| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 英文缩略词表 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-26页 |
| 1 引言 | 第13-15页 |
| 1.1 猪源性器官在再生医学的重要地位 | 第13-14页 |
| 1.2 猪源性器官研究的阶段性成果和面临的困境 | 第14页 |
| 1.3 PERV与人类健康 | 第14-15页 |
| 2 PERV概述和结构特征 | 第15-16页 |
| 3 PERV编码基因特征和蛋白质功能 | 第16-17页 |
| 4 PERV的生物学特性 | 第17-18页 |
| 5 PERV的感染性研究 | 第18-20页 |
| 6 PERV的防制策略 | 第20-21页 |
| 7 我国小型猪PERV的存在情况 | 第21-22页 |
| 7.1 小型猪试验的适用性和可行性 | 第21-22页 |
| 7.2 我国特有小型猪品种PERV感染情况调查 | 第22页 |
| 7.3 广西巴马小型猪PERV感染情况调查 | 第22页 |
| 8 广西巴马小型猪PERV进化基因组学研究 | 第22-23页 |
| 9 反向遗传学技术在PERV研究中的应用 | 第23-24页 |
| 10 本研究的目的和意义 | 第24-26页 |
| 10.1 研究目的 | 第24页 |
| 10.2 研究意义 | 第24-26页 |
| 第一章 广西巴马小型猪内源性逆转录病毒全序列测定与分析 | 第26-55页 |
| 1.1 材料与方法 | 第26-35页 |
| 1.1.1 材料 | 第26-28页 |
| 1.1.1.1 样品采集 | 第26页 |
| 1.1.1.2 质粒和菌株 | 第26页 |
| 1.1.1.3 工具酶和试剂 | 第26-27页 |
| 1.1.1.4 主要实验仪器 | 第27页 |
| 1.1.1.5 主要溶液配制 | 第27-28页 |
| 1.1.2 方法 | 第28-35页 |
| 1.1.2.1 引物设计与合成 | 第28-29页 |
| 1.1.2.2 广西巴马小型猪外周血淋巴细胞(PBL)的分离 | 第29页 |
| 1.1.2.3 PBL总RNA的制备 | 第29-30页 |
| 1.1.2.4 cDNA第一链的合成 | 第30页 |
| 1.1.2.5 PCR扩增 | 第30-31页 |
| 1.1.2.6 目的片段的纯化和回收 | 第31页 |
| 1.1.2.7 PCR扩增产物的克隆与鉴定 | 第31-33页 |
| 1.1.2.7.1 大肠杆菌DH5a感受态细胞的制备 | 第31-32页 |
| 1.1.2.7.2 目的片段的克隆与鉴定 | 第32页 |
| 1.1.2.7.3 大肠杆菌质粒DNA小量抽提纯化 | 第32-33页 |
| 1.1.2.7.4 克隆质粒的酶切鉴定、序列测定与拼接 | 第33页 |
| 1.1.2.8 全基因序列分析 | 第33-34页 |
| 1.1.2.9 非编码区结构与功能分析 | 第34页 |
| 1.1.2.10 env蛋白的结构与功能分析 | 第34页 |
| 1.1.2.11 进化年代分析 | 第34-35页 |
| 1.2 结果 | 第35-50页 |
| 1.2.1 广西巴马小型猪PERV 4个基因片段的PCR扩增 | 第35页 |
| 1.2.2 广西巴马小型猪PERV 4个基因片段克隆与鉴定 | 第35-38页 |
| 1.2.3 序列的拼接 | 第38页 |
| 1.2.4 PERV-BM全基因序列分析 | 第38-40页 |
| 1.2.5 PERV-BM非编码区分析 | 第40-41页 |
| 1.2.5.1 PERV-BM 5'UTR的分析结果 | 第40-41页 |
| 1.2.5.2 PERV-BM 3'UTR的分析结果 | 第41页 |
| 1.2.6 PERV-BM env基因结构与功能分析结果 | 第41-47页 |
| 1.2.6.1 基于env基因的遗传进化分析 | 第41-42页 |
| 1.2.6.2 PERV-BM env蛋白一级结构分析 | 第42-43页 |
| 1.2.6.3 PERV-BM env蛋白跨膜结构分析 | 第43-44页 |
| 1.2.6.4 PERV-BM env蛋白抗原表位预测结果 | 第44-46页 |
| 1.2.6.4.1 PERV-BM env蛋白二级结构预测结果 | 第44页 |
