| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 1 绪论 | 第18-37页 |
| 1.1 植物病毒检测技术研究进展 | 第18-34页 |
| 1.1.1 生物学测定法 | 第18-19页 |
| 1.1.2 电子显微镜法 | 第19-21页 |
| 1.1.3 血清学检测 | 第21-23页 |
| 1.1.4 分子生物学检测 | 第23-27页 |
| 1.1.5 第二代测序(Next-generation sequencing,NGS)检测法 | 第27-34页 |
| 1.2 我国木本植物病毒研究概况 | 第34-37页 |
| 2 实验方法 | 第37-49页 |
| 2.1 样品采集 | 第37页 |
| 2.2 植物病毒基因组克隆及基因组序列分析 | 第37-45页 |
| 2.2.1 试剂盒法提取植物总DNA | 第37页 |
| 2.2.2 植物总RNA的提取 | 第37-40页 |
| 2.2.3 植物病毒基因的反转录 | 第40页 |
| 2.2.4 超保真DNA聚合酶扩增反应 | 第40-41页 |
| 2.2.5 RACE-PCR(Rapid Amplification of cDNA Ends-PCR) | 第41-42页 |
| 2.2.6 PCR产物纯化 | 第42-43页 |
| 2.2.7 大肠杆菌感受态细胞制备 | 第43页 |
| 2.2.8 连接 | 第43页 |
| 2.2.9 大肠杆菌感受态细胞转化 | 第43-44页 |
| 2.2.10 菌落PCR检测 | 第44-45页 |
| 2.2.11 序列测定与比对分析 | 第45页 |
| 2.3 小RNA深度测序 | 第45-47页 |
| 2.3.1 样品RNA的准备 | 第45-46页 |
| 2.3.2 小RNA文库构建及库检 | 第46-47页 |
| 2.3.3 小RNA上机测序 | 第47页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第47-49页 |
| 2.4.1 小RNA测序原始数据处理与分析 | 第47-48页 |
| 2.4.2 病毒来源小RNA分析 | 第48页 |
| 2.4.3 病毒基因组二级结构预测 | 第48页 |
| 2.4.4 多聚蛋白切割位点分析 | 第48页 |
| 2.4.5 系统进化树构建 | 第48页 |
| 2.4.6 病毒重组分析 | 第48-49页 |
| 3 三种木本植物RNA病毒的分子鉴定 | 第49-87页 |
| 3.1 材料与方法 | 第52-55页 |
| 3.1.1 材料来源 | 第52-54页 |
| 3.1.2 样品RNA提取及送测 | 第54-55页 |
| 3.1.3 小RNA文库构建及Illumia测序 | 第55页 |
| 3.1.4 小RNA深度测序数据分析 | 第55页 |
| 3.1.5 病毒汁液摩擦接种 | 第55页 |
| 3.2 结果与分析 | 第55-84页 |
| 3.2.1 紫藤花叶病毒的分子鉴定 | 第55-62页 |
| 3.2.2 南天竹花叶病毒的分子鉴定 | 第62-74页 |
| 3.2.3 桑树花叶卷叶病毒的分子鉴定 | 第74-82页 |
| 3.2.4 木本植物来源的WVMV、CMV及MMLRaV摩擦接种实验结果 | 第82-84页 |
| 3.3 讨论 | 第84-87页 |
| 4 美国山核桃花叶病毒的分子鉴定 | 第87-116页 |
| 4.1 材料与方法 | 第87-89页 |
| 4.1.1 材料来源 | 第87-88页 |
| 4.1.2 样品RNA提取及送测 | 第88页 |
| 4.1.3 小RNA文库构建及Illumia测序 | 第88页 |
| 4.1.4 小RNA深度测序数据分析 | 第88页 |
| 4.1.5 病毒序列分析 | 第88页 |
| 4.1.6 病毒摩擦接种 | 第88-89页 |
| 4.2 结果与分析 | 第89-114页 |
| 4.2.1 小RNA深度测序结果 | 第89-90页 |
| 4.2.2 小RNA的拼接及美国山核桃病毒的筛查 | 第90-91页 |
| 4.2.3 美国山核桃样品中病毒基因组克隆和序列分析 | 第91-108页 |
| 4.2.4 美国山核桃花叶相关病毒(PMaV)来源小RNA分析 | 第108-113页 |
| 4.2.5 美国山核桃花叶相关病毒摩擦接种结果 | 第113页 |
| 4.2.6 美国山核桃花叶相关病毒负染电镜观察结果 | 第113-114页 |
| 4.3 讨论 | 第114-116页 |
| 5 柠檬矮化类病毒的分子鉴定 | 第116-131页 |
| 5.1 材料与方法 | 第116-118页 |
| 5.1.1 材料来源 | 第116-117页 |
| 5.1.2 样品RNA提取及送测 | 第117页 |
| 5.1.3 小RNA文库构建及Illumia测序 | 第117页 |
| 5.1.4 小RNA深度测序数据分析 | 第117页 |
| 5.1.5 柠檬啤酒花矮化类病毒小RNA的靶基因预测 | 第117-118页 |
| 5.2 结果与分析 | 第118-129页 |
| 5.2.1 小RNA深度测序结果 | 第118页 |
| 5.2.2 小RNA的拼接及柠檬病毒的筛查 | 第118-119页 |
| 5.2.3 啤酒花矮化类病毒HSVd基因组克隆和序列分析 | 第119-121页 |
| 5.2.4 啤酒花矮化类病毒来源小RNA分析结果 | 第121-125页 |
| 5.2.5 柠檬啤酒花矮化类病毒小RNA的靶基因预测 | 第125-129页 |
| 5.3 讨论 | 第129-131页 |
| 6 中国大青金色花叶病毒的分子鉴定 | 第131-157页 |
| 6.1 材料与方法 | 第131-133页 |
| 6.1.1 材料来源 | 第131-132页 |
| 6.1.2 样品RNA提取及送测 | 第132页 |
| 6.1.3 小RNA文库构建及Illumia测序 | 第132页 |
| 6.1.4 小RNA深度测序数据分析 | 第132-133页 |
| 6.2 结果与分析 | 第133-155页 |
| 6.2.1 小RNA深度测序结果 | 第133-134页 |
| 6.2.2 小 RNA的拼接及大青病毒的筛查 | 第134页 |
| 6.2.3 中国大青金色花叶病毒基因组克隆和序列分析 | 第134-137页 |
| 6.2.4 中国大青金色花叶病毒源小RNA分析结果 | 第137-146页 |
| 6.2.5 中国大青金色花叶病毒源小RNA Velvet-Oases分析结果 | 第146-153页 |
| 6.2.6 中国大青金色花叶病毒源小RNA在病毒基因组上的分布 | 第153-155页 |
| 6.3 讨论 | 第155-157页 |
| 附录Ⅰ 参考文献 | 第157-178页 |
| 附录Ⅱ 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第178-181页 |
| 附录Ⅲ 本论文所用术语缩写词及中英文对照 | 第181-182页 |
