| 致谢 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 研究背景 | 第18-40页 |
| 1.1 核盘菌与油菜菌核病 | 第18-26页 |
| 1.1.1 核盘菌的生物学特性及危害 | 第18-19页 |
| 1.1.2 核盘菌的重要致病因子及致病机理研究进展 | 第19-22页 |
| 1.1.3 油菜抗菌核病研究进展 | 第22-26页 |
| 1.2 RNA沉默及其在植物-病原物互作中的调控功能 | 第26-34页 |
| 1.2.1 RNA沉默的机理 | 第26-27页 |
| 1.2.2 RNA沉默通路关键蛋白及其在植物-病原物互作中的调控功能 | 第27-31页 |
| 1.2.3 植物miRNA及其抗病调控功能研究进展 | 第31-34页 |
| 1.3 组学技术在植物抗病研究中的应用 | 第34-38页 |
| 1.3.1 转录组研究技术 | 第34-35页 |
| 1.3.2 sRNA组研究技术 | 第35-36页 |
| 1.3.3 蛋白质组研究技术 | 第36-38页 |
| 1.4 本研究的目的和内容 | 第38-40页 |
| 第二章 油菜与核盘菌互作相关microRNAs的组学鉴定及功能分析 | 第40-72页 |
| 2.1 材料与方法 | 第41-50页 |
| 2.1.1 材料 | 第41页 |
| 2.1.2 sRNA文库的构建和Illumina深度测序 | 第41-42页 |
| 2.1.3 测序数据分析 | 第42-43页 |
| 2.1.4 降解组文库构建及数据分析 | 第43-46页 |
| 2.1.5 miRNA芯片表达谱分析 | 第46页 |
| 2.1.6 实时荧光定量PCR分析 | 第46-48页 |
| 2.1.7 MicroRNA靶基因5'RACE验证分析 | 第48-50页 |
| 2.1.8 沉默抑制子功能分析 | 第50页 |
| 2.1.9 MicroRNA瞬时超表达 | 第50页 |
| 2.2 结果与分析 | 第50-68页 |
| 2.2.1 油菜sRNA高通量测序基本数据的获得 | 第50-51页 |
| 2.2.2 油菜中已知以及保守miRNA的鉴定 | 第51-52页 |
| 2.2.3 油菜中新发现的miRNA的鉴定获得 | 第52-53页 |
| 2.2.4 利用降解组测序鉴定miRNA靶基因 | 第53-55页 |
| 2.2.5 油菜中抗核盘菌相关的miRNA的鉴定 | 第55-58页 |
| 2.2.6 抗核盘菌相关油菜miRNA及其靶基因的验证 | 第58-62页 |
| 2.2.7 沉默抑制子的功能研究结果证明了RNA沉默在抗核盘菌中的作用 | 第62-65页 |
| 2.2.8 瞬时超表达靶标AGO1和AGO2的miRNA降低了AGO1和AGO2的表达水平,同时增加了油菜对核盘菌的敏感性 | 第65-66页 |
| 2.2.9 拟南芥ago2-1突变体表现比野生型更高的核盘菌敏感性 | 第66-68页 |
| 2.3 讨论 | 第68-72页 |
| 2.3.1 油菜miRNA及其靶标的鉴定 | 第68-69页 |
| 2.3.2 参与油菜与核盘菌互作的miRNA | 第69-72页 |
| 第三章 油菜RNAi通路关键基因家族的组学鉴定及其抗病调控功能分析 | 第72-110页 |
| 3.1 材料与方法 | 第73-81页 |
| 3.1.1 材料 | 第73页 |
| 3.1.2 油菜DCLs、AGOs和RDRs基因家族的鉴定及系统进化分析 | 第73-74页 |
| 3.1.3 油菜DCLs、AGOs和RDRs基因家族的系统进化分析和命名 | 第74页 |
| 3.1.4 基因结构分析以及启动子区顺式作用元件预测 | 第74页 |
| 3.1.5 RNA提取及反转录 | 第74页 |
| 3.1.6 实时荧光定量PCR分析 | 第74-75页 |
| 3.1.7 油菜CAMTA3蛋白CG1结构域原核表达及纯化 | 第75-77页 |
| 3.1.8 凝胶阻滞分析(EMSA) | 第77-81页 |
| 3.2 结果与分析 | 第81-105页 |
| 3.2.1 油菜DCLs、AGOs和RDRs基因的鉴定及分析 | 第81-87页 |
| 3.2.2 DCLs、AGOs和RDRs基因的进化树分析 | 第87-90页 |
| 3.2.3 DCLs、AGOs和RDRs蛋白的理化特性和结构域组成分析 | 第90-93页 |
| 3.2.4 DCLs、AGOs和RDRs家族的基因结构分析以及顺式作用元件预测 | 第93-97页 |
| 3.2.5 组成性和核盘菌接种条件下BnDCLs、BnAGOs、BnRDRs和BnCAMTA3s的表达分析 | 第97-100页 |
