葫芦科基因组结构与功能的精细进化分析
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 注释说明清单 | 第9-10页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-14页 |
| 1.1 研究意义 | 第11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-13页 |
| 1.2.1 葫芦科基因组研究 | 第11-12页 |
| 1.2.2 比较基因组研究 | 第12页 |
| 1.2.3 全基因组加倍 | 第12-13页 |
| 1.3 研究目标与意义 | 第13-14页 |
| 第2章 葫芦科基因组结构进化的基因组信息学研究 | 第14-23页 |
| 2.1 基因组数据与方法 | 第14-16页 |
| 2.1.1 葫芦科基因组数据 | 第14-15页 |
| 2.1.2 基因组内、间序列的同源性比对 | 第15页 |
| 2.1.3 构建基因组内、间的结构同源性点阵图 | 第15-16页 |
| 2.2 结果与分析 | 第16-22页 |
| 2.2.1 葫芦科基因组同源结构分析 | 第16-18页 |
| 2.2.2 葫芦科共有四倍体祖先 | 第18-19页 |
| 2.2.3 双向比较区分直系同源和旁系同源 | 第19-22页 |
| 2.3 小结 | 第22-23页 |
| 第3章 葫芦科与多倍化关联的多基因组比对 | 第23-29页 |
| 3.1 研究方法 | 第23页 |
| 3.1.1 基因组同源共线性 | 第23页 |
| 3.1.2 构建多基因组联合比对列表 | 第23页 |
| 3.2 结果与分析 | 第23-28页 |
| 3.2.1 同源共线性 | 第23-25页 |
| 3.2.2 同一基因组内同源共线性 | 第25页 |
| 3.2.3 不同基因组间同源共线性 | 第25-26页 |
| 3.2.4 不同多倍化事件关联的重复基因 | 第26页 |
| 3.2.5 葫芦科多基因组同源共线性列表 | 第26-28页 |
| 3.3 小结 | 第28-29页 |
| 第4章 葫芦科多倍化性质鉴定与染色体核型进化 | 第29-44页 |
| 4.1 研究方法 | 第29-32页 |
| 4.1.1 基因保留丢失统计 | 第29页 |
| 4.1.2 多倍化性质鉴定算法设计 | 第29-31页 |
| 4.1.3 祖先节点基因组含量推断模型 | 第31页 |
| 4.1.4 葫芦科祖先染色体多倍化后重组过程推断 | 第31-32页 |
| 4.2 结果与分析 | 第32-43页 |
| 4.2.1 基因组同源深度 | 第32-34页 |
| 4.2.2 基因保留与丢失 | 第34-38页 |
| 4.2.3 葫芦科多倍化性质鉴定 | 第38-39页 |
| 4.2.4 关键进化节点祖先基因组含量 | 第39-40页 |
| 4.2.5 染色体核型进化 | 第40-43页 |
| 4.3 小结 | 第43-44页 |
| 第5章 核密度-混合高斯模型构建及应用 | 第44-55页 |
| 5.1 核密度-混合高斯模型构建 | 第44-49页 |
| 5.1.1 核密度估计 | 第44-46页 |
| 5.1.2 混合高斯模型 | 第46-47页 |
| 5.1.3 核密度-混合高斯模型 | 第47-49页 |
| 5.2 应用 | 第49-54页 |
| 5.2.1 Ks计算与物种进化事件的时间推断 | 第49-53页 |
| 5.2.2 葫芦科的进化速率分歧与矫正 | 第53-54页 |
| 5.3 小结 | 第54-55页 |
| 第6章 葫芦科基因组功能进化的统计分析 | 第55-62页 |
| 6.1 材料与方法 | 第55-56页 |
| 6.1.1 数据材料 | 第55页 |
| 6.1.2 基因本体论分析 | 第55-56页 |
| 6.1.3 基因家族分析 | 第56页 |
| 6.2 研究结果 | 第56-61页 |
| 6.2.1 GO分析 | 第56-57页 |
| 6.2.2 抗病相关基因 | 第57-61页 |
| 6.3 小结 | 第61-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 附录 A 同源性点阵图程序 | 第68-72页 |
| 附录 B 葫芦科植物基因组间同源片段的统计 | 第72-74页 |
| 附录 C 葫芦科与葡萄的直系同源区域 | 第74-85页 |
| 附录 D 葫芦科植物基因保留丢失的统计 | 第85-88页 |
| 附录 E 葫芦科植物GO分布的统计 | 第88-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 导师简介 | 第94-95页 |
| 作者简介 | 第95-96页 |
| 学位论文数据集 | 第96页 |
