| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-22页 |
| 1.1 癌症诊断 | 第13-14页 |
| 1.2 基因表达谱检测技术及相关数据库介绍 | 第14-16页 |
| 1.2.1 基因表达谱检测技术简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 常用基因表达谱数据库简介 | 第15-16页 |
| 1.3 癌症外周全血m RNA标记物的研究历史与现状 | 第16-20页 |
| 1.3.1 外周全血m RNA标记物 | 第16-17页 |
| 1.3.2 外周全血中的细胞类型及功能 | 第17-18页 |
| 1.3.3 外周全血各细胞在疾病条件下的数量变化 | 第18-19页 |
| 1.3.4 癌症外周全血差异表达基因的通路识别及功能富集分析策略 | 第19-20页 |
| 1.4 本论文各部分的主要内容 | 第20-22页 |
| 第二章 肺癌外周全血差异表达基因的来源 | 第22-34页 |
| 2.1 材料与方法 | 第22-25页 |
| 2.1.1 基因表达谱数据 | 第22-23页 |
| 2.1.2 筛选差异表达基因 | 第23-24页 |
| 2.1.3 评价两个差异表达基因列表的重复性 | 第24页 |
| 2.1.4 估计外周全血髓系细胞和淋巴系细胞的比例 | 第24-25页 |
| 2.1.5 外周全血基因表达水平线性模型 | 第25页 |
| 2.2 结果 | 第25-31页 |
| 2.2.1 肺癌与正常外周全血样本之间差异表达基因的重复性 | 第25-26页 |
| 2.2.2 肺癌外周全血差异表达基因的来源 | 第26-29页 |
| 2.2.3 肺部炎症疾病外周全血差异表达基因的来源 | 第29-30页 |
| 2.2.4 肺癌和肺部炎症疾病的比较 | 第30-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-33页 |
| 2.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第三章 差异表达基因功能富集分析策略 | 第34-55页 |
| 3.1 材料和方法 | 第34-40页 |
| 3.1.1 基因表达谱数据集 | 第34-35页 |
| 3.1.2 KEGG数据库通路连接边信息 | 第35-36页 |
| 3.1.3 功能相关的基因之间的表达相关性分析 | 第36-37页 |
| 3.1.4 通路中差异上、下调基因不平衡程度度量 | 第37-38页 |
| 3.1.5 基于KEGG的富集分析 | 第38-39页 |
| 3.1.6 基于GO的富集分析 | 第39-40页 |
| 3.2 结果 | 第40-51页 |
| 3.2.1 功能连接基因对的表达水平倾向于显著正相关 | 第40-43页 |
| 3.2.2 疾病相关通路中差异上、下调基因数目不平衡 | 第43-44页 |
| 3.2.3 两种通路富集策略结果比较 | 第44-51页 |
| 3.3 讨论 | 第51-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 癌症外周全血差异MRNA功能分析 | 第55-64页 |
| 4.1 材料与方法 | 第55-57页 |
| 4.1.1 基因表达谱数据 | 第55页 |
| 4.1.2 筛选差异表达基因 | 第55-56页 |
| 4.1.3 功能富集分析 | 第56页 |
| 4.1.4 可重复的功能类定义 | 第56-57页 |
| 4.2 结果 | 第57-62页 |
| 4.2.1 结肠癌外周血中差异表达基因的来源 | 第57-61页 |
| 4.2.2 不同癌症外周全血差异表达基因显著扰动的可重复功能类 | 第61页 |
| 4.2.3 癌症外周全血可重复功能类的功能含义 | 第61-62页 |
| 4.3 讨论 | 第62-63页 |
| 4.4 本章小结 | 第63-64页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第64-66页 |
| 5.1 全文总结 | 第64-65页 |
| 5.2 后续工作展望 | 第65-66页 |
| 附录一 通路富集常用数据库简介 | 第66-67页 |
| 附录二 | 第67-100页 |
| 附表1 各数据集所有差异基因列表、差异上调基因列表和差异下调基因列表检测的显著的KEGG通路 | 第67-76页 |
| 附表2 各数据集所有差异基因列表、差异上调基因列表和差异下调基因列表检测的显著的GO节点 | 第76-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-110页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第110-112页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第112-113页 |
