| 目录 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-13页 |
| ABSTRACT | 第13-19页 |
| 缩略词表 | 第19-21页 |
| 第一章 研究背景与立题依据 | 第21-47页 |
| ·研究背景 | 第21-42页 |
| ·海洋生态环境及其氮循环机制 | 第21-23页 |
| ·海洋生态环境 | 第21-22页 |
| ·海洋氮循环机制 | 第22-23页 |
| ·海洋中能量固定过程与海洋中的藻类 | 第23-24页 |
| ·海洋中能量的固定过程 | 第23页 |
| ·海洋中的藻类 | 第23-24页 |
| ·蛋白酶的分类与命名 | 第24-25页 |
| ·蛋白酶的分类 | 第24-25页 |
| ·蛋白酶的命名 | 第25页 |
| ·蛋白酶的催化机制 | 第25-28页 |
| ·丝氨酸蛋白酶的催化机制 | 第25-27页 |
| ·金属蛋白酶的催化机制 | 第27-28页 |
| ·蛋白酶的成熟机制 | 第28-32页 |
| ·丝氨酸蛋白酶的成熟机制 | 第28-29页 |
| ·金属蛋白酶的成熟机制 | 第29-30页 |
| ·其它蛋白酶的成熟机制 | 第30-32页 |
| ·Thermolysin家族金属蛋白酶 | 第32页 |
| ·Thermolysin家族金属蛋白酶简介 | 第32页 |
| ·Thermolysin家族金属蛋白酶成熟机制的研究 | 第32页 |
| ·Subtilisin家族丝氨酸蛋白酶 | 第32-34页 |
| ·Subtilisin家族蛋白酶简介 | 第32-33页 |
| ·Subtilisin家族丝氨酸胶原蛋白酶 | 第33-34页 |
| ·蓝藻的捕光复合体——藻胆体 | 第34-42页 |
| ·蓝藻和红藻藻胆体的构成 | 第34-36页 |
| ·藻胆体中的色素分子——藻胆素 | 第36-37页 |
| ·藻胆体的主要功能组分——藻胆蛋白 | 第37-38页 |
| ·藻胆体中的重要组分——连接蛋白 | 第38-40页 |
| ·藻胆体的分子结构 | 第40-41页 |
| ·藻胆体中的末端能量受体 | 第41-42页 |
| ·立题依据与研究内容 | 第42-47页 |
| ·立题依据 | 第42-45页 |
| ·深海细菌Pseudoalteromonas sp.SM9913分泌的胞外蛋白酶成熟机制与底物识别机制 | 第42-45页 |
| ·蓝藻捕光复合体藻胆体的组装机制 | 第45页 |
| ·蛋白质晶体结构的解析与计算机模拟 | 第45页 |
| ·研究内容 | 第45-47页 |
| 第二章 MCP-02蛋白酶结晶及晶体结构分析 | 第47-75页 |
| ·引言 | 第47页 |
| ·材料与方法 | 第47-55页 |
| ·表达质粒与菌株 | 第47-48页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第48页 |
| ·主要仪器和设备 | 第48页 |
| ·主要分析软件 | 第48页 |
| ·基因克隆、表达载体的构建和突变体构建 | 第48-49页 |
| ·蛋白表达与纯化 | 第49-50页 |
| ·蛋白质晶体筛选及优化 | 第50-52页 |
| ·蛋白质晶体衍射数据收集 | 第52-53页 |
| ·晶体结构解析、结构修正和数据提交 | 第53页 |
| ·单独表达的前导肽同蛋白酶催化结构域相互作用分析 | 第53-54页 |
| ·前导肽对催化结构域的抑制实验 | 第54-55页 |
| ·结果与讨论 | 第55-72页 |
| ·MCP-02在大肠杆菌中的表达及成熟过程的初步分析 | 第55-57页 |
| ·能够稳定MCP-02成熟中间体的突变体筛选 | 第57-58页 |
| ·MCP-02成熟酶结晶及结构分析 | 第58-61页 |
| ·MCP-02成熟酶晶体生长及数据收集 | 第58-59页 |
| ·MCP-02成熟酶的结构解析及修正 | 第59-60页 |
| ·MCP-02成熟酶的结构分析 | 第60-61页 |
| ·MCP-02剪切后复合体的结晶及结构分析 | 第61-67页 |
| ·MCP-02剪切后复合体晶体生长及数据收集 | 第61-62页 |
| ·MCP-02剪切后复合体结构解析及修正 | 第62-63页 |
| ·MCP-02剪切后复合体的结构分析 | 第63-67页 |
| ·MCP-02前导肽对催化结构域活力的抑制 | 第67-69页 |
| ·MCP-02前导肽抑制催化结构域的分子机制 | 第69-72页 |
| ·结论 | 第72-75页 |
| 第三章 Thermolysin家族蛋白酶的成熟机制 | 第75-89页 |
| ·引言 | 第75页 |
| ·材料与方法 | 第75-77页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第75页 |
| ·主要的仪器设备 | 第75页 |
| ·圆二色谱仪 | 第75页 |
| ·大型超级计算机 | 第75页 |
| ·用圆二色谱观察MCP-02自剪切过程中的构象变化 | 第75-76页 |
| ·MCP-02酶原和剪切后复合体的变性温度测定 | 第76页 |
| ·MCP-02酶原结构的分子动力学模拟 | 第76-77页 |
| ·蛋白质氮端测序 | 第77页 |
| ·结果与讨论 | 第77-87页 |
| ·MCP-02自我剪切后的巨大的构象变化 | 第77-78页 |
| ·MCP-02自我剪切后的构象变化是一个自由能驱动的过程 | 第78-81页 |
| ·MCP-02酶原结构的模拟 | 第81-82页 |
| ·MCP-02剪切后复合体的激活过程 | 第82-84页 |
| ·金属蛋白酶MCP-02自成熟过程中活性中心的变化 | 第84-86页 |
| ·金属蛋白酶MCP-02的自成熟机制 | 第86-87页 |
| ·结论 | 第87-89页 |
| 第四章 Subtilisin家族蛋白酶MCP-01催化结构域识别降解胶原蛋白底物的分子机制 | 第89-101页 |
