| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第1章 前言 | 第15-38页 |
| 1.1 假单胞菌是一类重要的环境微生物 | 第15-16页 |
| 1.2 假单胞菌铁载体 | 第16-29页 |
| 1.2.1 几种代表性的假单胞菌铁载体 | 第16-22页 |
| 1.2.2 假单胞菌铁载体合成机制 | 第22-27页 |
| 1.2.3 假单胞菌铁载体合成的调控机制 | 第27-29页 |
| 1.2.4 荧光类假单胞菌异源铁载体的摄取 | 第29页 |
| 1.3 细菌应对环境变化的调控机制 | 第29-36页 |
| 1.3.1 单组份调控系统 | 第30-32页 |
| 1.3.2 双组份调控系统 | 第32-36页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第36-38页 |
| 第2章 东湖假单胞菌HYS中7-羟基环庚三烯酚酮生物合成相关基因的筛选 | 第38-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-41页 |
| 2.1.1 菌株、质粒和引物 | 第38-39页 |
| 2.1.2 仪器和试剂 | 第39-40页 |
| 2.1.3 培养基和溶液配制 | 第40-41页 |
| 2.2 实验方法 | 第41-44页 |
| 2.2.1 △pvdA转座子插入突变株的构建、筛选及鉴定 | 第41页 |
| 2.2.2 铁载体检测方法 | 第41-42页 |
| 2.2.3 假单胞菌基因组提取 | 第42页 |
| 2.2.4 半随机引物PCR | 第42页 |
| 2.2.5 巢式PCR(TAIL-PCR) | 第42-44页 |
| 2.2.6 生物信息学分析 | 第44页 |
| 2.3 结果与分析 | 第44-51页 |
| 2.3.1 △pvdA转座子插入突变株的构建及7-HT合成突变株的筛选、插入基因定位 | 第44-51页 |
| 2.3.2 基因簇1在7-HT合成中的功能分析 | 第51页 |
| 2.4 讨论与小结 | 第51-52页 |
| 第3章 东湖假单胞菌HYS中7-羟基环庚三烯酚酮生物合成有关基因的功能验证 | 第52-98页 |
| 3.1 实验材料 | 第52-62页 |
| 3.1.1 菌株、质粒和引物 | 第52-60页 |
| 3.1.2 仪器和试剂 | 第60页 |
| 3.1.3 培养基及溶液配制 | 第60-62页 |
| 3.2 实验方法 | 第62-70页 |
| 3.2.1 生物信息学分析 | 第62页 |
| 3.2.2 试剂盒提取质粒 | 第62页 |
| 3.2.3 大肠杆菌感受态制备与转化 | 第62页 |
| 3.2.4 基因敲除菌株构建 | 第62-63页 |
| 3.2.5 回补及过表达菌株的构建 | 第63页 |
| 3.2.6 包含lacZ翻译融合菌株的构建 | 第63页 |
| 3.2.7 东湖假单胞菌HYS中带his-tag标签菌株的构建 | 第63页 |
| 3.2.8 点突变表达载体的构建 | 第63-64页 |
| 3.2.9 假单胞菌总RNA提取 | 第64页 |
| 3.2.10 反转录PCR(Reverse Transcript PCR) | 第64页 |
| 3.2.11 荧光定量PCR | 第64-67页 |
| 3.2.12 蛋白浓度测定 | 第67-68页 |
| 3.2.13 Western blotting检测带有His-tag ORF13的蛋白含量 | 第68页 |
| 3.2.14 铁载体检测方法 | 第68-69页 |
| 3.2.15 生长曲线及β-半乳糖苷酶活性测定 | 第69页 |
| 3.2.16 单一碳源实验 | 第69页 |
| 3.2.17 细菌直接共培养(竞争实验) | 第69-70页 |
| 3.3 结果与分析 | 第70-93页 |
| 3.3.1 基因簇2与7-HT合成的关系 | 第70-84页 |
| 3.3.2 基因簇1与7-HT合成的关系 | 第84-89页 |
| 3.3.3 基因簇1在细菌中存在的特殊性 | 第89-93页 |
| 3.4 讨论 | 第93-96页 |
| 3.4.1 基因簇1和基因簇2共同参与7-HT合成 | 第93-95页 |
| 3.4.2 7-HT对细菌生长具有重要的生物学意义 | 第95-96页 |
| 3.5 小结 | 第96-98页 |
| 第4章 东湖假单胞菌HYS中7-羟基环庚三烯酚酮合成的调控机理 | 第98-123页 |
| 4.1 实验材料 | 第99-103页 |
| 4.1.1 菌株、质粒和引物 | 第99-102页 |
| 4.1.2 仪器和试剂 | 第102页 |
| 4.1.3 培养基及溶液配制 | 第102-103页 |
| 4.2 实验方法 | 第103页 |
| 4.2.1 敲除株构建 | 第103页 |
| 4.2.2 回补和过表达菌株构建 | 第103页 |
| 4.2.3 铁载体鉴定 | 第103页 |
| 4.2.4 生长曲线及β-半乳糖苷酶活性测定 | 第103页 |
| 4.2.5 荧光定量PCR | 第103页 |
| 4.3 结果与分析 | 第103-119页 |
| 4.3.1 ORF1与7-HT合成的关系 | 第103-111页 |
| 4.3.2 ORF12与7-HT合成的关系 | 第111-117页 |
| 4.3.3 ORF1正调节ORF12的表达 | 第117-119页 |
| 4.4 讨论 | 第119-121页 |
| 4.5 小结 | 第121-123页 |
| 总结与展望 | 第123-126页 |
| 一 研究总结 | 第123-124页 |
| 二 展望 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-139页 |
| 博士研究生期间科研成果 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
