| 摘要 | 第3-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 符号说明 | 第15-17页 |
| 综述一 我国H7N9流感病毒的流行病学与遗传进化研究进展 | 第17-33页 |
| 1 H7N9及其他近期出现的禽流感病毒简介 | 第17-18页 |
| 2 人感染H7N9病毒的流行病学特征 | 第18-21页 |
| 3 中国H7N9流感病毒的遗传进化分析 | 第21-25页 |
| 3.1 五波流行高峰期间H7N9病毒HA基因和NA基因的遗传进化分析 | 第21-23页 |
| 3.2 五波流行高峰期间H7N9病毒内部基因的遗传进化分析 | 第23-24页 |
| 3.3 五波流行高峰期间H7N9病毒的宿主适应性和药物抗性突变 | 第24-25页 |
| 4 总结 | 第25页 |
| 参考文献 | 第25-33页 |
| 综述二 流感病毒PA-X蛋白研究进展 | 第33-52页 |
| 1 PA-X的起源和构成 | 第33-34页 |
| 2 PA-X蛋白的Global host-shutoff活性 | 第34-35页 |
| 3 PA-X在调节宿主先天性和获得性免疫反应中的作用 | 第35-37页 |
| 3.1 PA-X在调节宿主先天性免疫反应中的作用 | 第35-36页 |
| 3.2 PA-X在调节宿主获得性免疫反应中的作用 | 第36页 |
| 3.3 流感病毒中的其他免疫调节蛋白 | 第36-37页 |
| 4 PA-X在不同动物模型中调节流感病毒毒力的作用 | 第37-39页 |
| 4.1 PA-X表达缺失对流感病毒毒力的影响 | 第37-38页 |
| 4.2 PA-X的C末端20个氨基酸对流感病毒致病性的影响 | 第38-39页 |
| 5 与PA-X蛋白相互作用的宿主因子 | 第39-40页 |
| 6 流感病毒中PA-X的多态性研究进展 | 第40-41页 |
| 7 小结与展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-52页 |
| 第一章 2013年以来我国鸡群中H7N9亚型禽流感病毒遗传进化及生物学特性分析 | 第52-82页 |
| 引言 | 第52-53页 |
| 1 材料 | 第53-54页 |
| 1.1 毒株 | 第53页 |
| 1.2 细胞、鸡胚和实验动物 | 第53页 |
| 1.3 试剂和引物 | 第53-54页 |
| 1.4 仪器与设备 | 第54页 |
| 2 方法 | 第54-58页 |
| 2.1 病毒的分离与鉴定 | 第54-56页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第54-55页 |
| 2.1.2 样品处理 | 第55页 |
| 2.1.3 病毒分离 | 第55页 |
| 2.1.4 病毒鉴定 | 第55-56页 |
| 2.2 病毒的遗传进化分析 | 第56页 |
| 2.3 病毒的生物学特性分析 | 第56-57页 |
| 2.3.1 鸡胚半数感染量(EID_(50))的测定 | 第56页 |
| 2.3.2 细胞半数感染量(TCID_(50))的测定 | 第56-57页 |
| 2.3.3 鸡静脉接种指数(IVPI)的测定 | 第57页 |
| 2.3.4 小鼠半数致死量(MLD_(50))的测定 | 第57页 |
| 2.4 病毒对动物致病性分析 | 第57-58页 |
| 2.4.1 SPF鸡感染试验 | 第57页 |
| 2.4.2 小鼠感染试验 | 第57-58页 |
| 2.5 动物传播试验 | 第58页 |
| 3 结果 | 第58-68页 |
| 3.1 2013-2017年H7N9亚型AIV流行病学监测情况 | 第58-59页 |
| 3.2 H7N9亚型AIV分离株HA基因遗传进化分析 | 第59-60页 |
| 3.2.1 HA基因序列分析 | 第59-60页 |
| 3.2.2 HA蛋白重要氨基酸位点分析 | 第60页 |
| 3.3 H7N9亚型AIV分离株NA基因遗传进化分析 | 第60-62页 |
| 3.3.1 NA基因序列分析 | 第60-61页 |
| 3.3.2 NA蛋白重要氨基酸位点分析 | 第61-62页 |
| 3.4 H7N9亚型AIV分离株内部基因遗传进化分析 | 第62-63页 |
| 3.5 HP-H7N9亚型AIV分离株基本生物学特性 | 第63-64页 |
| 3.6 HP-H7N9亚型AIV分离株对小鼠和鸡的致病性 | 第64-67页 |
| 3.7 H7N9亚型AIV分离株在鸡中传播特性 | 第67-68页 |
| 4 讨论 | 第68-78页 |
| 参考支献 | 第78-82页 |
| 第二章 高致病性H7N9禽流感病毒疫苗候选株的构建及基于Taqman-MGB探针RRT-PCR检测方法的建立 | 第82-103页 |
| 引言 | 第82-84页 |
| 1 材料 | 第84-85页 |
| 1.1 病毒、质粒、鸡胚和实验动物 | 第84页 |
| 1.2 主要试剂和仪器 | 第84-85页 |
