| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-17页 |
| 缩略词表（ABBREVIATION) | 第17-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-54页 |
| ·趋磁细菌的分类与生态学特性 | 第19-23页 |
| ·趋磁细菌的形态多样性和物种多样性 | 第19-22页 |
| ·趋磁细菌的生态分布 | 第22-23页 |
| ·趋磁细菌的趋磁特性 | 第23-26页 |
| ·磁小体 | 第26-29页 |
| ·磁小体形态 | 第26-27页 |
| ·磁小体的结构 | 第27-29页 |
| ·磁小体晶核结构 | 第27页 |
| ·磁小体膜 | 第27-29页 |
| ·磁小体合成过程与控制机制 | 第29-41页 |
| ·磁小体合成的遗传学基础 | 第29-35页 |
| ·磁小体岛 | 第30-32页 |
| ·磁小体岛上的重要产磁相关基因 | 第32-35页 |
| ·铁源的吸收与转运 | 第35-36页 |
| ·磁小体囊泡的发生 | 第36-38页 |
| ·磁小体的空间定位及成链过程 | 第38-40页 |
| ·磁小体的生物矿化及晶核成熟过程 | 第40-41页 |
| ·趋磁细菌生理学 | 第41-48页 |
| ·趋磁细菌代谢类型 | 第41-42页 |
| ·氧代谢 | 第42-43页 |
| ·氮代谢 | 第43-47页 |
| ·铁代谢 | 第47-48页 |
| ·趋磁细菌的应用 | 第48-52页 |
| ·趋磁细菌的研究意义 | 第48-49页 |
| ·磁小体的应用 | 第49-52页 |
| ·论文的立项依据以及研究内容 | 第52-54页 |
| 第二章 趋磁细菌AMB-1生长特性研究 | 第54-64页 |
| ·材料与方法 | 第54-59页 |
| ·主要仪器和试剂、菌种 | 第54-55页 |
| ·培养基 | 第55-56页 |
| ·趋磁细菌AMB-1培养条件 | 第56-57页 |
| ·菌体生长量测定 | 第57页 |
| ·菌体磁小体合成能力测定 | 第57页 |
| ·趋磁细菌AMB-1显微观察 | 第57-58页 |
| ·趋磁细菌AMB-1的菌种保藏 | 第58页 |
| ·毛细管磁分离进行菌种复壮 | 第58-59页 |
| ·结果与分析 | 第59-62页 |
| ·AMB-1的静置培养 | 第59页 |
| ·AMB-1的好氧培养 | 第59-60页 |
| ·AMB-1的厌氧发酵培养 | 第60页 |
| ·AMB-1的恒定通氧培养 | 第60-62页 |
| ·小结与讨论 | 第62-64页 |
| 第三章 趋磁细菌AMB-1反硝化途径相关基因功能分析以及其与磁小体合成关系的研究 | 第64-114页 |
| ·材料与方法 | 第64-79页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第64-66页 |
| ·菌种、质粒以及引物序列 | 第66-68页 |
| ·趋磁细菌AMB-1厌氧代谢途径组分的生物信息学分析 | 第68页 |
| ·酶活的体外测定方法 | 第68-71页 |
| ·Nir的细胞色素C氧化酶活性测定 | 第68-69页 |
| ·Nir的TMPD氧化酶活性测定 | 第69-70页 |
| ·Nir的TMPD-NO_2~-氧化还原酶活性测定 | 第70-71页 |
| ·Nar相关酶活性的测量方法 | 第71页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir组分的纯化及鉴定 | 第71-72页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir的异源表达及纯化 | 第72-75页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir的基因克隆以及异源表达 | 第72-74页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir重组蛋白的纯化 | 第74-75页 |
| ·趋磁细菌AMB-1目的基因转录水平分析 | 第75-77页 |
| ·总RNA提取 | 第75-76页 |
| ·RNA反转录生成cDNA | 第76页 |
| ·荧光定量PCR转录分析 | 第76-77页 |
| ·趋磁细菌AMB-1功能基因的插入失活 | 第77-78页 |
| ·趋磁细菌AMB-1基因插入失活突变株的验证 | 第78页 |
| ·分子生物学验证 | 第78页 |
| ·表型验证 | 第78页 |
| ·趋磁细菌AMB-1生长过程中铁源吸收水平的测定 | 第78-79页 |
| ·结果与分析 | 第79-109页 |
| ·趋磁细菌AMB-1厌氧代谢途径组分的生物信息学分析 | 第79-84页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir蛋白的酶活测定 | 第84-90页 |
| ·Nir的细胞色素C氧化酶活性测定 | 第84-87页 |
