| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语 | 第11-12页 |
| 第一篇 文献综述 | 第12-33页 |
| 1 猪肠道菌群简介 | 第12-15页 |
| 1.1 猪肠道菌群的形成 | 第12-13页 |
| 1.2 猪肠道菌群的组成与变化 | 第13-14页 |
| 1.3 影响猪肠道菌群组成的因素 | 第14-15页 |
| 2 宿主遗传影响肠道菌群组成研究进展 | 第15-19页 |
| 2.1 宿主遗传影响肠道菌群组成的间接证据 | 第15页 |
| 2.2 可遗传的肠道菌 | 第15-17页 |
| 2.3 影响肠道微生物组成的宿主染色体区域定位情况 | 第17-19页 |
| 3 宿主遗传与肠道菌群互作的解析 | 第19-23页 |
| 3.1 宿主遗传与肠道菌群互作方式 | 第19-20页 |
| 3.2 宿主遗传与肠道菌群互作的解析方法 | 第20-23页 |
| 3.2.1 采用GWAS方法发现和验证与肠道菌群相关的宿主mbQTL | 第20-22页 |
| 3.2.2 构建宿主遗传与微生物组互作的功能基因组实验模型 | 第22-23页 |
| 3.2.3 多组学数据整合分析 | 第23页 |
| 4 肠道菌群的主要功能 | 第23-30页 |
| 4.1 肠道菌群参与物质代谢 | 第23-28页 |
| 4.1.1 肠道菌群发酵产生短链脂肪酸 | 第24-25页 |
| 4.1.2 肠道菌群与脂代谢 | 第25-26页 |
| 4.1.3 肠道菌群参与含氮化合物的代谢 | 第26-27页 |
| 4.1.4 合成维生素 | 第27-28页 |
| 4.2 肠道菌群调节肠道功能 | 第28-29页 |
| 4.2.1 肠道菌群与肠道屏障功能 | 第28页 |
| 4.2.2 肠道菌群与粘膜免疫 | 第28-29页 |
| 4.3 肠道菌群在肠脑轴中的作用 | 第29-30页 |
| 5 肠道菌群与血糖、血脂关系的研究 | 第30-32页 |
| 5.1 血糖、血脂简介 | 第30-31页 |
| 5.2 肠道菌群对血糖、血脂影响的研究进展 | 第31-32页 |
| 6 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 6.1 本研究目的 | 第32页 |
| 6.2 本研究的意义 | 第32-33页 |
| 第二篇 实验研究 | 第33-56页 |
| 第一章 在两个猪群体中评估宿主遗传对肠道菌群组成的影响 | 第33-46页 |
| 1 背景 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-36页 |
| 2.1 实验动物 | 第34页 |
| 2.2 样品的收集以及DNA的提取 | 第34页 |
| 2.3 16S rRNA基因测序及数据处理 | 第34-35页 |
| 2.4 实验猪群基因组SNP分型及其处理 | 第35页 |
| 2.5 统计分析 | 第35-36页 |
| 2.5.1 肠道菌群组成相似性与宿主亲缘关系的相关性分析 | 第35页 |
| 2.5.2 遗传力估算 | 第35-36页 |
| 2.5.3 GWAS分析 | 第36页 |
| 2.5.4 基因注释 | 第36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-44页 |
| 3.1 猪盲肠内容物和粪便菌群组成的变化 | 第36-38页 |
| 3.2 宿主遗传对猪肠道菌群组成的影响 | 第38页 |
| 3.3 肠道细菌丰度的遗传力(h~2)估计 | 第38-40页 |
| 3.4 GWAS分析鉴定影响微生物组成的宿主基因位点 | 第40-43页 |
| 3.5 与肠道细菌关联的宿主候选基因 | 第43-44页 |
| 4 讨论 | 第44-45页 |
| 5 小结 | 第45页 |
| 6 展望 | 第45-46页 |
| 第二章 肠道菌群对猪血糖、血脂性状的影响研究 | 第46-56页 |
| 1 引言 | 第46-47页 |
| 2 方法 | 第47-49页 |
| 2.1 实验猪群体的管理和实验样本采集 | 第47页 |
| 2.2 血糖、血脂的检测 | 第47页 |
| 2.3 16S rRNA基因测序和OTU分析 | 第47-48页 |
| 2.4 数据分析 | 第48-49页 |
| 3 结果 | 第49-54页 |
| 3.1 实验猪盲肠内容物微生物多样性 | 第49页 |
| 3.2 肠道细菌与血糖、血脂变化的关系 | 第49-52页 |
| 3.3 肠道微生物组基因功能与血糖、血脂的关联 | 第52-53页 |
| 3.4 肠道微生物解释的血糖、血脂表型变异 | 第53-54页 |
| 4 讨论 | 第54-55页 |
| 5 小结 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-69页 |
| 附录1 在两个猪群体中评估宿主遗传对肠道菌群组成的影响数据补充 | 第69-83页 |
| 附录2 猪肠道菌群对血糖、血脂性状影响的评估研究的数据补充 | 第83-110页 |
| 附录3 作者简历 | 第110-112页 |
| 附录4 博士研究生学习期间发表论文情况 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
