| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 符号说明及缩略词 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-40页 |
| ·木质纤维素降解真菌的种类 | 第14-16页 |
| ·用于木质纤维素降解酶生产的子囊菌 | 第14-15页 |
| ·具有木腐作用的担子菌 | 第15-16页 |
| ·真菌木质纤维素降解酶系的组成 | 第16-20页 |
| ·真菌木质纤维素降解酶的几个特点 | 第16-17页 |
| ·真菌纤维素酶的种类 | 第17-19页 |
| ·真菌半纤维素酶的种类 | 第19页 |
| ·酶系组成的改造 | 第19-20页 |
| ·真菌木质纤维素降解酶的合成调控 | 第20-30页 |
| ·碳源作为信号的识别和传递 | 第21-27页 |
| ·纤维素的代谢与可能的信号识别机制 | 第22-24页 |
| ·半纤维素的代谢与可能的信号识别机制 | 第24页 |
| ·葡萄糖阻遏信号可能的识别机制 | 第24-25页 |
| ·碳源信号传递的复杂性 | 第25-27页 |
| ·转录水平的调控 | 第27-29页 |
| ·转录后水平的调控 | 第29-30页 |
| ·穿过细胞膜后的木质纤维素降解酶的定位与降解 | 第30页 |
| ·木质纤维素降解真菌的组学研究 | 第30-34页 |
| ·木质纤维索降解真菌的基因组测序 | 第31页 |
| ·木质纤维素降解酶系的组学研究 | 第31-32页 |
| ·木质纤维素降解酶合成调控的组学研究 | 第32-34页 |
| ·斜卧青霉的研究背景 | 第34-37页 |
| ·本论文的立题依据和研究目的 | 第37-40页 |
| 第二章 斜卧青霉野生株114-2的基因组测序和分析 | 第40-68页 |
| ·材料与方法 | 第40-45页 |
| ·菌株和培养条件 | 第40-41页 |
| ·β-连接葡二糖的水解与产物检测 | 第41页 |
| ·基因组测序与基因预测 | 第41页 |
| ·生物信息学分析 | 第41-45页 |
| ·序列来源 | 第41-42页 |
| ·常规序列操作 | 第42页 |
| ·蛋白的基因本体论注释与结构域分析 | 第42页 |
| ·理论分泌组的预测与密码子使用频率分析 | 第42-43页 |
| ·CAZyme的注释 | 第43页 |
| ·蛋白二级结构的预测 | 第43页 |
| ·MFS超家族糖转运蛋白的注释 | 第43-44页 |
| ·蛋白酶的注释 | 第44页 |
| ·转录因子的注释 | 第44页 |
| ·信号传导蛋白的注释 | 第44-45页 |
| ·次级代谢基因簇的注释 | 第45页 |
| ·蛋白序列比对与系统进化树的构建 | 第45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-66页 |
| ·斜卧青霉114-2基因组测序概况 | 第45-47页 |
| ·基于蛋白的基因本体论(GO)注释的物种间功能基因差异分析 | 第47-49页 |
| ·基于蛋白结构域的物种间功能基因差异分析 | 第49-50页 |
| ·理论分泌蛋白数目与功能的物种间差异 | 第50-51页 |
| ·CAZyme的注释与物种间比较分析 | 第51-56页 |
| ·参与其它生物学过程的蛋白的功能注释 | 第56-61页 |
| ·MFS超家族糖转运蛋白的注释 | 第56-57页 |
| ·蛋白酶的注释与比较分析 | 第57页 |
| ·转录因子的注释与比较分析 | 第57-59页 |
| ·信号转导蛋白的注释 | 第59-60页 |
| ·次级代谢基因簇的注释 | 第60页 |
| ·无性繁殖与有性生殖相关蛋白的注释 | 第60-61页 |
| ·斜卧青霉与里氏木霉木质纤维素降解酶合成调控机制的比较分析 | 第61-62页 |
| ·植物细胞壁降解酶编码基因起源的初步分析 | 第62-66页 |
| ·本章小结 | 第66-68页 |
| 第三章 斜卧青霉野生株与木质纤维素降解酶高产株的比较基因组学与转录组学研究 | 第68-102页 |
| ·材料与方法 | 第68-74页 |
| ·菌株和培养条件 | 第68-70页 |
| ·菌株 | 第68-69页 |
| ·用于菌落形态观察的培养条件 | 第69页 |
| ·用于产酶能力比较的培养条件 | 第69页 |
| ·用于乳糖利用能力研究的培养条件 | 第69-70页 |
| ·用于有性杂交试验的培养条件 | 第70页 |
| ·孢子形态观察 | 第70页 |
| ·胞外蛋白浓度与降解酶活力测定 | 第70-72页 |
| ·基因组测序与基因预测 | 第72页 |
| ·生物信息学分析 | 第72-73页 |
| ·数据来源 | 第72页 |
| ·常规序列操作 | 第72-73页 |
| ·序列比对与序列变异的确认 | 第73页 |
| ·蛋白序列集的GO功能富集 | 第73页 |
| ·基因转录水平的聚类 | 第73页 |
| ·菌株特有基因、序列变异基因的扩增与测序 | 第73-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-99页 |