| 2 方法 | 第85-90页 |
| 2.1 GD15致弱疫苗株RGW的构建及免疫效力评价 | 第85-88页 |
| 2.1.1 GD15致弱疫苗株RGW的构建 | 第85-86页 |
| 2.1.2 疫苗株RGW的毒力及繁殖能力鉴定 | 第86页 |
| 2.1.3 疫苗株RGW的抗原性分析 | 第86-87页 |
| 2.1.4 疫苗株RGW对鸡的免疫保护效果评价 | 第87-88页 |
| 2.2 高致病性H7N9亚型禽流感病毒RRT-PCR检测方法的建立 | 第88-90页 |
| 2.2.1 引物及探针的设计 | 第88页 |
| 2.2.2 制备质粒标准品 | 第88页 |
| 2.2.3 RRT-PCR方法的建立和优化 | 第88-89页 |
| 2.2.4 特异性和灵敏度的评价 | 第89页 |
| 2.2.5 临床鉴别诊断评价 | 第89-90页 |
| 3 结果 | 第90-98页 |
| 3.1 GD15重组致弱疫苗株RGW的获得及免疫效力评价 | 第90-93页 |
| 3.1.1 致弱疫苗株RGW的拯救及鉴定 | 第90页 |
| 3.1.2 致弱疫苗株RGW的传代及特性鉴定 | 第90-91页 |
| 3.1.3 致弱疫苗株RGW的交叉保护效果 | 第91页 |
| 3.1.4 重组致弱疫苗株RGW的抗体消长规律 | 第91页 |
| 3.1.5 重组致弱疫苗株RGW的免疫保护效果 | 第91-93页 |
| 3.2 高致病性H7N9亚型禽流感病毒RRT-PCR检测方法的建立 | 第93-98页 |
| 3.2.1 引物和探针的设计及优化 | 第93-94页 |
| 3.2.2 灵敏度和特异性 | 第94-97页 |
| 3.2.3 临床鉴别诊断评价 | 第97-98页 |
| 4 讨论 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-103页 |
| 第三章 PA-X蛋白在高、低致病性H7N9禽流感病毒感染中的作用及机制研究 | 第103-127页 |
| 引言 | 第103-104页 |
| 1 材料 | 第104-105页 |
| 1.1 病毒、质粒和细胞 | 第104页 |
| 1.2 鸡胚和实验动物 | 第104-105页 |
| 1.3 试剂及仪器设备 | 第105页 |
| 2 方法 | 第105-110页 |
| 2.1 模式病毒的构建及拯救 | 第105-106页 |
| 2.2 获救毒株生物学特性的鉴定 | 第106页 |
| 2.3 Western Blotting检测PA-X的表达 | 第106-107页 |
| 2.4 SPF鸡致病性试验 | 第107页 |
| 2.5 病毒在细胞上的生长曲线测定 | 第107-108页 |
| 2.6 病毒聚合酶活性测定 | 第108页 |
| 2.6.1 瞬时转染后聚合酶活性测定 | 第108页 |
| 2.6.2 病毒感染细胞后聚合酶活性测定 | 第108页 |
| 2.7 基因芯片及差异转录组学分析 | 第108-109页 |
| 2.8 细胞因子的测定 | 第109页 |
| 2.9 细胞凋亡及坏死检测 | 第109-110页 |
| 3 结果 | 第110-120页 |
| 3.1 病毒的拯救及特性鉴定 | 第110-111页 |
| 3.2 PA-X对高/低致病性H7N9病毒在体外内的复制能力的影响 | 第111-113页 |
| 3.2.1 PA-X表达量下调对高/低致病性H7N9在鸡体内复制的影响 | 第111页 |
| 3.2.2 PA-X表达量下调对高/低致病性H7N9在细胞上复制的影响 | 第111-113页 |
| 3.3 PA-X对高/低致病性H7N9病毒聚合酶活性的影响 | 第113-114页 |
| 3.4 PA-X对高/低致病性H7N9病毒感染后宿主免疫应答的影响 | 第114-118页 |
| 3.4.1 差异转录组学分析 | 第114-115页 |
| 3.4.2 基于SDE的生物功能和通路分析 | 第115-116页 |
| 3.4.3 PA-X影响高/低致病性H7N9病毒感染后宿主细胞因子应答 | 第116-118页 |
| 3.5 PA-X在高/低致病性H7N9中对诱导宿主细胞凋亡的影响 | 第118-120页 |
| 4 讨论 | 第120-123页 |
| 参考文献 | 第123-127页 |
| 附录一 H7N9亚型AIV分离株背景信悤 | 第127-130页 |
| 附录二 鸡肺脏中显著差异表达的基因（GD15vsGD15-PAX3) | 第130-138页 |
| 附录三 鸡肺脏中显著差异表达的基因（rl5vsrl5-PAX3) | 第138-144页 |
| 附录四 显著差异表达的基因参与的生物学进程（GO) | 第144-145页 |
| 附录五 显著差异表达蛋白的互作网络图 | 第145-146页 |
| 全文小结 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第148页 |
| 学术会议论文 | 第148-149页 |
