| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-28页 |
| 1.1 合成生物学和底盘细胞 | 第11-12页 |
| 1.1.1 合成生物学 | 第11-12页 |
| 1.1.2 底盘细胞 | 第12页 |
| 1.2 基因组简化底盘细胞 | 第12-21页 |
| 1.2.1 基因组结构和必需基因 | 第13-15页 |
| 1.2.2 基因组删减策略和方法 | 第15-18页 |
| 1.2.3 微生物基因组删减 | 第18-21页 |
| 1.3 枯草芽孢杆菌基因组简化 | 第21-25页 |
| 1.3.1 枯草芽孢杆菌 | 第21-22页 |
| 1.3.2 枯草芽孢杆菌代谢工程 | 第22-23页 |
| 1.3.3 枯草芽孢杆菌基因组简化 | 第23-25页 |
| 1.4 基因组简化对菌株生理的影响 | 第25-26页 |
| 1.5 课题研究内容 | 第26-28页 |
| 1.5.1 课题背景 | 第26-27页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第27-28页 |
| 第二章 基因组简化枯草芽孢杆菌的构建 | 第28-93页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-37页 |
| 2.1.1 菌株及质粒 | 第29-33页 |
| 2.1.2 仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.3 药品和试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.4 溶液 | 第35-36页 |
| 2.1.5 培养基 | 第36-37页 |
| 2.2 实验方法 | 第37-43页 |
| 2.2.1 琼脂糖凝胶电泳 | 第37页 |
| 2.2.2 G+细菌基因DNA提取 | 第37页 |
| 2.2.3 质粒DNA提取 | 第37-38页 |
| 2.2.4 PCR | 第38-39页 |
| 2.2.5 重组质粒构建 | 第39-41页 |
| 2.2.6 B.subtilis化学转化 | 第41-43页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第43-91页 |
| 2.3.1 pro1区域删减 | 第44-47页 |
| 2.3.2 pro2区域删减 | 第47-49页 |
| 2.3.3 pro3区域删减 | 第49-51页 |
| 2.3.4 pro4区域删减 | 第51-53页 |
| 2.3.5 pro5区域删减 | 第53-55页 |
| 2.3.6 pro6区域删减 | 第55-58页 |
| 2.3.7 yrkS-yraK区域删减 | 第58-60页 |
| 2.3.8 skin区域删减 | 第60-62页 |
| 2.3.9 PBSX区域删减 | 第62-65页 |
| 2.3.10 pps区域删减 | 第65-66页 |
| 2.3.11 pks区域删减 | 第66-68页 |
| 2.3.12 spβ区域删减 | 第68-70页 |
| 2.3.13 cgeE-yotN和yokA-ypmR区域删减 | 第70-73页 |
| 2.3.14 ycxB–sipU区域删减 | 第73-75页 |
| 2.3.15 yisB–yitD区域删减 | 第75-77页 |
| 2.3.16 pdp-rocR区域删减 | 第77-79页 |
| 2.3.17 yybP-yyaJ区域删减 | 第79-82页 |
| 2.3.18 ydeK-ydhU区域删减 | 第82-84页 |
| 2.3.19 lytH–yurT区域删减 | 第84-87页 |
| 2.3.20 sboA-ywhH区域删减 | 第87-89页 |
| 2.3.21 yeeK-yesX区域删减 | 第89-91页 |
| 2.4 本章小结 | 第91-93页 |
| 第三章 基因组简化菌株的生理表征 | 第93-106页 |
| 3.1 实验材料 | 第94-96页 |
| 3.1.1 菌株 | 第94页 |
| 3.1.2 仪器 | 第94页 |
| 3.1.3 试剂 | 第94页 |
| 3.1.4 培养基 | 第94-95页 |
| 3.1.5 溶液 | 第95-96页 |
| 3.2 实验方法 | 第96-98页 |
| 3.2.1 生长特性测定 | 第96页 |
| 3.2.2 产孢率试验 | 第96页 |
| 3.2.3 自溶性试验 | 第96页 |
| 3.2.4 转化率试验 | 第96-97页 |
| 3.2.5 恒化培养 | 第97页 |
| 3.2.6 运动性 | 第97-98页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第98-105页 |
| 3.3.1 基因组简化菌生长特征 | 第98-99页 |
| 3.3.2 自溶性试验 | 第99-100页 |
| 3.3.3 产孢率检测 | 第100-101页 |
