| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 课题研究的背景、目的及意义 | 第8-9页 |
| 1.1.1 课题研究的背景 | 第8页 |
| 1.1.2 课题研究的目的及意义 | 第8-9页 |
| 1.2 基因组映射的研究现状 | 第9-12页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第12页 |
| 1.4 本文的内容安排 | 第12-13页 |
| 第2章 序列比对概念和 BWT 索引构建方法 | 第13-27页 |
| 2.1 序列比对概念 | 第13-14页 |
| 2.2 BWT 基本原理 | 第14-17页 |
| 2.3 基于 BWT 结构的精确比对方法 | 第17-19页 |
| 2.3.1 精确比对流程 | 第17-18页 |
| 2.3.2 比对结果定位 | 第18-19页 |
| 2.4 BWT 索引构建方法 | 第19-25页 |
| 2.4.1 分桶计算方法 | 第19-20页 |
| 2.4.2 Difference-cover-sample 算法和快速排序 | 第20-22页 |
| 2.4.3 分割和合并计算方法 | 第22-24页 |
| 2.4.4 二分查找比对 | 第24-25页 |
| 2.5 索引文件占用空间 | 第25-26页 |
| 2.6 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 结合变异数据的基因组索引构建 | 第27-45页 |
| 3.1 绝对坐标轴构建方法 | 第27-30页 |
| 3.1.1 绝对坐标轴概念 | 第27-28页 |
| 3.1.2 Hapmap 数据格式 | 第28-29页 |
| 3.1.3 C 段和 R 段数据生成方法 | 第29-30页 |
| 3.2 C 段数据构建 BWT 方法 | 第30-36页 |
| 3.2.1 BOWTIE 索引构建模块修改方法 | 第30-31页 |
| 3.2.2 BWT 构建执行过程 | 第31-33页 |
| 3.2.3 BWT 索引文件说明 | 第33-36页 |
| 3.3 R 段数据索引文件构建 | 第36-40页 |
| 3.3.1 R 段索引结构分析 | 第37页 |
| 3.3.2 级联结构构建方法 | 第37-40页 |
| 3.4 索引结果文件 | 第40-44页 |
| 3.4.1 索引结果文件及空间复杂度 | 第40-43页 |
| 3.4.2 接口函数 | 第43-44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 结合变异数据的基因组索引验证 | 第45-58页 |
| 4.1 引言 | 第45页 |
| 4.2 C 段和 R 段索引文件验证 | 第45-47页 |
| 4.3 C 段数据转换 BWT 序列验证 | 第47-51页 |
| 4.4 R 段索引文件验证 | 第51-53页 |
| 4.4.1 级联结构验证 | 第51-52页 |
| 4.4.3 R 段序列验证 | 第52-53页 |
| 4.5 基于 C 段和 R 段结构的比对方法 | 第53-57页 |
| 4.5.1 C 段结构上的比对 | 第54-55页 |
| 4.5.2 R 段结构上的比对 | 第55页 |
| 4.5.3 C 段和 R 段结合的比对 | 第55-57页 |
| 4.6 本章小结 | 第57-58页 |
| 结论 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65页 |