| 项目资助 | 第6页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第6-7页 |
| 致谢 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 主要缩略词 | 第16-17页 |
| 第1章 文献综述 | 第17-50页 |
| 1.1 耐辐射球菌DNA损伤修复机制的研究进展 | 第17-38页 |
| 1.1.1 耐辐射奇球菌概述 | 第17-19页 |
| 1.1.2 耐辐射奇球菌辐射抗性机制 | 第19-34页 |
| 1.1.3 耐辐射奇球菌特有的修复相关蛋白及机制 | 第34-38页 |
| 1.2 RecJ/DHH家族生物学功能研究进展 | 第38-46页 |
| 1.2.1 RecJ/DHH家族概述 | 第38-39页 |
| 1.2.2 RecJ蛋白的研究进展 | 第39-42页 |
| 1.2.3 RecJ-like蛋白的研究进展 | 第42-44页 |
| 1.2.4 其它RecJ/DHH家族成员的研究进展 | 第44-46页 |
| 1.3 HerA-NurA复合体生物学功能研究进展 | 第46-50页 |
| 1.3.1 HerA蛋白研究进展 | 第46-47页 |
| 1.3.2 NurA蛋白研究进展 | 第47-48页 |
| 1.3.3 HerA-NurA复合体的研究进展 | 第48-50页 |
| 第2章 耐辐射奇球菌RecJ蛋白整体结构及各结构域功能的研究 | 第50-74页 |
| 2.1 引言 | 第50页 |
| 2.2 材料与方法 | 第50-57页 |
| 2.2.1 设备与菌体培养 | 第50-51页 |
| 2.2.2 补偿菌株与蛋白表达载体的构建 | 第51-54页 |
| 2.2.3 RecJ全长蛋白及其截断蛋白的表达与纯化 | 第54-55页 |
| 2.2.4 SDS-PAGE银染方法 | 第55页 |
| 2.2.5 RecJ结晶实验 | 第55页 |
| 2.2.6 晶体X射线衍射数据的收集和分析 | 第55-56页 |
| 2.2.7 Western blotting分析RecJ全长蛋白及其截断蛋白在体内的表达情况 | 第56页 |
| 2.2.8 生存率的测定 | 第56-57页 |
| 2.2.9 生长曲线的测定 | 第57页 |
| 2.2.10 RecJ全长蛋白及其截断蛋白的核酸酶活性实验 | 第57页 |
| 2.2.11 RecJ全长蛋白及其截断蛋白的DNA结合实验 | 第57页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第57-72页 |
| 2.3.1 drRecJ全长蛋白的纯化 | 第57-61页 |
| 2.3.2 drRecJ-dTMP复合体的结晶及结构解析 | 第61-63页 |
| 2.3.3 drRecJ全长蛋白和各结构域的结构总览 | 第63-67页 |
| 2.3.4 drRecJ结构和生化水平的金属偏好性研究 | 第67-69页 |
| 2.3.5 drRecJ全长蛋白及其截断体对recJ突变株补偿效果分析 | 第69-71页 |
| 2.3.6 drRecJ各截断体的纯化 | 第71页 |
| 2.3.7 drRecJ全长蛋白及其截断体的DNA酶切效率比较 | 第71-72页 |
| 2.3.8 drRecJ全长蛋白及其截断体的DNA结合能力比较 | 第72页 |
| 2.4 本章小结 | 第72-74页 |
| 第3章 RecJ-DNA复合物晶体结构的解析 | 第74-95页 |
| 3.1 引言 | 第74页 |
| 3.2 材料与方法 | 第74-77页 |
| 3.2.1 蛋白纯化与结晶 | 第74-76页 |
| 3.2.2 drRecJ全长蛋白及其各点突变蛋白的核酸酶活性实验 | 第76-77页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第77-92页 |
| 3.3.1 drRecJ的底物分析 | 第77-78页 |
| 3.3.2 drRecJ催化中心点突变蛋白活性比较及金属离子结合情况分析 | 第78-80页 |
| 3.3.3 drRecJ-DNA复合体结构概况 | 第80-83页 |
| 3.3.4 drRecJ DNA结合通道的结构分析 | 第83-86页 |
| 3.3.5 drRecJ OB fold特殊的DNA结合方式 | 第86-88页 |
| 3.3.6 从结构上分析drRecJ的催化机制 | 第88-91页 |
| 3.3.7 从结构上分析DHH家族subfamily1和subfamily2底物的区别 | 第91-92页 |
| 3.4 本章小结 | 第92-95页 |
| 第4章 RecJ-SSB-Ct复合物晶体结构的解析以及末端处理过程模拟 | 第95-106页 |
| 4.1 引言 | 第95页 |
| 4.2 材料与方法 | 第95-97页 |