| 3.3.4 转化效率检测 | 第101-102页 |
| 3.3.5 维持能系数测定 | 第102-104页 |
| 3.3.6 细胞运动性 | 第104-105页 |
| 3.4 本章小结 | 第105-106页 |
| 第四章 基因组简化菌株的应用——乙偶姻生产 | 第106-115页 |
| 4.1 实验材料 | 第107-108页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第107页 |
| 4.1.2 仪器 | 第107-108页 |
| 4.1.3 试剂 | 第108页 |
| 4.1.4 培养基 | 第108页 |
| 4.2 实验方法 | 第108-109页 |
| 4.2.1 菌株构建 | 第108页 |
| 4.2.2 发酵检测 | 第108-109页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第109-114页 |
| 4.3.1 基因组简化对乙偶姻生产的影响 | 第109-110页 |
| 4.3.2 acoA和bdhA敲除 | 第110-113页 |
| 4.3.3 acoA和bdhA敲除对菌株积累乙偶姻的影响 | 第113-114页 |
| 4.4 本章小结 | 第114-115页 |
| 第五章 基因组简化菌株的应用——鸟苷生产 | 第115-127页 |
| 5.1 实验材料 | 第116-117页 |
| 5.1.1 菌株和质粒 | 第116页 |
| 5.1.2 仪器 | 第116页 |
| 5.1.3 试剂 | 第116页 |
| 5.1.4 培养基 | 第116-117页 |
| 5.2 实验方法 | 第117-119页 |
| 5.2.1 质粒构建 | 第117页 |
| 5.2.2 菌株构建 | 第117-118页 |
| 5.2.3 发酵及检测 | 第118页 |
| 5.2.4 RT-PCR分析 | 第118-119页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第119-125页 |
| 5.3.1 purA敲除 | 第119-121页 |
| 5.3.2 过表达prs、purF和guaB | 第121-124页 |
| 5.3.3 基因操作对菌株鸟苷合成的影响 | 第124-125页 |
| 5.4 本章小结 | 第125-127页 |
| 第六章 基因组简化菌株的应用——胸苷生产 | 第127-135页 |
| 6.1 实验材料 | 第128-129页 |
| 6.1.1 菌株和质粒 | 第128页 |
| 6.1.2 仪器 | 第128页 |
| 6.1.3 试剂 | 第128页 |
| 6.1.4 培养基 | 第128-129页 |
| 6.2 实验方法 | 第129-130页 |
| 6.2.1 菌株构建 | 第129页 |
| 6.2.2 发酵及检测 | 第129-130页 |
| 6.2.3 RT-PCR分析 | 第130页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第130-134页 |
| 6.3.1 敲除tdk | 第130页 |
| 6.3.2 过表达prs | 第130-132页 |
| 6.3.3 过表达ushA、thyA、ndk和dut | 第132-134页 |
| 6.4 本章小结 | 第134-135页 |
| 第七章 基因组简化菌株的应用——核黄素生产 | 第135-147页 |
| 7.1 实验材料 | 第136-138页 |
| 7.1.1 菌株与质粒 | 第136-137页 |
| 7.1.2 仪器 | 第137页 |
| 7.1.3 试剂 | 第137-138页 |
| 7.1.4 培养基 | 第138页 |
| 7.2 实验方法 | 第138-139页 |
| 7.2.1 菌株构建 | 第138页 |
| 7.2.2 发酵检测 | 第138页 |
| 7.2.3 PRPP转酰胺酶酶活测定 | 第138-139页 |
| 7.2.4 RT-PCR分析 | 第139页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第139-145页 |
| 7.3.1 BSR0系列基因组简化菌 | 第139页 |
| 7.3.2 突变引入 | 第139-143页 |
| 7.3.3 突变引入对菌株核黄素生产的影响 | 第143-145页 |
| 7.4 本章小结 | 第145-147页 |
| 第八章 结论与展望 | 第147-150页 |
| 8.1 结论 | 第147-148页 |
| 8.2 创新点 | 第148页 |
| 8.3 展望 | 第148-150页 |
| 参考文献 | 第150-160页 |
| 附录 | 第160-164页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第164-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
