| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 英文缩略词表 | 第10-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-44页 |
| 1.1 基因标志物检测的研究意义 | 第16-28页 |
| 1.1.3 体细胞突变 | 第19-20页 |
| 1.1.4 DNA拷贝数变异 | 第20-21页 |
| 1.1.5 DNA甲基化修饰 | 第21-24页 |
| 1.1.6 基因标志物检测在疾病发生风险评估中的意义 | 第24-25页 |
| 1.1.7 基因标志物检测在疾病早期诊断中的意义 | 第25-26页 |
| 1.1.8 基因标志物检测在个体化用药指导中的意义 | 第26-28页 |
| 1.1.9 基因标志物检测在治疗方案预后评估中的意义 | 第28页 |
| 1.2 数字化分析技术的研究进展 | 第28-37页 |
| 1.2.1 数字化PCR技术的研究进展 | 第28-29页 |
| 1.2.2 微球-微乳相数字化PCR技术平台 | 第29-32页 |
| 1.2.3 微阵列式数字化PCR技术平台 | 第32-34页 |
| 1.2.4 微液滴式数字化PCR技术平台 | 第34-35页 |
| 1.2.5 其它类型的数字化分析技术 | 第35-37页 |
| 1.3 数字化分析技术的应用 | 第37-40页 |
| 1.3.1 数字化分析技术在胎儿无创产前筛查中的应用 | 第38页 |
| 1.3.2 数字化分析技术在肿瘤早期诊断中的应用 | 第38-39页 |
| 1.3.3 数字化分析技术在肿瘤精准治疗中的应用 | 第39-40页 |
| 1.4 本课题的研究目的、研究内容及技术路线 | 第40-44页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第40-41页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第41-43页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第43-44页 |
| 第二章 基于数字化PCR结合水凝胶微球芯片的高灵敏DNA甲基化检测方法建立 | 第44-76页 |
| 2.1 引言 | 第44-45页 |
| 2.2 实验材料 | 第45-47页 |
| 2.2.1 试剂 | 第45-46页 |
| 2.2.2 仪器 | 第46页 |
| 2.2.3 样本收集 | 第46-47页 |
| 2.3 实验方法 | 第47-57页 |
| 2.3.1 粪便样本DNA提取 | 第47-48页 |
| 2.3.2 组织样本DNA提取 | 第48页 |
| 2.3.3 DNA样本的重亚硫酸盐处理及纯化 | 第48-51页 |
| 2.3.4 重亚硫酸盐转化DNA样本预扩增 | 第51-52页 |
| 2.3.5 微球修饰 | 第52-53页 |
| 2.3.6 微乳相PCR扩增 | 第53-55页 |
| 2.3.7 微球回收 | 第55-56页 |
| 2.3.8 水凝胶微球芯片的制备 | 第56-57页 |
| 2.3.9 芯片扫描及数据处理 | 第57页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第57-74页 |
| 2.4.1 微乳相PCR结合水凝胶微球芯片检测DNA甲基化的方法原理 | 第57-59页 |
| 2.4.2 粪便DNA提取回收率考察 | 第59-61页 |
| 2.4.3 DNA甲基化检测的特异性考察 | 第61-62页 |
| 2.4.4 部分甲基化靶标的检测结果考察 | 第62-64页 |
| 2.4.5 预扩增PCR考察 | 第64-65页 |
| 2.4.6 DNA甲基化检测的灵敏度考察 | 第65-67页 |
| 2.4.7 DNA甲基化检测的定量性能考察 | 第67-68页 |
| 2.4.8 大肠癌组织样本检测 | 第68-71页 |
| 2.4.9 粪便成分对甲基化检测的影响 | 第71-73页 |
| 2.4.10 粪便DNA样本检测 | 第73-74页 |
| 2.5 本章小结 | 第74-76页 |
| 第三章 基于错配探针-核酸侵入反应的高特异性DNA单碱基差异检测方法建立 | 第76-90页 |
| 3.1 引言 | 第76-77页 |
| 3.2 实验材料 | 第77-79页 |
| 3.2.1 试剂 | 第77-79页 |
| 3.2.2 仪器 | 第79页 |
| 3.3 实验方法 | 第79-80页 |
| 3.3.1 基因组DNA提取及常规PCR扩增 | 第79页 |
| 3.3.2 级联核酸侵入信号反应 | 第79页 |
| 3.3.3 PCR扩增终点级联核酸侵入信号反应 | 第79-80页 |
| 3.3.4 PCR扩增偶联级联核酸侵入信号反应 | 第80页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第80-89页 |
| 3.4.1 基于错配探针的高特异性核酸侵入反应方法原理 | 第80-81页 |
| 3.4.2 核酸侵入反应条件优化对检测特异性的影响 | 第81-83页 |
| 3.4.3 错配探针对核酸侵入反应检测特异性的影响 | 第83-86页 |
| 3.4.4 基于错配探针的核酸侵入反应检测基因多态性 | 第86-88页 |
| 3.4.5 基于错配探针的核酸侵入反应的临床样本验证 | 第88-89页 |
| 3.5 本章小结 | 第89-90页 |
| 第四章 可控延伸反应介导的低背景级联核酸侵入反应方法建立 | 第90-128页 |
| 4.1 引言 | 第90-91页 |