| ·Nir的TMPD-O_2氧化还原酶活性测定 | 第87-88页 |
| ·Nir的TMPD-NO_2~-氧化还原酶活性测定 | 第88-90页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir的分离纯化和鉴定 | 第90-94页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir组分的异源表达及纯化 | 第94-96页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir蛋白在磁小体合成过程中的表现 | 第96-99页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir蛋白在磁小体合成阶段活性上升 | 第97-98页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 nir基因静置条件转录水平高于振荡条件 | 第98-99页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nir蛋白编码基因插入失活以及验证 | 第99-101页 |
| ·nir基因失活导致AMB07 TMPD-NO_2~-还原酶活性基本丧失 | 第100页 |
| ·nir基因失活不影响AMB-1生长与磁小体合成能力 | 第100-101页 |
| ·AMB07 Nir蛋白同工酶基因的转录水平分析 | 第101页 |
| ·反硝化途径能够支持趋磁细菌AMB-1在厌氧条件下的生长产磁 | 第101-104页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nar蛋白体外酶活测定 | 第104-105页 |
| ·趋磁细菌AMB-1 Nar蛋白编码基因的插入失活以及表型验证 | 第105-107页 |
| ·Nar功能失活使AMB08的硝酸盐还原酶酶活基本丧失 | 第106页 |
| ·Nar功能失活使AMB08厌氧条件下生长产磁能力受到抑制 | 第106-107页 |
| ·趋磁细菌AMB-1生长过程中铁吸收测定方法的建立 | 第107-108页 |
| ·Nar功能失活对菌体铁源吸收和磁小体合成没有明显影响 | 第108-109页 |
| ·小结与讨论 | 第109-114页 |
| 第四章 趋磁细菌AMB-1DNA损伤修复基因在磁小体合成中的作用 | 第114-143页 |
| ·材料与方法 | 第115-126页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第115-116页 |
| ·菌种、质粒以及引物序列 | 第116-118页 |
| ·转座诱变以及表型异常突变株的筛选 | 第118页 |
| ·表型异常突变株的鉴定以及验证 | 第118-123页 |
| ·PCR验证磁小体岛完整性 | 第118页 |
| ·质粒拯救鉴定转座插入位点 | 第118页 |
| ·Southern Blot验证 | 第118-123页 |
| ·AMB02功能失活基因的回补 | 第123-124页 |
| ·DNA损伤修复基因uvrA以及重组酶基因recA的敲除 | 第124页 |
| ·基因缺失突变株的表型验证 | 第124-126页 |
| ·PCR验证 | 第124页 |
| ·生长以及磁小体合成能力验证 | 第124页 |
| ·H_2O_2抗逆性水平验证 | 第124页 |
| ·透射电子显微镜检测产磁菌体数目以及菌体平均磁小体数目 | 第124-125页 |
| ·磁小体岛稳定性验证 | 第125页 |
| ·重组酶编码基因转录水平验证 | 第125页 |
| ·重组酶体内活性水平测定 | 第125-126页 |
| ·结果与分析 | 第126-140页 |
| ·转座诱变筛选AMB-1突变株 | 第126-127页 |
| ·转座突变株AMB02的质粒拯救以及分子生物学验证 | 第127-129页 |
| ·DNA损伤修复基因uvrA的插入失活以及突变株的研究 | 第129-140页 |
| ·生长以及磁小体合成能力验证 | 第130-132页 |
| ·uvrA的插入失活使菌体的H_2O_2抗逆性明显降低 | 第132-133页 |
| ·氧气对uvrA插入失活突变株的产磁能力造成损伤 | 第133-134页 |
| ·uvrA插入失活突变株在好氧条件下磁小体岛稳定性降低 | 第134-136页 |
| ·uvrA插入失活突变株体内重组酶基因转录水平升高 | 第136-137页 |
| ·recA失活能够部分消除uvrA缺失对磁小体岛稳定性的影响 | 第137-140页 |
| ·小结与讨论 | 第140-143页 |
| 全文总结 | 第143-146页 |
| 参考文献 | 第146-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第155-156页 |
| 外文写作一 | 第156-176页 |
| 外文写作二 | 第176-192页 |
| 附件 | 第192页 |
