| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-11页 |
| 目录 | 第11-13页 |
| 图目录 | 第13-14页 |
| 表目录 | 第14-15页 |
| 1 绪论 | 第15-27页 |
| ·研究背景 | 第15-18页 |
| ·House-keeping基因和Tissue-specific基因 | 第15-16页 |
| ·不同时段测序技术的发展 | 第16-18页 |
| ·研究方法 | 第18-21页 |
| ·RNA-seq技术及其应用 | 第18-21页 |
| ·常用RNA-seq分析软件比较 | 第21-25页 |
| ·Mapping软件的比较 | 第21-22页 |
| ·Transcriptome assembly软件的比较 | 第22-24页 |
| ·计算Expression quantification软件 | 第24-25页 |
| ·功能注释数据库 | 第25-27页 |
| 2 鉴定House-keeping和Tissue-specific基因 | 第27-50页 |
| ·材料与方法 | 第27-31页 |
| ·数据材料 | 第27-29页 |
| ·小鼠转录组数据收集 | 第27-28页 |
| ·基因组和注释信息数据 | 第28页 |
| ·基因功能与生物学通路数据 | 第28-29页 |
| ·分析方法 | 第29-31页 |
| ·原始reads预处理 | 第29-30页 |
| ·Reads定位 | 第30页 |
| ·转录本的构建 | 第30页 |
| ·基因表达谱构建 | 第30页 |
| ·基因表达阈值的确定 | 第30-31页 |
| ·结果与分析 | 第31-48页 |
| ·RNA-Seq转录组数据分析模型 | 第31-33页 |
| ·界定House-keeping基因与Tissue-specific基因 | 第33-35页 |
| ·House-keeping基因特性 | 第35-42页 |
| ·人与小鼠同源House-keeping基因比较 | 第35-36页 |
| ·HK基因表达谱特性 | 第36-40页 |
| ·HK基因功能分析 | 第40-42页 |
| ·Tissue-specific基因特性 | 第42-48页 |
| ·睾丸组织TS基因功能分析 | 第44-46页 |
| ·大脑组织TS基因功能分析 | 第46-48页 |
| ·总结与讨论 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 附图 | 第55-60页 |
| 作者简介及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第60页 |