| ·野生株114-2与突变株JU-A10-S、JU-A10-T的表型差异 | 第74-77页 |
| ·菌落形态与孢子形态差异 | 第74-75页 |
| ·胞外降解酶合成能力的差异 | 第75-76页 |
| ·乳糖利用能力的差异 | 第76-77页 |
| ·野生株114-2与突变株JU-A10-T的基因组序列差异 | 第77-88页 |
| ·基因组结构的比较 | 第77-82页 |
| ·蛋白序列水平的比较 | 第82-83页 |
| ·木质纤维素降解酶基因的序列变异 | 第83-85页 |
| ·能参与木质纤维素降解酶合成调控的蛋白的序列变异 | 第85-88页 |
| ·野生株114-2与突变株JU-A10-T的转录组差异 | 第88-96页 |
| ·胞外蛋白编码基因的转录水平差异 | 第88-90页 |
| ·纤维素-麦麸培养条件下114-2和JU-A10-T胞内生命活动相关基因的转录水平差异 | 第90-96页 |
| ·斜卧青霉中交配型基因座位分析与有性生殖可能性的探讨 | 第96-97页 |
| ·突变株JU-A10-S与JU-A10-T的基因组序列差异 | 第97-99页 |
| ·本章小结 | 第99-102页 |
| 第四章 斜卧青霉内切-β-1,4-葡聚糖酶Cel45A与Cel5C的异源表达与重组酶的性质研究 | 第102-124页 |
| ·材料与方法 | 第102-110页 |
| ·菌株和培养基 | 第102-103页 |
| ·菌株 | 第102-103页 |
| ·毕赤酵母所用培养基 | 第103页 |
| ·基因组DNA与总RNA的提取及cDNA第一链的合成 | 第103页 |
| ·基因克隆与表达载体的构建 | 第103-105页 |
| ·cel45A的基因克隆 | 第103-104页 |
| ·表达载体的构建 | 第104-105页 |
| ·毕赤酵母的转化 | 第105-106页 |
| ·重组蛋白的表达 | 第106-107页 |
| ·重组蛋白的N-糖基化分析与分子量的确定 | 第107页 |
| ·重组蛋白的分离纯化 | 第107-108页 |
| ·酶的底物特异性分析 | 第108页 |
| ·水解产物的检测 | 第108页 |
| ·pH和温度对酶活力的影响 | 第108-109页 |
| ·蛋白对纤维素底物的结合能力分析 | 第109页 |
| ·生物信息学分析 | 第109-110页 |
| ·结果与讨论 | 第110-122页 |
| ·Cel45A与Cel5C的氨基酸序列组成特点 | 第110-112页 |
| ·Cel45A的结构域组成及序列分析 | 第110页 |
| ·Cel5C的结构域组成及序列分析 | 第110-112页 |
| ·Cel45A、Cel5C和Cel5CΔ447-655在毕赤酵母中的重组表达 | 第112-113页 |
| ·rCel5C和rCel5CΔ447-655中均存在N-糖基化 | 第113-114页 |
| ·rCel45A、rCel5C和rCel5CΔ447-655分别得到分离纯化 | 第114-115页 |
| ·rCel45A与rCel5C的酶学性质 | 第115-120页 |
| ·底物特异性与水解产物类型 | 第115-118页 |
| ·pH和温度对酶活力的影响 | 第118-120页 |
| ·第447位至655位氨基酸在Cel5C催化底物水解中的作用 | 第120-122页 |
| ·本章小结 | 第122-124页 |
| 第五章 斜卧青霉丝氨酸蛋白酶PrtB生物学功能的初步研究 | 第124-140页 |
| ·材料与方法 | 第125-130页 |
| ·菌株和培养条件 | 第125-126页 |
| ·菌株 | 第125页 |
| ·用于转化子筛选、传代的培养基 | 第125页 |
| ·用于菌株间表型比较的培养条件 | 第125-126页 |
| ·基因敲除盒的构建 | 第126-128页 |
| ·原生质体的制备与转化 | 第128-129页 |
| ·转化子的传代与基因敲除的PCR验证 | 第129页 |
| ·胞外蛋白浓度与酶活力的测定 | 第129-130页 |
| ·胞外蛋白的电泳分析与质谱鉴定 | 第130页 |
| ·生物信息学分析 | 第130页 |
| ·结果与讨论 | 第130-139页 |
| ·构巢曲霉ChiB、PrtA、PepJ与EngA在斜卧青霉中的同源蛋白 | 第130-132页 |
| ·斜卧青霉ChiB、PepJ、EngA和PrtB的编码基因分别得到敲除 | 第132页 |
| ·基因敲除株与出发株碳源饥饿条件下的形态学与胞外蛋白合成水平比较 | 第132-137页 |
| ·基因敲除株与出发株纤维素酶诱导条件下的胞外蛋白合成水平比较 | 第137-139页 |
| ·本章小结 | 第139-140页 |
| 论文创新性结果总结与展望 | 第140-142页 |
| 参考文献 | 第142-159页 |
| 在读期间发表和撰写的研究论文 | 第159-160页 |
| 致谢 | 第160-162页 |
| 附录 | 第162-195页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第195页 |