| ·引言 | 第89页 |
| ·材料与方法 | 第89-90页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第89页 |
| ·主要仪器设备 | 第89页 |
| ·胶原蛋白酶活力测定 | 第89-90页 |
| ·MCP-01 CD对于可溶小肽底物的活性测定 | 第90页 |
| ·MCP-01 CD对胶原蛋白酶解位点的测定 | 第90页 |
| ·结果与讨论 | 第90-100页 |
| ·MCP-01催化结构域结构分析 | 第90-93页 |
| ·MCP-01底物结合口袋周围具有三个关键的loop | 第93-95页 |
| ·MCP-01催化结构域底物结合口袋氨基酸残基组成偏好性 | 第95-97页 |
| ·MCP-01 CD对胶原蛋白降解机制的分析 | 第97-100页 |
| ·MCP-01 CD降解可溶小肽的底物特异性分析 | 第97-98页 |
| ·MCP-01 CD对胶原蛋白酶解位点的偏好性 | 第98-100页 |
| ·结论 | 第100-101页 |
| 第五章 Pfam00427结构域晶体结构的解析和Pfam00427-C-PC(α β)6七聚体模型的建立 | 第101-119页 |
| ·引言 | 第101页 |
| ·材料与方法 | 第101-109页 |
| ·表达质粒和菌株 | 第101-102页 |
| ·主要药品和仪器设备 | 第102页 |
| ·Pfam00427晶体结构的解析 | 第102-105页 |
| ·Pfam00427晶体结构的相位解析过程 | 第102-104页 |
| ·Pfam00427晶体结构的模型搭建和结构精修 | 第104-105页 |
| ·GST pull-down实验分析Pfam00427同C-PC之间的相互作用 | 第105-108页 |
| ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体模型的计算机模拟 | 第108-109页 |
| ·结果与讨论 | 第109-118页 |
| ·Pfam00427的结晶和结构分析 | 第109-110页 |
| ·Pfam00427是一种新的全α-螺旋折叠类型 | 第110-112页 |
| ·Pfam00427同C-PC(αβ)_6六聚体的刚性对接模型 | 第112-113页 |
| ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体最终模型的选择 | 第113-116页 |
| ·Pfam00427-C-PC(αβ)_6七聚体分子动力学模拟及结构分析 | 第116-118页 |
| ·结论 | 第118-119页 |
| 第六章 蓝藻藻胆体杆的精细分子模型 | 第119-127页 |
| ·引言 | 第119页 |
| ·材料与方法 | 第119-120页 |
| ·表达质粒和菌株 | 第119页 |
| ·主要药品和仪器 | 第119页 |
| ·Pfam01383与Pfam00427相互作用分析 | 第119-120页 |
| ·连接蛋白L_(RT)(Pfam01383)的结构模拟 | 第120页 |
| ·结果与讨论 | 第120-125页 |
| ·Pfam01383-Pfam00427-C-PC(αβ)_6八聚体模型的建立 | 第120-122页 |
| ·藻胆体杆的精细分子模型 | 第122-125页 |
| ·结论 | 第125-127页 |
| 第七章 连接蛋白LCM氮端结构域Pfam00502自色素化机制 | 第127-139页 |
| ·引言 | 第127-128页 |
| ·材料与方法 | 第128-131页 |
| ·表达质粒和菌株 | 第128页 |
| ·主要药品和仪器 | 第128-129页 |
| ·藻胆素的表达 | 第129页 |
| ·色素化LP502的制备 | 第129页 |
| ·Western-Blot检测 | 第129-130页 |
| ·锌离子染色技术 | 第130页 |
| ·LP502脱辅基蛋白同色素分子相互作用的检测 | 第130-131页 |
| ·色素化LP502的光谱检测 | 第131页 |
| ·结果与讨论 | 第131-137页 |
| ·PB-loop对LP502白色素化的影响 | 第131-132页 |
| ·LP502白色素化位点的专一性和特异性 | 第132-134页 |
| ·LP502中色素分子的结合位点和相互作用关键氨基酸 | 第134-136页 |
| ·LP502能够自发的识别色素分子 | 第136-137页 |
| ·LP502能够特异性结合藻胆素PCB | 第137页 |
| ·结论 | 第137-139页 |
| 第八章 藻胆体末端能量受体的精细分子模型 | 第139-147页 |
| ·引言 | 第139页 |
| ·材料与方法 | 第139-140页 |
| ·表达质粒和菌株 | 第139页 |
| ·实验中使用的药品和仪器 | 第139页 |
| ·LP502-PCB复合体的结构模拟 | 第139-140页 |
| ·色素化LP502的光谱分析 | 第140页 |
| ·结果与讨论 | 第140-145页 |
| ·LP502-PCB复合体的模建和结构分析 | 第140-143页 |
| ·LP502的S152C突变对其吸收光谱的影响 | 第143-144页 |
| ·蓝藻藻胆体末端能量受体的分子结构模型 | 第144-145页 |
| ·结论 | 第145-147页 |
| 全文总结与课题展望 | 第147-149页 |
| 参考文献 | 第149-159页 |
| 博士期间所解析的结构列表 | 第159-161页 |
| 在读期间论文发表及获奖情况 | 第161-163页 |
| 致谢 | 第163-165页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第165-167页 |
| 附录 | 第167-201页 |
