| 摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第14-36页 |
| 1.1 卤键概述 | 第14-16页 |
| 1.2 有机氟在蛋白-配体结合中形成的非共价相互作用 | 第16-26页 |
| 1.2.1 氢键 | 第18-21页 |
| 1.2.2 卤键 | 第21-22页 |
| 1.2.3 C-F…π作用 | 第22-24页 |
| 1.2.4 其他 | 第24-25页 |
| 1.2.5 小结 | 第25-26页 |
| 1.3 基于片段的计算机辅助药物设计在B-Raf~(V600E)抑制剂发现中的应用和展望 | 第26-34页 |
| 1.3.1 Vemurafenib：首个FBDD上市药物 | 第29-30页 |
| 1.3.2 片段重组策略发现新骨架B-Raf~(V600E)抑制剂 | 第30-33页 |
| 1.3.3 小结 | 第33-34页 |
| 1.4 论文总体安排 | 第34-36页 |
| 第2章 阴离子-阴离子型卤键作用的理论研究 | 第36-56页 |
| 2.1 引言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-41页 |
| 2.2.1 数据库搜寻 | 第37-38页 |
| 2.2.2 分子表面静电势计算 | 第38页 |
| 2.2.3 几何结构优化及相互作用能计算 | 第38-39页 |
| 2.2.4 基于SAPT的能量分解 | 第39页 |
| 2.2.5 NBO分析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 QTAIM分析 | 第40页 |
| 2.2.7 QM/MM计算 | 第40-41页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第41-54页 |
| 2.3.1 CSD数据库中的阴离子-阴离子型卤键作用模式 | 第41页 |
| 2.3.2 PDB数据库中阴离子-阴离子型卤键作用的搜寻 | 第41-43页 |
| 2.3.3 含有阴离子-阴离子型卤键的小分子模型体系的构建和量化计算 | 第43-46页 |
| 2.3.4 基于SAPT的能量分解分析 | 第46-47页 |
| 2.3.5 NBO分析 | 第47-48页 |
| 2.3.6 介电常数对阴离子-阴离子型卤键相互作用的影响 | 第48-51页 |
| 2.3.7 QTAIM分析 | 第51-52页 |
| 2.3.8 蛋白质与配体之间的阴离子-阴离子型卤键作用的QM/MM计算 | 第52-54页 |
| 2.4 小结 | 第54-56页 |
| 第3章 有机氟与靶标蛋白质之间的复杂分子间相互作用 | 第56-80页 |
| 3.1 引言 | 第56-57页 |
| 3.2 计算方法 | 第57-60页 |
| 3.2.1 数据库统计 | 第57-58页 |
| 3.2.2 MEP的计算 | 第58页 |
| 3.2.3 几何结构优化和相互作用能计算 | 第58-59页 |
| 3.2.4 基于SAPT的能量分解 | 第59页 |
| 3.2.5 QTAIM和NCI分析 | 第59-60页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第60-79页 |
| 3.3.1 有机氟在CSD数据库中与其他原子作用的统计 | 第60-62页 |
| 3.3.2 有机氟在PDB数据库中与其他原子作用的统计 | 第62-69页 |
| 3.3.3 有机含氟小分子与经典卤键受体的作用 | 第69-74页 |
| 3.3.4 有机含氟小分子与其他原子或基团的作用 | 第74-79页 |
| 3.4 小结 | 第79-80页 |
| 第4章 药物合成反应中的反应机理研究 | 第80-92页 |
| 4.1 4-烷氧基-2-噁唑啉类化合物合成的反应机理探究 | 第80-85页 |
| 4.1.1 引言 | 第80-81页 |
| 4.1.2 计算方法 | 第81页 |
| 4.1.3 结果和讨论 | 第81-85页 |
| 4.2 铑催化的C-H键活化生成C-O键反应的机理探究 | 第85-91页 |
| 4.2.1 引言 | 第85-86页 |
| 4.2.2 计算方法 | 第86-87页 |
| 4.2.3 结果和讨论 | 第87-91页 |
| 4.3 小结 | 第91-92页 |
| 第5章 基于对接的片段拼接策略发现B-Raf~(V600E)抑制剂 | 第92-106页 |
| 5.1 引言 | 第92-94页 |
| 5.2 材料与方法 | 第94-95页 |
| 5.2.1 片段准备和分子对接 | 第94页 |
| 5.2.2 化学合成 | 第94-95页 |
| 5.2.3 生物测试 | 第95页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第95-104页 |
| 5.3.1 片段产生和评价 | 第95-96页 |
| 5.3.2 片段重组得到活性化合物 | 第96-99页 |
| 5.3.3 化学合成 | 第99页 |
| 5.3.4 构效关系分析 | 第99-102页 |
| 5.3.5 化合物1m对多个结直肠癌细胞系的活性评价 | 第102-103页 |
| 5.3.6 化合物1m的体外ADME性质评价 | 第103-104页 |
| 5.4 小结 | 第104-106页 |
| 第6章 全文总结与展望 | 第106-110页 |
| 参考文献 | 第110-132页 |
| 附录 | 第132-160页 |
| 作者简历 | 第160-162页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第162-164页 |
| 致谢 | 第164-166页 |