| 4.2.1 体内Co-IP鉴定互作蛋白 | 第95-96页 |
| 4.2.2 表达载体的构建 | 第96页 |
| 4.2.3 蛋白纯化与结晶 | 第96-97页 |
| 4.2.4 核酸酶活性实验 | 第97页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第97-105页 |
| 4.3.1 drRecJ互作蛋白的获得与鉴定 | 第97-98页 |
| 4.3.2 SSB-Ct结合位点位于drRecJ的C端结构域 | 第98-102页 |
| 4.3.3 SSB-Ct与drRecJ的互作是其激活RecJ活性所必须 | 第102-103页 |
| 4.3.4 SSB与RecQ激活drRecJ的可能机制 | 第103-105页 |
| 4.4 本章小结 | 第105-106页 |
| 第5章 HerA-NurA复合体生化功能的研究 | 第106-139页 |
| 5.1 引言 | 第106页 |
| 5.2 材料与方法 | 第106-116页 |
| 5.2.1 设备与菌体培养 | 第106页 |
| 5.2.2 herA,nurA和nurA-herA突变菌株的构建 | 第106-109页 |
| 5.2.3 补偿菌株与蛋白表达载体的构建 | 第109-110页 |
| 5.2.4 HerA蛋白与NurA蛋白的纯化 | 第110-111页 |
| 5.2.5 酵母双杂交实验 | 第111页 |
| 5.2.6 分析凝胶过滤实验 | 第111-112页 |
| 5.2.7 Pull down实验 | 第112页 |
| 5.2.8 HerAATPase活性分析 | 第112-113页 |
| 5.2.9 核酸酶活性分析 | 第113页 |
| 5.2.10 Western blotting分析补偿菌株是否构建成功 | 第113页 |
| 5.2.11 生存率的测定 | 第113-114页 |
| 5.2.12 生长曲线的测定 | 第114页 |
| 5.2.13 重组率的测定 | 第114-115页 |
| 5.2.14 荧光共聚焦对HerA和NurA蛋白体内的定位研究 | 第115-116页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第116-137页 |
| 5.3.1 nurA,herA生物信息学分析 | 第116-122页 |
| 5.3.2 drNurA和drHerA互作的验证 | 第122-124页 |
| 5.3.3 HerAATPase活性的研究 | 第124-126页 |
| 5.3.4 drNurA酶切活性的研究 | 第126-131页 |
| 5.3.5 nurA,herA和nurA/herA基因敲除的验证 | 第131-133页 |
| 5.3.6 nurA,herA和nurA/herA突变株的生长情况 | 第133-134页 |
| 5.3.7 nurA,herA和nurA/herA突变株的生存率变化 | 第134页 |
| 5.3.8 nurA,herA和nurA/herA突变株的重组率变化 | 第134-136页 |
| 5.3.9 NurA和HerA在体内的分布情况 | 第136-137页 |
| 5.4 本章小结 | 第137-139页 |
| 第6章 RecJ与HerA的互作以及与HerA-NurA复合体关系的研究 | 第139-150页 |
| 6.1 引言 | 第139页 |
| 6.2 材料与方法 | 第139-140页 |
| 6.2.1 设备与菌体培养 | 第139页 |
| 6.2.2 蛋白纯化 | 第139页 |
| 6.2.3 Far Western blot检验RecJ和HerA的互作 | 第139页 |
| 6.2.4 Pull down实验检验RecJ和HerA的互作 | 第139-140页 |
| 6.2.5 DNA酶切实验和DNA结合实验 | 第140页 |
| 6.2.6 生存率的测定 | 第140页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第140-148页 |
| 6.3.1 drHerA的C端能和drRecJ的C端直接互作 | 第140-142页 |
| 6.3.2 drHerA能促进drRecJ的DNA酶切活性和结合活性 | 第142-144页 |
| 6.3.3 drNurA能抑制drHerA对drRecJ酶切和结合活性的激活作用 | 第144-146页 |
| 6.3.4 drNurA和drRecJ相悖的表型暗示着两者在体内有相左的功能 | 第146-147页 |
| 6.3.5 drRecJ和drNurA两条DNA resection途径的模式图 | 第147-148页 |
| 6.4 本章小结 | 第148-150页 |
| 总结与展望 | 第150-153页 |
| 附录 | 第153-161页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-176页 |