| 1.2.6.4.2 PERV-BM env蛋白亲水性分析结果 | 第44-45页 |
| 1.2.6.4.3 PERV-BM env蛋白抗原指数预测结果 | 第45页 |
| 1.2.6.4.4 PERV-BM env蛋白表面可及性预测结果 | 第45-46页 |
| 1.2.6.5 PERV-BM env蛋白磷酸化位点预测结果 | 第46页 |
| 1.2.6.6 PERV-BM env蛋白糖基化位点预测 | 第46-47页 |
| 1.2.7 广西巴马小型猪PERV的进化年代分析 | 第47-50页 |
| 1.2.7.1 PERV分子钟行为分析 | 第47页 |
| 1.2.7.2 LTRs和env替换饱和度分析 | 第47-48页 |
| 1.2.7.3 分子钟行为分析 | 第48-49页 |
| 1.2.7.4 广西巴马小型猪PERV的进化年代分析 | 第49-50页 |
| 1.3 讨论 | 第50-53页 |
| 1.3.1 PCR反应条件与基因的扩增 | 第50-51页 |
| 1.3.2 PERV-BM基因组序列分析 | 第51页 |
| 1.3.3 PERV-BM非编码区结构与功能分析 | 第51-52页 |
| 1.3.3.1 5'UTR的结构与功能分析 | 第51-52页 |
| 1.3.3.2 3'UTR的结构与功能分析 | 第52页 |
| 1.3.4 PERV-BM env基因的分析 | 第52-53页 |
| 1.3.5 广西巴马小型猪PERV的进化年代分析 | 第53页 |
| 1.4 小结 | 第53-55页 |
| 第二章 广西巴马小型猪PERV全基因cDNA克隆的构建与鉴定 | 第55-75页 |
| 2.1 材料与方法 | 第55-62页 |
| 2.1.1 材料 | 第55-57页 |
| 2.1.1.1 质粒 | 第55页 |
| 2.1.1.2 载体 | 第55页 |
| 2.1.1.3 细胞 | 第55-56页 |
| 2.1.1.4 工具酶和试剂 | 第56页 |
| 2.1.1.5 主要实验仪器 | 第56-57页 |
| 2.1.1.6 主要溶液配制 | 第57页 |
| 2.1.2 方法 | 第57-59页 |
| 2.1.2.1 PERV-BM全基因组cDNA克隆的构建策略 | 第57-58页 |
| 2.1.2.2 PERV核酸扩增阳性对照的准备 | 第58页 |
| 2.1.2.3 cDNA克隆部分核苷酸的恢复突变与新酶切位点引入 | 第58页 |
| 2.1.2.4 PERV全基因组cDNA克隆的PCR鉴定 | 第58-59页 |
| 2.1.2.5 PERV全基因组cDNA克隆的酶切鉴定 | 第59页 |
| 2.1.2.6 PERV全基因组cDNA克隆突变株测序鉴定 | 第59页 |
| 2.1.3 广西巴马小型猪PERV感染性克隆的筛选 | 第59-62页 |
| 2.1.3.1 PERV全基因组cDNA克隆质粒的抽提 | 第59-60页 |
| 2.1.3.2 PERV全基因组cDNA克隆质粒的线性化 | 第60页 |
| 2.1.3.3 体外转录及RNA纯化 | 第60-61页 |
| 2.1.3.4 细胞转染 | 第61页 |
| 2.1.3.5 RT-PCR鉴定 | 第61-62页 |
| 2.1.3.6 酶切鉴定 | 第62页 |
| 2.1.3.7 透射电子显微镜观察病毒粒子 | 第62页 |
| 2.2 结果 | 第62-71页 |
| 2.2.1 PERV-BM全基因cDNA克隆的构建 | 第62-63页 |
| 2.2.2 PERV-BM全基因cDNA克隆的定点突变 | 第63-64页 |
| 2.2.3 PERV-BM全基因cDNA克隆的鉴定 | 第64-69页 |
| 2.2.3.1 PCR鉴定 | 第64页 |
| 2.2.3.2 酶切鉴定 | 第64-65页 |
| 2.2.3.3 测序鉴定 | 第65-69页 |
| 2.2.4 PERV-BM感染性克隆的初步鉴定结果 | 第69-71页 |
| 2.2.4.1 RT-PCR鉴定 | 第69-70页 |
| 2.2.4.2 酶切鉴定 | 第70-71页 |
| 2.2.4.3 透射电子显微镜观察结果 | 第71页 |
| 2.3 讨论 | 第71-73页 |
| 2.4 小结 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第83-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