| 3.2.6 凝胶阻滞分析(EMSA)证明BnCAMTA3与部分BnDCL、BnAGO以及BnRDR家族基因互作 | 第100-103页 |
| 3.2.7 拟南芥dcl、ago和rdr突变体植株普遍表现出对核盘菌敏感性的改变 | 第103-105页 |
| 3.3 讨论 | 第105-110页 |
| 3.3.1 油菜中的基因沉默机制 | 第105-106页 |
| 3.3.2 RNA沉默在植物抗真菌病害中的作用 | 第106-108页 |
| 3.3.3 CAMTA3对RNA沉默的调控 | 第108-110页 |
| 第四章 AGO2调控核盘菌抗性的组学分析 | 第110-144页 |
| 4.1 材料与方法 | 第110-114页 |
| 4.1.1 材料 | 第110页 |
| 4.1.2 测序样品准备 | 第110-111页 |
| 4.1.3 转录组测序 | 第111-112页 |
| 4.1.4 sRNA组测序 | 第112-113页 |
| 4.1.5 实时荧光定量PCR分析 | 第113-114页 |
| 4.2 结果与分析 | 第114-140页 |
| 4.2.1 转录组测序结果分析 | 第114-127页 |
| 4.2.2 sRNA组测序分析 | 第127-130页 |
| 4.2.3 转录组测序和sRNA测序的联合分析 | 第130-132页 |
| 4.2.4 荧光定量PCR验证差异表达mRNA和miRNA | 第132-139页 |
| 4.2.5 拟南芥gstu2、gstu5以及rbohf突变体植株对核盘菌的抗病性分析 | 第139-140页 |
| 4.3 讨论 | 第140-144页 |
| 第五章 油菜与核盘菌互作的定量蛋白组学分析 | 第144-166页 |
| 5.1 材料与方法 | 第144-148页 |
| 5.1.1 材料 | 第144-145页 |
| 5.1.2 样品准备 | 第145页 |
| 5.1.3 油菜叶片的DAB染色观察 | 第145页 |
| 5.1.4 油菜叶片蛋白质的提取以及浓度测定 | 第145-146页 |
| 5.1.5 蛋白质的酶解 | 第146页 |
| 5.1.6 肽段的TMT标记 | 第146-147页 |
| 5.1.7 标记后肽段的脱盐 | 第147页 |
| 5.1.8 质谱分析 | 第147页 |
| 5.1.9 实时荧光定量PCR分析 | 第147-148页 |
| 5.2 结果与分析 | 第148-162页 |
| 5.2.1 油菜接种核盘菌后的症状观察以及ROS产生情况检测 | 第148-149页 |
| 5.2.2 响应不同核盘菌菌株的定量蛋白质组学分析 | 第149-152页 |
| 5.2.3 油菜响应不致病的核盘菌突变体菌株Ep-1PB的蛋白质组 | 第152-153页 |
| 5.2.4 油菜响应核盘菌野生型菌株1980的蛋白质组 | 第153-155页 |
| 5.2.5 油菜响应野生型菌株1980和不致病菌株Ep-1PB的蛋白质组的比较分析 | 第155-157页 |
| 5.2.6 对野生型菌株1980和不致病菌株Ep-1PB差异响应的油菜蛋白的互作关系 | 第157-160页 |
| 5.2.7 采用qRT-PCR分析验证了通过蛋白质组学分析获得的差异表达蛋白 | 第160-162页 |
| 5.3 讨论 | 第162-166页 |
| 第六章 油菜响应核盘菌的磷酸化蛋白质组分析 | 第166-180页 |
| 6.1 材料与方法 | 第166-168页 |
| 6.1.1 材料 | 第166页 |
| 6.1.2 样品准备 | 第166页 |
| 6.1.3 油菜叶片蛋白质的提取以及浓度测定 | 第166-167页 |
| 6.1.4 蛋白质的酶解 | 第167页 |
| 6.1.5 磷酸化肽富集 | 第167页 |
| 6.1.6 肽段的脱盐 | 第167页 |
| 6.1.7 质谱分析 | 第167页 |
| 6.1.8 磷酸化蛋白质的鉴定 | 第167-168页 |
| 6.2 结果与分析 | 第168-177页 |
| 6.2.1 磷酸化蛋白、肽段、位点的整体情况 | 第168-170页 |
| 6.2.2 差异表达磷酸化蛋白的鉴定 | 第170-172页 |
| 6.2.3 磷酸化蛋白与全蛋白比较 | 第172-177页 |
| 6.3 讨论 | 第177-180页 |
| 第七章 全文小结与研究展望 | 第180-184页 |
| 7.1 全文小结 | 第180-182页 |
| 7.2 研究展望 | 第182-184页 |
| 参考文献 | 第184-201页 |
| 附录 附表以及论文相关缓冲液和培养基配方 | 第201-241页 |
