葡萄糖氧化酶在电场下的分子动力学研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 葡萄糖氧化酶 | 第11-18页 |
| 1.1 葡萄糖氧化酶的简介 | 第11-12页 |
| 1.2 葡萄糖氧化酶的结构 | 第12-13页 |
| 1.3 葡萄糖氧化酶的作用机制 | 第13页 |
| 1.4 葡萄糖氧化酶的酶学性质 | 第13-15页 |
| 1.4.1 底物不同对酶活力的影响 | 第13-14页 |
| 1.4.2 底物浓度对酶活力的影响 | 第14-15页 |
| 1.4.3 pH对酶活力的影响 | 第15页 |
| 1.4.4 温度对酶活力的影响 | 第15页 |
| 1.5 葡萄糖氧化酶的应用 | 第15-17页 |
| 1.5.1 医疗行业 | 第15-16页 |
| 1.5.2 生物能源 | 第16页 |
| 1.5.3 食品和灌装工业 | 第16-17页 |
| 1.6 本课题的选题意义 | 第17-18页 |
| 2 分子动力学 | 第18-30页 |
| 2.1 分子动力学简介 | 第18页 |
| 2.2 经典力学(牛顿第二定律) | 第18-19页 |
| 2.3 分子动力学中的势能 | 第19-21页 |
| 2.3.1 分子动力学势能简介 | 第19页 |
| 2.3.2 键伸缩能 | 第19-20页 |
| 2.3.3 键角势能 | 第20页 |
| 2.3.4 二面角势能 | 第20页 |
| 2.3.5 Improper二面角势能 | 第20-21页 |
| 2.3.6 L-J相互作用 | 第21页 |
| 2.3.7 库仑相互作用 | 第21页 |
| 2.4 力场 | 第21-23页 |
| 2.4.1 力场的简介 | 第21-22页 |
| 2.4.2 力场的准确性 | 第22-23页 |
| 2.5 数值求解方法 | 第23页 |
| 2.5.1 Verlet算法 | 第23页 |
| 2.5.2 速度Verlet算法 | 第23页 |
| 2.6 统计力学和系综 | 第23-24页 |
| 2.7 周期性边界条件 | 第24-25页 |
| 2.7.1 周期性边界条件的介绍 | 第24-25页 |
| 2.7.2 周期性边界条件的缺点 | 第25页 |
| 2.8 分子动力学的局限性 | 第25页 |
| 2.9 分子动力学软件 | 第25-27页 |
| 2.10 GROMACS模拟软件 | 第27-30页 |
| 2.10.1 GROMACS简介 | 第27页 |
| 2.10.2 GROMACS历史 | 第27页 |
| 2.10.3 GROMACS特点 | 第27-28页 |
| 2.10.4 GROMACS模拟性能 | 第28-29页 |
| 2.10.5 GROMACS软件功能 | 第29-30页 |
| 3 模拟步骤 | 第30-42页 |
| 3.1 步骤简介和操作系统 | 第30页 |
| 3.2 实验步骤 | 第30-42页 |
| 3.2.1 获取葡萄糖氧化酶的初始结构 | 第30页 |
| 3.2.2 修改pdb文件 | 第30页 |
| 3.2.3 pdb文件格式转换 | 第30-31页 |
| 3.2.4 FAD进行格式转换 | 第31-32页 |
| 3.2.5 将FAD融合入GOx中 | 第32页 |
| 3.2.6 修改拓扑文件 | 第32-33页 |
| 3.2.7 创建模拟盒子 | 第33-34页 |
| 3.2.8 加入溶剂水 | 第34页 |
| 3.2.9 添加离子——产生添加离子所需要的文件 | 第34-35页 |
| 3.2.10 添加离子——加入离子进行中和 | 第35-36页 |
| 3.2.11 能量最小化——产生能量平衡的文件 | 第36-37页 |
| 3.2.12 能量最小化——进行能量最小化 | 第37-38页 |
| 3.2.13 NVT平衡和NPT平衡 | 第38-41页 |
| 3.2.14 生成MD成品 | 第41-42页 |
| 4 结果与分析 | 第42-65页 |
| 4.1 能量结果与分析 | 第42-49页 |
| 4.1.1 总能量、势能、动能结果与分析 | 第42-44页 |
| 4.1.2 键角能量结果与分析 | 第44-46页 |
| 4.1.3 LJ-SR能量结果与分析 | 第46-47页 |
| 4.1.4 二面角能量结果与分析 | 第47-49页 |
| 4.2 RMSD结果与分析 | 第49-51页 |
| 4.3 RMSF结果与分析 | 第51-54页 |
| 4.4 回旋半径结果与分析 | 第54-55页 |
| 4.5 二级结构结果与分析 | 第55-61页 |
| 4.6 氢键结果与分析 | 第61-65页 |
| 4.6.1 GOx氢键结果与分析 | 第61-62页 |
| 4.6.2 FAD氢键结果与分析 | 第62-65页 |
| 5 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 个人简历与研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
