| 致谢 | 第1-12页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 1 文献综述 | 第16-41页 |
| ·已报道的一些桑树细菌病害 | 第16-18页 |
| ·国内已报道的桑树细菌病害 | 第16-18页 |
| ·桑青枯病(Mulberry Bacterial Wilt) | 第16-17页 |
| ·桑疫病(Mulberry Bacterial Blight) | 第17页 |
| ·桑树植原体病害(Mulberry Mycoplasmas Disease) | 第17-18页 |
| ·国外已报道的几种桑细菌病害 | 第18页 |
| ·肠杆菌属的分类 | 第18-24页 |
| ·与动物相关的肠杆菌 | 第19-21页 |
| ·产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes) | 第19页 |
| ·河生肠杆菌(Enterobacter amnigenus) | 第19页 |
| ·阴沟肠杆菌阴沟亚种(Enterobacter cloacae subsp.cloacae) | 第19页 |
| ·日沟维肠杆菌(Enterobacter gergoviae) | 第19-20页 |
| ·霍米奇肠杆菌(Enterobacter hormaechei) | 第20页 |
| ·神户肠杆菌(Enterobacter kobei) | 第20页 |
| ·坂崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii) | 第20页 |
| ·泰洛肠杆菌(Enterobacter taylorae) | 第20-21页 |
| ·与植物相关的肠杆菌 | 第21-23页 |
| ·成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans) | 第21页 |
| ·阿式肠杆菌(Enterobacter asburiae) | 第21页 |
| ·生癌肠杆菌(Enterobacter cancerogenus) | 第21页 |
| ·阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae) | 第21-22页 |
| ·阴沟肠杆菌溶解亚种(Enterobacter cloacae subsp.dissolvens) | 第22页 |
| ·溶解肠杆菌(Enterobacter dissolvens) | 第22页 |
| ·中间肠杆菌(Enterobacter intermedius) | 第22页 |
| ·Enterobacter ludwigii | 第22-23页 |
| ·超压肠杆菌(Enterobacter nimipressuralis) | 第23页 |
| ·水稻肠杆菌(Enterobacter oryzae) | 第23页 |
| ·梨形肠杆菌(Enterobacter pyrinus) | 第23页 |
| ·Enterobacter radicincitans | 第23页 |
| ·与环境相关的肠杆菌 | 第23-24页 |
| ·Enterobacter cowanii | 第23页 |
| ·瑞典肠杆菌(Enterobacter helveticus) | 第23-24页 |
| ·粉尘肠杆菌(Enterobacter pulveris) | 第24页 |
| ·苏黎世肠杆菌(Enterobacter turicensis) | 第24页 |
| ·确定肠杆菌常用的一些手段 | 第24-28页 |
| ·形态和生长条件的测定 | 第24页 |
| ·生理生化等指标的测定 | 第24-25页 |
| ·系统发育树分类特征测定 | 第25页 |
| ·DNA-DNA同源性测定 | 第25-27页 |
| ·致病性 | 第27-28页 |
| ·植物病原细菌及其肠杆菌的主要检测方法研究 | 第28-31页 |
| ·产地检疫检测 | 第28页 |
| ·分离检测 | 第28页 |
| ·选择性培养基检测 | 第28页 |
| ·致病性的测定 | 第28-29页 |
| ·PCR技术在植物病原细菌的分子生物学检测的应用 | 第29-31页 |
| ·特异性基因用来检测和鉴定病原菌 | 第29-30页 |
| ·保守基因用来检测和鉴定病原菌 | 第30页 |
| ·质粒基因在检测中的应用 | 第30-31页 |
| ·分子检测在肠杆菌中的应用 | 第31页 |
| ·细菌水平转移(HORIZONTAL GENE TRANSFER,HGT)的研究 | 第31-39页 |
| ·水平转移的机制 | 第32-35页 |
| ·自然转化 | 第32-34页 |
| ·转导 | 第34-35页 |
| ·接合 | 第35页 |
| ·可动遗传因子(MGEs)在农业环境中的细菌种群的分布 | 第35-36页 |
| ·MGEs在土壤及植物相关细菌中的流行 | 第35-36页 |
