| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-10页 |
| 1.1 课题背景 | 第7-8页 |
| 1.2 研究意义 | 第8页 |
| 1.3 研究内容和创新 | 第8-9页 |
| 1.4 论文结构 | 第9-10页 |
| 第二章 简化并行编程理论和方法概述 | 第10-20页 |
| 2.1 并行计算程序设计概述 | 第10-15页 |
| 2.1.1 并行计算硬件平台 | 第11-13页 |
| 2.1.2 并行程序开发语言及程序库 | 第13-15页 |
| 2.2 简化并行编程理论与方法 | 第15-20页 |
| 2.2.1 并行编程模型 | 第15-16页 |
| 2.2.2 并行设计模式 | 第16-17页 |
| 2.2.3 并行结构骨架 | 第17页 |
| 2.2.4 并行可视化建模 | 第17-20页 |
| 第三章 面向DAG数据驱动型应用的模型 | 第20-24页 |
| 3.1 模型的提出和意义 | 第20-21页 |
| 3.2 模型框架 | 第21-24页 |
| 3.2.1 用户应用程序模块 | 第21-22页 |
| 3.2.2 DAG模式图模块 | 第22页 |
| 3.2.3 DAG运行时系统模块 | 第22-24页 |
| 第四章 动态规划算法及其在生物信息学中的应用 | 第24-31页 |
| 4.1 动态规划算法及其分类 | 第24-26页 |
| 4.2 动态规划算法在生物信息学中的应用 | 第26-27页 |
| 4.3 动态规划算法的并行化 | 第27-28页 |
| 4.4 基于动态规划算法的DAG模式图 | 第28-31页 |
| 第五章 EasyPDP运行时系统 | 第31-54页 |
| 5.1 EasyPDP系统目标 | 第31页 |
| 5.2 EasyPDP系统模块 | 第31-34页 |
| 5.2.1 用户API | 第31-32页 |
| 5.2.2 DAG操作模块 | 第32页 |
| 5.2.3 线程池模块 | 第32-33页 |
| 5.2.4 容错控制模块 | 第33-34页 |
| 5.3 EasyPDP运行时系统 | 第34-45页 |
| 5.3.1 EasyPDP系统数据流控制 | 第34-36页 |
| 5.3.2 容错控制机制 | 第36-38页 |
| 5.3.3 缓冲区操作和管理 | 第38页 |
| 5.3.4 性能优化参数 | 第38-39页 |
| 5.3.5 参数性能分析讨论 | 第39-45页 |
| 5.4 实验性能分析 | 第45-54页 |
| 5.4.1 实验环境说明 | 第46页 |
| 5.4.2 DataSize对EasyPDP的性能影响 | 第46-47页 |
| 5.4.3 BlockSize对EasyPDP的性能影响 | 第47-48页 |
| 5.4.4 ThreadNum对EasyPDP的性能影响 | 第48-49页 |
| 5.4.5 EasyPDP的Overhead分析 | 第49-50页 |
| 5.4.6 EasyPDP的Cache Miss分析 | 第50-52页 |
| 5.4.7 EasyPDP与BCW性能比较 | 第52-53页 |
| 5.4.8 EasyPDP容错性能评估 | 第53-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| 6.1 全文总结 | 第54-55页 |
| 6.2 研究工作展望 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