| 4.2 实验材料 | 第91页 |
| 4.2.1 试剂 | 第91页 |
| 4.2.2 仪器 | 第91页 |
| 4.3 实验方法 | 第91-96页 |
| 4.3.1 基因组DNA提取 | 第91-92页 |
| 4.3.2 常规级联核酸侵入反应 | 第92页 |
| 4.3.3 可控延伸反应介导的核酸侵入反应 | 第92-93页 |
| 4.3.4 基于发卡型探针的可控延伸-级联核酸侵入反应 | 第93-95页 |
| 4.3.5 DNA逻辑门 | 第95页 |
| 4.3.6 指导靶向用药逻辑门 | 第95-96页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第96-126页 |
| 4.4.1 低背景信号核酸侵入反应设计 | 第96-97页 |
| 4.4.2 可控延伸介导的核酸侵入反应原理 | 第97-98页 |
| 4.4.3 下游探针缩短长度的考察 | 第98-99页 |
| 4.4.4 延伸反应中DNA聚合酶考察 | 第99-101页 |
| 4.4.5 延伸反应成分对核酸侵入反应的影响 | 第101-102页 |
| 4.4.6 延伸反应可控性考察验证 | 第102-103页 |
| 4.4.7 延伸反应效率考察 | 第103-104页 |
| 4.4.8 基于长flap片段的可控延伸-级联核酸侵入反应原理 | 第104-105页 |
| 4.4.9 通用模板的设计 | 第105-107页 |
| 4.4.10 基于长flap片段的延伸反应效率考察 | 第107-108页 |
| 4.4.11 基于发卡型探针的可控延伸-级联核酸侵入反应原理 | 第108-110页 |
| 4.4.12 发卡型下游探针的背景信号验证 | 第110页 |
| 4.4.13 发卡型flap片段的可控延伸反应验证 | 第110-112页 |
| 4.4.14 可控延伸反应条件优化 | 第112-113页 |
| 4.4.15 核酸侵入反应条件优化 | 第113-114页 |
| 4.4.16 发卡结构的影响 | 第114-117页 |
| 4.4.17 检测灵敏度考察 | 第117-118页 |
| 4.4.18 检测特异性考察 | 第118-120页 |
| 4.4.19 临床样本的体细胞突变检测 | 第120-121页 |
| 4.4.20 DNA逻辑门构建 | 第121-126页 |
| 4.5 本章小结 | 第126-128页 |
| 第五章 基于单分子信号放大反应的数字化核酸扩增检测方法建立 | 第128-167页 |
| 5.1 引言 | 第128-129页 |
| 5.2 实验材料 | 第129-130页 |
| 5.2.1 试剂 | 第129页 |
| 5.2.2 仪器 | 第129-130页 |
| 5.3 实验方法 | 第130-133页 |
| 5.3.1 基因组DNA提取 | 第130页 |
| 5.3.2 基于3D数字PCR系统的单分子级联核酸侵入反应 | 第130-131页 |
| 5.3.3 磁珠修饰 | 第131-132页 |
| 5.3.4 基于微球-微乳相的单分子级联核酸侵入反应 | 第132-133页 |
| 5.3.5 荧光探针连接 | 第133页 |
| 5.3.6 流式细胞仪分析 | 第133页 |
| 5.4 结果讨论 | 第133-166页 |
| 5.4.1 基于3D数字PCR系统的常规级联核酸侵入反应验证 | 第133-135页 |
| 5.4.2 基于3D数字PCR系统的低背景级联核酸侵入反应验证 | 第135-137页 |
| 5.4.3 基于微球-微乳相的常规级联核酸侵入反应原理 | 第137-138页 |
| 5.4.4 微球表面FRET荧光探针的修饰 | 第138-140页 |
| 5.4.5 基于荧光探针连接反应的数字化级联核酸侵入反应原理 | 第140-142页 |
| 5.4.6 微球表面的探针修饰验证 | 第142-143页 |
| 5.4.7 微球表面的杂交探针清除方式考察 | 第143-147页 |
| 5.4.8 微球表面的杂交荧光探针量的考察 | 第147-149页 |
| 5.4.9 荧光探针连接反应验证 | 第149-150页 |
| 5.4.10 超声制备微乳相表征 | 第150-151页 |
| 5.4.11 超声处理过程对Afu酶活性影响考察 | 第151-152页 |
| 5.4.12 基于微球-微乳相的常规核酸侵入反应考察 | 第152-153页 |
| 5.4.13 基于微球-微乳相的常规核酸侵入反应对flap片段的检测灵敏度 | 第153-154页 |
| 5.4.14 基于微球-微乳相的常规级联核酸侵入反应条件优化 | 第154-157页 |
| 5.4.15 基于微球-微乳相的单分子常规级联核酸侵入反应考察 | 第157页 |
| 5.4.16 基于微球-微乳相的低背景级联核酸侵入反应原理 | 第157-160页 |
| 5.4.17 微球表面杂交荧光探针量的重新考察 | 第160-162页 |
| 5.4.18 基于微球-微乳相的低背景级联核酸侵入反应验证 | 第162-163页 |
| 5.4.19 KlenTaq DNA聚合酶的用量优化 | 第163-165页 |
| 5.4.20 基于微球-微乳相的低背景级联核酸侵入反应的单分子验证 | 第165-166页 |
| 5.5 本章小结 | 第166-167页 |
| 第六章 结语 | 第167-169页 |
| 6.1 论文的主要特色与创新点 | 第167-168页 |
| 6.2 需要进一步解决的问题 | 第168-169页 |
| 参考文献 | 第169-185页 |
| 作者简介 | 第185-186页 |
| 博士期间发表的文章 | 第186-187页 |
| 致谢 | 第187-188页 |
