| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第11-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-25页 |
| 1.1 甘蓝型油菜概况 | 第12-14页 |
| 1.1.1 甘蓝型油菜的起源与进化 | 第12-13页 |
| 1.1.2 我国油菜的发展与分布 | 第13-14页 |
| 1.2 测序的历史及在重要农作物中的应用 | 第14-16页 |
| 1.2.1 基因组测序的历史 | 第14-15页 |
| 1.2.2 重要农作物基因组的发布 | 第15-16页 |
| 1.2.3 高通量测序技术在农作物中的应用 | 第16页 |
| 1.3 甘蓝型油菜测序发展及高通量测序在油菜中的应用 | 第16-18页 |
| 1.3.1 甘蓝型油菜亲本基因组的测序以及组装 | 第16-17页 |
| 1.3.2 甘蓝型油菜基因组的测序以及组装 | 第17页 |
| 1.3.3 高通量测序在油菜中的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 结构变异及其检测方式 | 第18-22页 |
| 1.4.1 结构变异 | 第18-19页 |
| 1.4.2 结构变异检测方式 | 第19-22页 |
| 1.5 关联分析的研究进展及应用 | 第22-24页 |
| 1.5.1 连锁不平衡 | 第22-23页 |
| 1.5.2 关联分析的应用 | 第23-24页 |
| 1.5.3 结构变异与植物表型的关联 | 第24页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第24-25页 |
| 第二章 甘蓝型油菜大片段序列丢失引起的结构变异及全基因组关联分析 | 第25-37页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 材料来源 | 第25页 |
| 2.3 方法 | 第25-27页 |
| 2.3.1 DNA提取及测序 | 第25-26页 |
| 2.3.2 测序数据处理分析 | 第26页 |
| 2.3.2.1 原始测序数据处理 | 第26页 |
| 2.3.2.2 数据比对及预处理 | 第26页 |
| 2.3.2.3 大片段序列丢失引起的结构变异检测 | 第26页 |
| 2.3.2.4 系统发育树的构建 | 第26页 |
| 2.3.3 表型数据的处理 | 第26-27页 |
| 2.4 结果 | 第27-35页 |
| 2.4.1 油菜群体水平大片段序列丢失引起的结构变异分析 | 第27-28页 |
| 2.4.2 大片段序列丢失长度分布 | 第28-29页 |
| 2.4.3 部分高深度测序甘蓝型油菜中多种类型结构变异检测 | 第29-31页 |
| 2.4.4 基于大片段序列丢失引起的结构变异的群体亲缘关系分析 | 第31-32页 |
| 2.4.5 基于大片段序列丢失引起的结构变异的全基因组关联分析 | 第32-34页 |
| 2.4.6 大片段序列丢失引起的结构变异与硫苷含量关系分析 | 第34-35页 |
| 2.5 讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 春性、半冬性、冬性甘蓝型油菜代表性品种间的结构变异分析 | 第37-43页 |
| 3.1 引言 | 第37页 |
| 3.2 材料和方法 | 第37-38页 |
| 3.2.1 DNA提取及测序 | 第37页 |
| 3.2.2 基因组变异检测及注释分析 | 第37页 |
| 3.2.3 GO富集分析 | 第37-38页 |
| 3.3 结果 | 第38-41页 |
| 3.3.1 数据测序、质量评估和比对 | 第38页 |
| 3.3.2 结构变异(SV)的检测及注释 | 第38-39页 |
| 3.3.3 拷贝数变异(CNV)检测及注释 | 第39-40页 |
| 3.3.4 GO富集分析 | 第40-41页 |
| 3.4 讨论 | 第41-43页 |
| 第四章 全文结论 | 第43-44页 |
| 第五章 创新点与展望 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-53页 |
| 附录 | 第53-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 作者简历 | 第63页 |
