| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第11-22页 |
| 1.1 转录组及其研究意义 | 第11页 |
| 1.2 测序技术及其在鱼类转录组研究中的应用 | 第11-16页 |
| 1.2.1 测序技术发展概况 | 第11-12页 |
| 1.2.2 新一代高通量测序技术 | 第12-14页 |
| 1.2.3 转录组测序技术在鱼类研究的应用 | 第14-16页 |
| 1.3 鱼类分子标记研究应用 | 第16-18页 |
| 1.3.1 RAPD | 第16页 |
| 1.3.2 AFLP | 第16-17页 |
| 1.3.3 微卫星 | 第17页 |
| 1.3.4 SNP | 第17-18页 |
| 1.4 鱼类应激的转录组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.4.1 温度影响 | 第18页 |
| 1.4.2 低氧应激 | 第18-19页 |
| 1.4.3 疾病免疫 | 第19页 |
| 1.4.4 盐度变化 | 第19-20页 |
| 1.4.5 密集胁迫 | 第20页 |
| 1.5 本研究的目的及内容 | 第20-22页 |
| 第2章 基于454焦磷酸测序的大黄鱼肝脏转录组分析 | 第22-31页 |
| 2.1 材料与方法 | 第22-24页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.2 RNA提取和质量检测 | 第22-23页 |
| 2.1.3 Roche454转录组文库的构建与测序 | 第23页 |
| 2.1.4 数据处理 | 第23-24页 |
| 2.2 结果与分析 | 第24-29页 |
| 2.2.1 454焦磷酸测序数据和肝脏转录组拼接 | 第24-25页 |
| 2.2.2 肝脏转录组功能注释 | 第25-28页 |
| 2.2.3 识别生长、免疫相关的基因 | 第28-29页 |
| 2.3 讨论 | 第29-31页 |
| 2.3.1 高通量测序与肝脏转录组研究 | 第29-30页 |
| 2.3.2 生长与免疫相关基因检测 | 第30-31页 |
| 第3章 利用大黄鱼转录组数据挖掘微卫星标记 | 第31-39页 |
| 3.1 材料和方法 | 第31-32页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第31页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第31-32页 |
| 3.2 结果和分析 | 第32-37页 |
| 3.2.1 微卫星位点挖掘 | 第32-34页 |
| 3.2.2 微卫星位点的初筛 | 第34-35页 |
| 3.2.3 微卫星多态性验证 | 第35-37页 |
| 3.3 讨论 | 第37-39页 |
| 3.3.1 转录组SSR标记挖掘 | 第37页 |
| 3.3.2 多态性位点分析 | 第37-39页 |
| 第4章 密集胁迫后皮肤转录组变化 | 第39-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第39-42页 |
| 4.1.1 样本采集和胁迫实验 | 第39页 |
| 4.1.2 RNA提取和测序 | 第39-40页 |
| 4.1.3 基础生物信息学分析 | 第40-41页 |
| 4.1.4 实时定量PCR(qRT-PCR)验证 | 第41-42页 |
| 4.2 结果和分析 | 第42-52页 |
| 4.2.1 测序数据统计 | 第42-44页 |
| 4.2.2 样本聚类与差异表达基因筛选 | 第44-46页 |
| 4.2.3 GO富集和KEGG通路分析 | 第46-50页 |
| 4.2.4 密集胁迫应激下基因表达模式 | 第50-51页 |
| 4.2.5 qRT-PCR验证差异表达的基因 | 第51-52页 |
| 4.3 讨论 | 第52-56页 |
| 4.3.1 腹部皮肤组织转录组测序和数据分析 | 第52页 |
| 4.3.2 DEG分析和胁迫应激下基因表达模式 | 第52-53页 |
| 4.3.3 重要的生物学功能和密集胁迫应激通路 | 第53-56页 |
| 第5章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 5.1 总结 | 第56页 |
| 5.2 创新点 | 第56-57页 |
| 5.3 展望 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 在学期间科研成果情况 | 第66页 |