| ·影响土壤中水平转移的因素 | 第36页 |
| ·MGEs增加了土壤及植物互生细菌的多样性 | 第36-37页 |
| ·水平转移检测的一些手段及方法 | 第37-39页 |
| ·序列组成分析法 | 第37-38页 |
| ·基因有无矩阵法 | 第38页 |
| ·系统发育树构建法 | 第38-39页 |
| ·本研究的背景及研究内容与目的 | 第39-41页 |
| ·研究的背景 | 第39-40页 |
| ·研究的内容与目的 | 第40-41页 |
| 2 桑树细菌性枯萎病病原的鉴定与命名 | 第41-61页 |
| ·材料与方法 | 第42-45页 |
| ·标准菌株 | 第42页 |
| ·病原细菌的分离 | 第42页 |
| ·病原的常规细菌学及过敏性反应与致病性测定 | 第42-43页 |
| ·病原细菌的电镜观察 | 第43页 |
| ·病原的Biolog鉴定 | 第43页 |
| ·病原的脂肪酸(FAME)鉴定 | 第43页 |
| ·ERIC-PCR鉴定 | 第43-44页 |
| ·病原的16S rRNA及rpoB序列的鉴定及系统发育分析 | 第44页 |
| ·DNA-DNA同源性分析 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-58页 |
| ·病原细菌的细胞形态与菌落培养性状 | 第45-46页 |
| ·病原细菌的过敏性反应及致病性 | 第46-47页 |
| ·病原细菌Biolog鉴定结果 | 第47-48页 |
| ·病原细菌的FAMEs鉴定结果 | 第48-49页 |
| ·病原细菌的ERIC-PCR分析 | 第49页 |
| ·生理生化反应及碳源利用 | 第49-53页 |
| ·病原菌的16SrRNA序列及rpoB序列的比较分析及系统发育分析 | 第53页 |
| ·DNA-DNA同源性的测定 | 第53-57页 |
| ·对Enterobacter morus的描述 | 第57-58页 |
| ·讨论 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-61页 |
| 3 桑树细菌性枯萎病病菌的检测 | 第61-73页 |
| ·材料与方法 | 第61-67页 |
| ·菌株的来源 | 第61-62页 |
| ·桑枯萎病样本采集 | 第62页 |
| ·DNA的提取及纯化 | 第62页 |
| ·桑树采集样本直接PCR的模板制备 | 第62页 |
| ·菌悬液的制备 | 第62页 |
| ·测序及引物的设计 | 第62-66页 |
| ·PCR及RT-PCR检测桑枯萎病菌E.morus的参数设定 | 第66页 |
| ·桑枯萎菌PCR检测的灵敏性测定 | 第66-67页 |
| ·结果 | 第67-71页 |
| ·PCR反应的特异性 | 第67页 |
| ·PCR反应的灵敏度 | 第67页 |
| ·PCR反应结果的验证 | 第67-71页 |
| ·讨论 | 第71-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 4 肠杆菌科细菌水平转移的研究 | 第73-100页 |
| ·材料与方法 | 第74-78页 |
| ·序列的获得 | 第74-75页 |
| ·同源基因的获得 | 第75页 |
| ·物种树的构建 | 第75-76页 |
| ·基因获得与丢失的最大似然法检验 | 第76-77页 |
| ·水平转移所获得基因的来源分析 | 第77页 |
| ·水平转移所获得基因的功能分类 | 第77页 |
| ·正向选择的分析 | 第77-78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-99页 |
| ·系统发育树的构建 | 第78-79页 |
| ·基因分布类型情况 | 第79-81页 |
| ·水平转移获得基因的功能分类 | 第81-85页 |
| ·核心基因(core genome)和泛基因(pan genome)的计算 | 第85-88页 |
| ·基因获得与丢失在肠杆菌科细菌进化历史中的重建 | 第88-91页 |
| ·正向选择的结果 | 第91-92页 |
| ·水平转移所获得的基因的来源分析 | 第92-99页 |
| ·本章小结 | 第99-100页 |
| 5. 结论与展望 | 第100-102页 |
| ·结论 | 第100-101页 |
| ·展望 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-110页 |
| 附录-1 梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)Ⅲ型分泌系统的鉴定及Erwinia spp.HrpA的分析 | 第110-119页 |
| 附录-2 培养基和试剂配方 | 第119-120页 |
| 附录-3 图片与表格 | 第120-123页 |
| 博士期间申报的专利和发表研究论文 | 第123页 |
