籼稻Kasalath全基因组拼接注释以及水稻不同亚种比较分析
| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| ·水稻基因组研究进展 | 第12-14页 |
| ·测序技术的发展以及其分析方法 | 第14-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-28页 |
| ·Kasalath基因组数据的收集与分析方法 | 第18-26页 |
| ·Kasalath基因组和转录组数据的测序 | 第18页 |
| ·基因组测序文库的质量检验及数据过滤 | 第18页 |
| ·基因组大小的评估 | 第18-19页 |
| ·文库插入片段的评估和基因组覆盖度评估 | 第19页 |
| ·基因组的拼接 | 第19-21页 |
| ·Kasalath基因组杂合度和结构变异分析 | 第21-22页 |
| ·基因组注释 | 第22-24页 |
| ·基因功能预测 | 第24-25页 |
| ·非编码RNA基因的分析 | 第25-26页 |
| ·RNA-seq数据及分析 | 第26-28页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第28-62页 |
| ·Kasalath基因组拼接 | 第28-58页 |
| ·原始数据的预处理 | 第28页 |
| ·预处理数据评估 | 第28-29页 |
| ·基因组大小评估 | 第29页 |
| ·大片段文库插入片段的评估 | 第29-30页 |
| ·基因组拼接 | 第30-34页 |
| ·重复序列的注释 | 第34-35页 |
| ·基因结构预测与功能注释分析 | 第35-42页 |
| ·非编码RNA的注释 | 第42页 |
| ·Kasalath基因组杂合度和结构变异分析 | 第42-43页 |
| ·Kasalath在不同亚种中SNP分析 | 第43-49页 |
| ·不同亚种水稻转座子分析 | 第49-56页 |
| ·再生能力控制基因PSR1在水稻群体中鉴定及分析 | 第56-58页 |
| ·RNA-seq的数据结果与讨论 | 第58-62页 |
| 第四章 讨论与总结 | 第62-64页 |
| ·论文工作总结 | 第62-63页 |
| ·未来工作计划 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 附表 | 第70-74页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第74页 |
