酶介导肽聚糖的重塑和分裂 | 第79-81页 |
| ·细菌L,D-羧肽酶 | 第81-84页 |
| 第五章 材料与方法 | 第84-88页 |
| ·重组质粒的构建 | 第84页 |
| ·蛋白的表达与纯化 | 第84页 |
| ·蛋白质结晶,晶体优化与数据收集 | 第84页 |
| ·结构解析及修正 | 第84-86页 |
| ·金属离子鉴定 | 第86页 |
| ·活性测定 | 第86页 |
| ·计算机模拟底物结合 | 第86-88页 |
| 第六章 结果与讨论 | 第88-96页 |
| ·DacB的结晶、数据收集、结构解析及修正 | 第88页 |
| ·DacB的结构及结构比较 | 第88-90页 |
| ·DacB的结构 | 第88-89页 |
| ·DacB与同源结构比较 | 第89-90页 |
| ·DacB的活性位点分析 | 第90-96页 |
| ·DacB的活性位点 | 第90-92页 |
| ·DacB活性测定 | 第92-93页 |
| ·DacB与四肽底物L-Ala-D-iGln-L-Lys-D-Ala的识别模型 | 第93-96页 |
| 小结 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-104页 |
| 附录 | 第104-124页 |
| 致谢 | 第124-126页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第126页 |
