| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 英文缩略表 | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-22页 |
| 1.1 马铃薯概述 | 第11-16页 |
| 1.1.1 马铃薯遗传学背景 | 第11-12页 |
| 1.1.2 马铃薯育种现状 | 第12-13页 |
| 1.1.3 马铃薯基因组研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2 杂合基因组组装与分型研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 杂合基因组组装的方法 | 第16-18页 |
| 1.2.2 基因组分型的方法 | 第18-21页 |
| 1.3 本课题研究目的 | 第21-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.1 基因组测序材料 | 第22页 |
| 2.1.2 转录组测序材料 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 测序方法与测序数据质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.2 基因组短序列组装与单体型分型方法 | 第23-26页 |
| 2.2.3 基因组组装与分型质量评估 | 第26页 |
| 2.2.4 基因组注释与评估 | 第26-27页 |
| 2.2.5 单体型多态性分析 | 第27-28页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第28-40页 |
| 3.1 实验结果与分析 | 第28-36页 |
| 3.1.1 测序数据量与质量分析 | 第28-29页 |
| 3.1.2 基因组短序列组装与单体型分型 | 第29-31页 |
| 3.1.3 基因组组装与分型质量评估 | 第31-33页 |
| 3.1.4 基因组注释结果 | 第33页 |
| 3.1.5 单体型多态性分析 | 第33-36页 |
| 3.2 讨论 | 第36-40页 |
| 3.2.1 拼接杂合基因组各方法比较 | 第36-37页 |
| 3.2.2 基于全基因组分型的等位基因多态性研究的优势 | 第37-38页 |
| 3.2.3 等位基因多态性分析在马铃薯生物学研究及育种中的应用 | 第38-40页 |
| 第四章 全文结论 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-47页 |
| 附录 | 第47-62页 |
| 附表1. k-mer 估计基因组大小 | 第47-48页 |
| 附表2. 分染色体重新组装每条染色体组装情况 | 第48-49页 |
| 附表3. 12对染色体共线性区域及在此区域内的等位基因 | 第49-50页 |
| 附表4. 12号染色体偏分离区域等位基因信息 | 第50-51页 |
| 附表5. 12号染色体偏分离区域等位基因功能基因注释信息 | 第51-62页 |
| 作者简历 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
