| 摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-15页 |
| 1. 引言 | 第15-36页 |
| ·肝脏的结构和功能 | 第15-22页 |
| ·肝脏的结构 | 第15-16页 |
| ·肝脏的功能 | 第16-22页 |
| ·肝脏的细胞组成 | 第22-27页 |
| ·肝实质细胞（Hepatocyte） | 第23-24页 |
| ·枯否细胞（Kupffer cell） | 第24-25页 |
| ·肝脏星形细胞 | 第25-26页 |
| ·肝脏细胞间的相互作用 | 第26-27页 |
| ·LSEC 的结构及功能 | 第27-32页 |
| ·LSEC 的窗孔结构及其功能 | 第27-28页 |
| ·LSEC 的胞吞受体及其功能 | 第28-29页 |
| ·LSEC 的免疫学功能 | 第29-31页 |
| ·LSEC 的分泌活性 | 第31页 |
| ·LSEC 随年龄的变化 | 第31页 |
| ·LSEC 与微循环 | 第31-32页 |
| ·LSEC 与氧张力 | 第32页 |
| ·LSEC 的发育 | 第32页 |
| ·蛋白质组学的发展 | 第32-35页 |
| ·蛋白质组学研究背景 | 第32-33页 |
| ·蛋白质组学国际研究现状 | 第33-34页 |
| ·蛋白质组学国内研究现状 | 第34-35页 |
| ·立题依据 | 第35-36页 |
| 2. 材料与方法 | 第36-51页 |
| ·试验材料 | 第36-38页 |
| ·主要药品与化学试剂 | 第36页 |
| ·主要仪器与设备 | 第36-37页 |
| ·实验动物 | 第37页 |
| ·主要溶液的配制 | 第37-38页 |
| ·试验方法 | 第38-51页 |
| ·LSEC 的分离与纯化 | 第38-40页 |
| ·LSEC 的鉴定 | 第40-42页 |
| ·LSEC 细胞得率和活力 | 第42-43页 |
| ·质谱样品的制备 | 第43-44页 |
| ·质谱数据产出 | 第44页 |
| ·质谱数据的搜库和数据过滤标准的确定 | 第44-45页 |
| ·LSEC 数据库的建立 | 第45-48页 |
| ·LSEC 与HC 和Kupffer 细胞鉴定数据集的总体概况 | 第48-49页 |
| ·KEGG 代谢通路分析 | 第49页 |
| ·LSEC 与HC 和Kupffer 细胞鉴定数据集的功能分析 | 第49-50页 |
| ·LSEC 蛋白质组数据和转录组数据的比较 | 第50页 |
| ·新鉴定蛋白质的分析 | 第50-51页 |
| 3. 试验结果 | 第51-82页 |
| ·LSEC 的分离和纯化 | 第51页 |
| ·LSEC 的鉴定 | 第51-59页 |
| ·流式检测LSEC 的纯度 | 第51-54页 |
| ·免疫细胞化学鉴定LSEC 纯度 | 第54-55页 |
| ·LSEC 的培养及Ac-LDL 胞吞活性 | 第55-57页 |
| ·电镜观察LSEC 的窗孔结构 | 第57-59页 |
| ·LSEC 的得率、活力 | 第59页 |
| ·质谱样品的制备 | 第59-60页 |
| ·蛋白提取与定量 | 第59页 |
| ·蛋白质酶切肽段的提取 | 第59-60页 |
| ·LSEC 质谱数据产出 | 第60-61页 |
| ·LSEC 蛋白质数据库的建立 | 第61-68页 |
| ·基本理化性质分析 | 第61-63页 |
| ·鉴定蛋白对应的基因号和基因名称 | 第63页 |
| ·鉴定蛋白的SP 索取号及定位信息的提取 | 第63页 |
| ·GO 功能分类 | 第63-66页 |
| ·鉴定蛋白的功能注释 | 第66页 |
| ·APEX 非标记定量分析 | 第66-68页 |
| ·LSEC 与HC 和Kupffer 细胞鉴定数据的总体概况 | 第68-69页 |
| ·KEGG 代谢通路分析 | 第69-74页 |
| ·LSEC 和实质细胞覆盖到的KEGG 通路的总体概况 | 第69页 |
| ·LSEC 和实质细胞覆盖到的物质代谢通路 | 第69-74页 |
| ·LSEC、HC 和Kupffer 细胞鉴定数据集的GeneGO 比较分析 | 第74-80页 |
| ·LSEC、实质细胞、Kupffer 细胞GeneGo pathway maps 富集度分析 | 第75-77页 |
| ·LSEC 与实质细胞的GeneGo networks 分析 | 第77-78页 |
| ·LSEC 和Kupffer 细胞的GeneGo networks 分析 | 第78-80页 |
| ·LSEC 自产蛋白质组数据和文献SAGE 转录组数据的比较 | 第80页 |
| ·新鉴定蛋白 | 第80-82页 |
| 4. 讨论 | 第82-95页 |
| ·LSEC 的分离与纯化 | 第82-88页 |
| ·LSEC 分选方法的选择 | 第82-84页 |
| ·LSEC 鉴定方法的选择 | 第84-87页 |
| ·小鼠LSEC 的得率和纯度 | 第87-88页 |
| ·细胞培养遇到的问题 | 第88页 |
| ·质谱数据的产出 | 第88-95页 |
| ·LTQ-FT 简介 | 第88页 |
| ·质谱检索软件的选择 | 第88-89页 |
| ·蛋白质组数据分析存在的问题 | 第89-90页 |
| ·蛋白质组学定量方法的选择 | 第90-92页 |
| ·对肝脏不同细胞蛋白质组的评价 | 第92-93页 |
| ·蛋白质组和转录组的相关性 | 第93-95页 |
| 5. 结论 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-112页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第112页 |
