| 缩略词表 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 系统生物学 | 第14-19页 |
| 1.1.1 组学与系统生物学 | 第14页 |
| 1.1.2 分子网络模型 | 第14-16页 |
| 1.1.3 关联网络与表达谱印记 | 第16-18页 |
| 1.1.4 系统生物学研究中的多维度数据交叉验证 | 第18-19页 |
| 1.2 病原体-宿主相互作用组学 | 第19-22页 |
| 1.2.1 蛋白质相互作用研究 | 第20-21页 |
| 1.2.2 病毒感染关键宿主因子鉴定 | 第21页 |
| 1.2.3 表达谱数据 | 第21-22页 |
| 1.3 论文的组织结构 | 第22-24页 |
| 第二章 基于表达谱印记的病原体感染模式划分 | 第24-50页 |
| 2.1 研究背景 | 第24页 |
| 2.2 数据集与方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 病原体感染表达谱数据收集 | 第24-25页 |
| 2.2.2 建立病原体感染宿主反应关联网络 | 第25-27页 |
| 2.2.3 宿主转录反应相关的病原体感染属性鉴定 | 第27-28页 |
| 2.2.4 病原体聚类及成员属性富集分析 | 第28-29页 |
| 2.3 分析结果 | 第29-48页 |
| 2.3.1 病原体感染的宿主转录组相似性网络 | 第29-39页 |
| 2.3.2 病原体-宿主转录反应与感染属性之间的关联分析 | 第39-42页 |
| 2.3.3 病原体感染的宿主反应模式划分与鉴定 | 第42-48页 |
| 2.4 讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 基于表达谱印记的病原体感染模式的应用 | 第50-72页 |
| 3.1 研究背景 | 第50页 |
| 3.2 数据与方法 | 第50-52页 |
| 3.2.1 病原体聚类社团的共享分子机制鉴定 | 第50-51页 |
| 3.2.2 病原体感染及疾病的印记提取 | 第51-52页 |
| 3.2.3 病原体感染及疾病印记与病原体感染聚类社团关联 | 第52页 |
| 3.3 结果 | 第52-70页 |
| 3.3.1 病原体感染模式对应的分子机制研究 | 第52-54页 |
| 3.3.2 病原体感染模式判别实验 | 第54-62页 |
| 3.3.3 病原体感染与疾病关联研究 | 第62-70页 |
| 3.4 讨论 | 第70-72页 |
| 第四章 EV71病毒-宿主蛋白相互作用网络研究 | 第72-92页 |
| 4.1 研究背景 | 第72-73页 |
| 4.2 材料与方法 | 第73-76页 |
| 4.2.1 整合EV71宿主蛋白质相互作用与人类蛋白相互作用网络 | 第73页 |
| 4.2.2 EV71靶向蛋白的拓扑结构分析 | 第73页 |
| 4.2.3 使用DAVID工具对EV71靶向蛋白进行基因功能注释 | 第73页 |
| 4.2.4 Reactome通路富集分析 | 第73-74页 |
| 4.2.5 病毒的相互作用宿主蛋白与感染关键宿主因子收集 | 第74页 |
| 4.2.6 使用Drug Bank预测潜在抗病毒药物 | 第74页 |
| 4.2.7 关联预测的药物属性富集分析 | 第74页 |
| 4.2.8 药物靶标作用关系富集分析 | 第74-75页 |
| 4.2.9 使用表达谱印记预测抗病毒药物 | 第75-76页 |
| 4.3 结果 | 第76-87页 |
| 4.3.1 EV71-宿主蛋白相互作用结果 | 第76-77页 |
| 4.3.2 EV71靶向蛋白的相互作用网络及拓扑性质 | 第77-79页 |
| 4.3.3 EV71与人类蛋白相互作用网络的功能分析 | 第79-81页 |
| 4.3.4 鉴定潜在广谱抗病毒靶点 | 第81-84页 |
| 4.3.5 使用EV71靶向蛋白的药物预测 | 第84-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-92页 |
| 第五章 总结 | 第92-96页 |
| 参考文献 | 第96-103页 |
| 个人简历 | 第103-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
