| 摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 主要符号表 | 第14-16页 |
| 第1章 引言 | 第16-37页 |
| 1.1 海洋球石藻及海洋球石藻病毒 | 第16-18页 |
| 1.2 非编码RNA简介 | 第18-20页 |
| 1.3 microRNA的研究概况 | 第20-34页 |
| 1.3.1 动植物miRNA及其加工作用机制 | 第21-22页 |
| 1.3.2 藻类miRNA研究现状 | 第22-27页 |
| 1.3.3 miRNA与病毒感染 | 第27-30页 |
| 1.3.4 miRNA的研究方法 | 第30-34页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第34-37页 |
| 第2章 病毒感染海洋球石藻相关microRNA的筛选、鉴定及功能分析 | 第37-71页 |
| 2.1 材料与方法 | 第37-50页 |
| 2.1.1 实验藻种及病毒 | 第37页 |
| 2.1.2 海洋球石藻的培养 | 第37-38页 |
| 2.1.3 病毒颗粒的大量制备 | 第38页 |
| 2.1.4 病毒感染实验的设置及样品收集 | 第38页 |
| 2.1.5 SmallRNA建库主要实验试剂 | 第38-39页 |
| 2.1.6 SmallRNA建库主要实验仪器 | 第39页 |
| 2.1.7 总RNA的提取与质量检测 | 第39-40页 |
| 2.1.8 SmallRNA文库构建与测序 | 第40-45页 |
| 2.1.9 上机测序 | 第45-46页 |
| 2.1.10 Rawdata质量过滤与分类 | 第46-47页 |
| 2.1.11 miRNA的预测 | 第47页 |
| 2.1.12 表达量归一化 | 第47页 |
| 2.1.13 miRNA差异表达分析 | 第47-48页 |
| 2.1.14 差异miRNA靶基因预测 | 第48-49页 |
| 2.1.15 GO和KEGG的注释及富集 | 第49页 |
| 2.1.16 差异表达miRNA与其靶基因互作网络分析 | 第49-50页 |
| 2.2 结果与分析 | 第50-62页 |
| 2.2.1 RNA质检结果 | 第50-51页 |
| 2.2.2 Cleandata与参考基因组比对结果 | 第51页 |
| 2.2.3 miRNA序列分析 | 第51-53页 |
| 2.2.4 miRNA同源性分析 | 第53-55页 |
| 2.2.5 差异表达miRNAs的筛选 | 第55-57页 |
| 2.2.6 差异表达miRNA的靶基因预测与功能分析 | 第57-61页 |
| 2.2.7 miRNA与靶基因互作网络分析 | 第61-62页 |
| 2.3 讨论 | 第62-70页 |
| 2.3.1 miRNA长度分布与首位碱基偏好性特点 | 第62-66页 |
| 2.3.2 E.huxleyiBOF92和EhV99B1miRNA的来源 | 第66页 |
| 2.3.3 miRNA的同源性 | 第66-68页 |
| 2.3.4 miRNA的功能分析 | 第68-70页 |
| 2.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第3章 miRNA及其靶基因表达的检测与相关性分析 | 第71-91页 |
| 3.1 材料与方法 | 第71-78页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第71-72页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第72-78页 |
| 3.2 结果 | 第78-89页 |
| 3.2.1 差异表达miRNA茎环荧光定量RT-PCR验证 | 第78-81页 |
| 3.2.2 差异表达miRNA-mRNA互作网络的构建 | 第81-82页 |
| 3.2.3 靶基因荧光定量RT-PCR验证 | 第82-87页 |
| 3.2.4 miRNA与靶标表达之间的相关性分析 | 第87-89页 |
| 3.3 讨论 | 第89-90页 |
| 3.4 本章小结 | 第90-91页 |
| 第4章 双荧光素酶报告系统检测病毒miRNA与靶基因之间的关系 | 第91-113页 |
| 4.1 材料与方法 | 第91-102页 |
| 4.1.1 实验试剂 | 第91-92页 |
| 4.1.2 实验仪器 | 第92-93页 |
| 4.1.3 双荧光素酶报告载体系统及细胞株系 | 第93-94页 |
| 4.1.4 miRNA与靶基因结合位点的预测 | 第94页 |
| 4.1.5 目标序列的合成与实验组别设置 | 第94-98页 |
| 4.1.6 重组载体转化感受态细胞 | 第98页 |
| 4.1.7 重组质粒的抽提 | 第98-99页 |
| 4.1.8 重组质粒与双荧光载体psiCHECK2的大量酶切 | 第99页 |
| 4.1.9 双荧光载体重组载体的连接与转化 | 第99页 |
| 4.1.10 双荧光素酶重组质粒的提取及鉴定 | 第99-100页 |
| 4.1.11 细胞培养 | 第100-101页 |
| 4.1.12 瞬时转染 | 第101页 |
| 4.1.13 双荧光素酶报告系统的检测 | 第101-102页 |
| 4.2 结果 | 第102-110页 |
| 4.2.1 miRNA与自噬相关基因结合位点的预测 | 第102-103页 |
| 4.2.2 双荧光素酶重组载体的构建 | 第103-106页 |
| 4.2.3 转染重组质粒的荧光素酶的表达 | 第106-110页 |
| 4.3 讨论 | 第110-112页 |
| 4.3.1 双荧光素酶报告载体的选择、构建与转染体系的优化 | 第110-111页 |
| 4.3.2 miRNA与自噬相关基因的靶向关系及可能的调控方式 | 第111-112页 |
| 4.4 本章小结 | 第112-113页 |
| 第5章 结论与展望 | 第113-115页 |
| 5.1 本文主要结论 | 第113-114页 |
| 5.2 本文主要创新点 | 第114页 |
| 5.3 展望 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-126页 |
| 附录 | 第126-131页 |
| 附录A：42条miRNA成熟体序列 | 第126-129页 |
| 附录B：33条miRNA前体序列 | 第129-131页 |
| 在学期间科研成果情况 | 第131页 |
