| Acknowledgements | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 摘要 | 第9-14页 |
| 1 Introduction | 第14-24页 |
| 1.1 Literature Review and Background Knowledge | 第14-19页 |
| 1.1.1 Linkage and Associiation | 第14-16页 |
| 1.1.2 Population Structure | 第16-17页 |
| 1.1.3 Statistical Testing | 第17-18页 |
| 1.1.4 Correction for Multiple Testing | 第18-19页 |
| 1.2 Challenges and Our Proposals | 第19-24页 |
| 2 GWAS for Yield Traits of Upland Cotton | 第24-40页 |
| 2.1 Introduction | 第24-26页 |
| 2.2 Methods | 第26-29页 |
| 2.2.1 Plant Materials and Field Experiment | 第26页 |
| 2.2.2 SNP Genotyping and Quality Control | 第26-27页 |
| 2.2.3 Statistical Analysis | 第27-29页 |
| 2.3 Results | 第29-37页 |
| 2.3.1 GWAS Analysis for Four Yield Traits | 第29-31页 |
| 2.3.2 Prediction of Best Lines and Superior Lines | 第31-35页 |
| 2.3.3 Candidate Genes by Comparative Analysis | 第35-37页 |
| 2.4 Discussion | 第37-40页 |
| 3 GWAS for Plant Height and Heading Date of Xieyou9308 | 第40-58页 |
| 3.1 Introduction | 第40-42页 |
| 3.2 Materials and Methods | 第42-44页 |
| 3.2.1 Plant Materials and SNP Genotyping | 第42页 |
| 3.2.2 Genetic Models and Statistical Analysis | 第42-44页 |
| 3.3 Results | 第44-54页 |
| 3.3.1 Structure of Linkage Disequilibrium | 第44页 |
| 3.3.2 Estimated Heritability and Predicted Genetic Effects | 第44-51页 |
| 3.3.3 Breeding Value Prediction and Candidate Genes | 第51-54页 |
| 3.4 Discussionn | 第54-58页 |
| 4 Mapping QTX for Quality Traits in Tobacco | 第58-74页 |
| 4.1 Introduction | 第58-59页 |
| 4.2 Materials and Methods | 第59-64页 |
| 4.2.1 Plant Growth and Sample Preparation | 第59-60页 |
| 4.2.2 Data Generation of Four Omics Genetypes | 第60-62页 |
| 4.2.3 Statistical Annalysis | 第62-64页 |
| 4.3 Results | 第64-70页 |
| 4.3.1 Association Mapping for Chromium Content Based on Omics Data | 第64-66页 |
| 4.3.2 Association Mapping for Total Sugar Content Based on Omics Data | 第66-70页 |
| 4.4 Discussion | 第70-74页 |
| 5 Linear model implementation for MDR | 第74-90页 |
| 5.1 Introduction | 第74-75页 |
| 5.2 Materials and Methods | 第75-79页 |
| 5.2.1 The Original MDR Kernel Algorithm | 第75-76页 |
| 5.2.2 LMDR Kernel Algorithm | 第76-77页 |
| 5.2.3 Simulations | 第77-78页 |
| 5.2.4 Real Data Analysis | 第78-79页 |
| 5.3 Results | 第79-88页 |
| 5.3.1 Type Ⅰ Error Rate and Success Rate of LMDR | 第79-82页 |
| 5.3.2 Genetic Property of LMDR and Correlation with MDR | 第82-84页 |
| 5.3.3 Real Data Results | 第84-88页 |
| 5.4 Discussion | 第88-90页 |
| Reference | 第90-98页 |
